Bioinformatik-Harvester

aus Wikipedia, der freien Enzyklopädie
Wechseln zu: Navigation, Suche

Der Bioinformatik-Harvester (englisch harvester, „die Erntemaschine, -arbeiter“) ist eine Bioinformatik-Meta-Suchmaschine über Gene und Proteine von Mensch, Maus, Zebrafisch, Arabidopsis, Drosophila und Ratte. Der Harvester vereint oder verlinkt den Inhalt von ca. 51 häufig verwendeten Bioinformatik-Ressourcen. Ein spezielles Ranking-Verfahren sortiert vorab die Informationen und präsentiert dem Benutzer die relevantesten Suchergebnisse in sehr kurzer Zeit.

Funktionsweise[Bearbeiten]

Der Harvester sammelt Informationen von Protein-/Gen-Datenbanken und sogenannten Vorhersage- oder prediction-Servern. Dazu simuliert der Harvester einen menschlichen Benutzer, ruft die entsprechende externe Datenbankseite auf und speichert diese auf lokalen Festplatten ab. Als Basis zum Sammeln der Informationen dienten die UniProt-Protein-Datenbank des Uniprot-Konsortiums und die IPI Datenbank (international protein index). Die Harvester-Sammlung umfasst derzeit:

Ein Bildschirmphoto von Harvester
  • Mensch: ca. 72.000 Seiten
  • Maus: ca. 54.000 Seiten
  • Ratte: ca. 41.000 Seiten
  • Zebrafisch: ca. 45.000 Seiten
  • Arabidopsis: ca. 34.000 Seiten
  • Drosophila: ca. 33.000 Seiten

Bioinformatische Angaben[Bearbeiten]

Die Harvester-Suche vereint folgende bioinformatische Angaben:

Textbasierte Angaben[Bearbeiten]

… von den folgenden Datenbanken:

Datenbanken reich an graphischen Elementen[Bearbeiten]

Diese Datenbanken werden nicht „gesammelt“, sondern in sogenannten Inline-Frames verlinkt. Inline-Frames sind eine Art durchsichtiges Fenster auf einer HTML-Seite. Durch dieses Fenster kann man in Echtzeit auf entsprechende externe Datenbanken „hindurchsehen“. Mehrere solcher Inline-Frame-Fenster werden auf einer Harvester-Protein-Seite kombiniert. Diese Methode erlaubt es, alle Informationen der verschiedenen Datenbanken auf einen Blick zu betrachten und zu vergleichen.

Derzeit werden folgende Server mittels Inline-Frame auf den Harvester-Seiten vereint:

Linkouts[Bearbeiten]

Linkouts verlinken zu externen Suchmaschinen oder bioinformatischen Service-Einrichtungen.

Literatur[Bearbeiten]

  • U. Liebel, B. Kindler, R. Pepperkok: ‘Harvester’: a fast meta search engine of human protein resources. In: Bioinformatics, 2004 Aug 12, 20 (12), S. 1962–1963, Epub 2004 Feb 26, PMID 14988114
  • U. Liebel, B. Kindler, R. Pepperkok: Bioinformatic “Harvester”: a search engine for genome-wide human, mouse, and rat protein resources. In: Methods Enzymol., 2005,404, S. 19–26, PMID 16413254

Weblinks[Bearbeiten]