Die Gauliga Ostmark 1940/41 (auch Fußball-Sportbereichsklasse Ostmark 1940/41) war die dritte Spielzeit der Gauliga Ostmark im annektierten Österreich. Rapid Wien wurde zum zweiten Male in Folge Meister der Gauliga und zum insgesamt 14. Mal Österreichischer Meister. Mit diesem Sieg qualifizierte sich Rapid für die deutsche Fußballmeisterschaft 1940/41, bei der sie nach erfolgreich überstandener Gruppenphase in das Halbfinale einzog. Nach einem 2:1-Sieg im Halbfinale gegen den Dresdner SC erreichte Rapid das Finale, welches am 22. Juni 1941 vor knapp 100.000 Zuschauern im Olympiastadion Berlin gegen den FC Schalke 04 ausgetragen wurde. In diesem lagen die Rapidler bis zur 60. Minute mit 0:3 in Rückstand, in den folgenden elf Minuten konnte Wien jedoch vier Tore erzielen und wurde erstmals deutscher Fußballmeister. Einen Hattrick schoss dabei Franz Binder.
Absteiger aus der Gauliga waren die beiden Tabellenletzten Grazer SC (Steiermark) und Linzer ASK (Oberdonau).
Die Sieger der zweitklassigen 1. Klassen qualifizierten sich für die Aufstiegsrunde, in der die Aufsteiger zur Gauliga im Rundenturnier ausgespielt wurden.
Die Spielzeit im Gau Niederdonau wurde in diesem Jahr nicht im Rundenturnier, sondern im K.-o.-System ausgespielt. Die BSG Traisen setzte sich durch und durfte an der Aufstiegsrunde zur Gauliga teilnehmen.
Die Tiroler Vereine waren nicht in das ostmärkische Fußballgeschehen integriert, sondern spielten ihre Meisterschaft in der Kreisliga Tirol aus. Ein Aufstieg in die Gauliga Ostmark war damit von vornherein ausgeschlossen. In den ersten Jahren nach dem Anschluss war jedoch ein Aufstiegsrecht in die Gauliga Bayern vorgesehen, von dem jedoch kein Gebrauch gemacht wurde. Die Meisterschaft wurde abgebrochen und der FC Wacker Innsbruck zum Sieger erklärt.
Die Vorarlberger Vereine waren nicht in das ostmärkische Fußballgeschehen integriert, sondern spielten gemeinsam mit Klubs aus dem benachbarten Bodenseeraum in der Abteilung Bodensee-Vorarlberg innerhalb der zweitklassigen Fußball-Bezirksklasse Württemberg im Sportgau Württemberg. Der Gewinner an der Aufstiegsrunde zur Gauliga Württemberg teil. Der diesjährige Sieger, VfB Friedrichshafen, konnte sich in dieser Aufstiegsrunde durchsetzen und stieg dadurch in die erstklassigen Gauliga Württemberg 1941/42 auf.
