NAMD

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NAMD
Entwickler Theoretical and Computational Biophysics Group (TCB) und das Parallel Programming Laboratory (PPL) der University of Illinois
Erscheinungsjahr 1995
Aktuelle Version 2.9
(April 2012)
Betriebssystem Windows OS X Linux Solaris
Programmier­sprache C++
Kategorie Simulationssoftware
Lizenz Proprietär
Deutschsprachig nein
http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd

NAMD (NAnoscale Molecular Dynamics program)[1] ist ein Open-Source-Programm zur Simulation molekulardynamischer Prozesse, das an der University of Illinois als Kooperationsprojekt zwischen der Theoretical and Computational Biophysics Group (TCB) und dem Parallel Programming Laboratory (PPL) entwickelt wird. Eine Besonderheit von NAMD ist das zugrunde liegende parallel Programmiermodell Charmm++, das vom Parallel Programming Laboratory (PPL) entwickelt wird und NAMD eine Skalierung bis zu mehreren zehntausend Prozessoren erlaubt.

Unterstützte Kraftfelder[Bearbeiten]

NAMD selbst bringt im Gegensatz zu GROMACS, AMBER oder CHARMM kein eigenes Kraftfeld mit. Jedoch werden die Kraftfelder der genannten drei Softwarepakete unterstützt und können für Simulationsläufe relativ einfach eingebunden werden. Als Standardkraftfelder dient NAMD dabei das CHARMM-Kraftfeld, wobei alle Versionen unterstützt werden. Die Kompatibilität zu mehreren Kraftfeldern erlaubt es, ein weit größeres Feld an Molekülen berechnen zu können als mit einem einzigen Kraftfeld möglich wäre, da nicht in jedem Kraftfeld immer dieselben Moleküle parametrisiert sind.

Weblinks[Bearbeiten]

Einzelnachweise[Bearbeiten]

  1. James C. Phillips, Rosemary Braun, Wei Wang, James Gumbart, Emad Tajkhorshid, Elizabeth Villa, Christophe Chipot, Robert D. Skeel, Laxmikant Kalé, Klaus Schulten: Scalable molecular dynamics with NAMD. In: J Comput Chem. 26, Nr. 16, 2005, S. 1781–1802. doi:10.1002/jcc.20289. PMID 16222654.