„Contig“ – Versionsunterschied

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{{Dieser Artikel|behandelt den genetischen Begriff Contig. CONTIG ist in der Luftfahrt eine Abkürzung für „continuing“, siehe [[Abkürzungen/Luftfahrt/B–D#C]].}}
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[[Datei:PET contig scaffold.png|mini|Überlappende Sequenzen aus der PET-DNA-Sequenzierung.]]
Ein '''Contig''' (von engl. contiguous = angrenzend, zusammenhängend) ist ein Set überlappender [[Desoxyribonukleinsäure|DNA]]-Stücke ("reads"), die von derselben genetischen Quelle stammen. Ein solches Contig kann dazu genutzt werden, die Original-DNA-Sequenz dieser genetischen Quelle (z. B. die Sequenz eines [[Chromosom]]s) abzuleiten.
Ein '''Contig''' (von engl. contiguous = angrenzend, zusammenhängend) ist ein Satz überlappender [[Desoxyribonukleinsäure|DNA]]- oder [[Protein]]-Stücke ("reads"), die von derselben genetischen Quelle stammen.<ref>A. Guthals, K. R. Clauser, N. Bandeira: ''Shotgun protein sequencing with meta-contig assembly.'' In: ''Molecular & cellular proteomics : MCP.'' Band 11, Nummer 10, Oktober 2012, S.&nbsp;1084–1096, {{ISSN|1535-9484}}. {{DOI|10.1074/mcp.M111.015768}}. PMID 22798278. {{PMC|3494147}}.</ref> Ein solches Contig kann dazu genutzt werden, die Original-DNA-Sequenz dieser genetischen Quelle (z.&nbsp;B. die Sequenz eines [[Chromosom]]s) abzuleiten.


Eine Contig-Karte zeigt die relative Reihenfolge einer zusammengehörenden Contig-Bibliothek, die z.&nbsp;B. ein komplettes [[Chromosom]] darstellen.
Eine Contig-Karte zeigt die relative Reihenfolge einer zusammengehörenden Contig-Bibliothek, die z.&nbsp;B. ein komplettes [[Chromosom]] darstellen.


== Siehe auch ==
== Sequenzierung ==
Bei der [[DNA-Sequenzierung]] und insbesondere beim [[Shotgun Sequencing]] muss die DNA-Sequenz bzw. bei der [[De-Novo-Peptidsequenzierung]] muss die Aminosäuresequenz durch Aneinanderreihung der verschiedenen Contigs ermittelt werden.<ref>{{cite journal |author=Rodger Staden |year=1979 |title=A strategy of DNA sequencing employing computer programs |journal=Nucleic Acids Research |volume=7 |pages=2601–2610 |pmc=327874}}</ref> Für eine Genomsequenzierung wird zur Vorbereitung oftmals die [[genom]]ische DNA fragmentiert, die einzelnen DNA-Stränge besitzen dann unterschiedliche, teilweise überlappende Sequenzen, die durch die Aneinanderreihung die vollständige Sequenz ergeben.<ref>S. H. Lin, Y. C. Liao: ''CISA: contig integrator for sequence assembly of bacterial genomes.'' In: ''PloS one.'' Band 8, Nummer 3, 2013, S.&nbsp;e60843, {{ISSN|1932-6203}}. {{DOI|10.1371/journal.pone.0060843}}. PMID 23556006. {{PMC|3610655}}.</ref><ref>Z. Frenkel, E. Paux, D. Mester, C. Feuillet, A. Korol: ''LTC: a novel algorithm to improve the efficiency of contig assembly for physical mapping in complex genomes.'' In: ''BMC bioinformatics.'' Band 11, 2010, S.&nbsp;584, {{ISSN|1471-2105}}. {{DOI|10.1186/1471-2105-11-584}}. PMID 21118513. {{PMC|3098104}}.</ref>
* [[Shotgun Sequencing]]

== Einzelnachweise ==
<references />


[[Kategorie:Genetik]]
[[Kategorie:Genetik]]

Version vom 29. Juni 2014, 08:55 Uhr

Überlappende Sequenzen aus der PET-DNA-Sequenzierung.

Ein Contig (von engl. contiguous = angrenzend, zusammenhängend) ist ein Satz überlappender DNA- oder Protein-Stücke ("reads"), die von derselben genetischen Quelle stammen.[1] Ein solches Contig kann dazu genutzt werden, die Original-DNA-Sequenz dieser genetischen Quelle (z. B. die Sequenz eines Chromosoms) abzuleiten.

Eine Contig-Karte zeigt die relative Reihenfolge einer zusammengehörenden Contig-Bibliothek, die z. B. ein komplettes Chromosom darstellen.

Sequenzierung

Bei der DNA-Sequenzierung und insbesondere beim Shotgun Sequencing muss die DNA-Sequenz bzw. bei der De-Novo-Peptidsequenzierung muss die Aminosäuresequenz durch Aneinanderreihung der verschiedenen Contigs ermittelt werden.[2] Für eine Genomsequenzierung wird zur Vorbereitung oftmals die genomische DNA fragmentiert, die einzelnen DNA-Stränge besitzen dann unterschiedliche, teilweise überlappende Sequenzen, die durch die Aneinanderreihung die vollständige Sequenz ergeben.[3][4]

Einzelnachweise

  1. ↑ A. Guthals, K. R. Clauser, N. Bandeira: Shotgun protein sequencing with meta-contig assembly. In: Molecular & cellular proteomics : MCP. Band 11, Nummer 10, Oktober 2012, S. 1084–1096, ISSN 1535-9484. doi:10.1074/mcp.M111.015768. PMID 22798278. PMC 3494147 (freier Volltext).
  2. ↑ Rodger Staden: A strategy of DNA sequencing employing computer programs. In: Nucleic Acids Research. 7. Jahrgang, 1979, S. 2601–2610, PMC 327874 (freier Volltext).
  3. ↑ S. H. Lin, Y. C. Liao: CISA: contig integrator for sequence assembly of bacterial genomes. In: PloS one. Band 8, Nummer 3, 2013, S. e60843, ISSN 1932-6203. doi:10.1371/journal.pone.0060843. PMID 23556006. PMC 3610655 (freier Volltext).
  4. ↑ Z. Frenkel, E. Paux, D. Mester, C. Feuillet, A. Korol: LTC: a novel algorithm to improve the efficiency of contig assembly for physical mapping in complex genomes. In: BMC bioinformatics. Band 11, 2010, S. 584, ISSN 1471-2105. doi:10.1186/1471-2105-11-584. PMID 21118513. PMC 3098104 (freier Volltext).
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