Agarose

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Strukturformel
Agarose polymere.svg
Allgemeines
Name Agarose
Andere Namen

(1→4)-3,6-Anhydro-α-L-galactopyranosyl- (1→3)-β-D-galactopyranan

CAS-Nummer 9012-36-6
Monomere D-Galactose und 3,6-Anhydro-L-galactose
Summenformel der Wiederholeinheit C12H18O9
Molare Masse der Wiederholeinheit 306,27 g·mol−1
PubChem 11966311
Art des Polymers

Biopolymer

Kurzbeschreibung

weißer bis gelblicher geruchloser Feststoff

Eigenschaften
Aggregatzustand

fest

Dichte

≈0,9 g/cm3[1]

Schmelzpunkt

88 °C[2]

Löslichkeit

leicht löslich in Wasser (beim Erhitzen)[3]

Sicherheitshinweise
GHS-Gefahrstoffkennzeichnung [3]
keine GHS-Piktogramme
H- und P-Sätze H: keine H-Sätze
P: keine P-Sätze
Soweit möglich und gebräuchlich, werden SI-Einheiten verwendet. Wenn nicht anders vermerkt, gelten die angegebenen Daten bei Standardbedingungen.

Agarose ist ein Polysaccharid aus D-Galactose und 3,6-Anhydro-L-Galactose, die glycosidisch miteinander verbunden sind. Es stellt die Hauptkomponente des Agars dar und wird vor allem aus den Rotalgengattungen Gelidium und Gracillaria gewonnen. Im Gegensatz zum Agar enthält die gereinigte Agarose sehr viel weniger negative Ladungen. Agarose ist ein starker Gelbildner und für die Gelierfähigkeit des Agars verantwortlich.

Agarosegel ist die Bezeichnung für ein Gel, das in der Agarose-Gelelektrophorese zur elektrophoretischen Trennung von Substanzen, z. B. von Nukleinsäuren oder Proteinen eingesetzt wird. Es wird durch Aufkochen von Agarose in einem Puffer hergestellt, beispielsweise in TBE-Puffer, in TAE-Puffer oder in LB-Puffer. Die Konzentration der Agarose im Puffer richtet sich nach der Größe der mit der Gelelektrophorese aufzutrennenden Teilchen, wobei für kleinere Partikel eine bessere Trennung (räumliche Auflösung) mit einem höherprozentig angesetzten Agarosegel erzielt werden kann, für größere mit einem niederprozentigen Gel. Für die Agarosegel-Elektrophorese von Plasmiden und deren Restriktionsfragmente verwendet man beispielsweise meist eine Konzentration von 0,7 bis 1,2 % Agarose im Gelpuffer.

Agarose-Konzentration in Prozent (w/v) Auftrennungsbereich in bp
0,5

1000-30000

0,7 800-12000
1,0 500-10000
1,2 400-7000
1,4 200-4000
2,0 50-2000

Für die Auftrennung von RNA müssen spezielle Formaldehyd-haltige Gele verwendet werden. Häufig werden den Gelen bereits bei der Herstellung Hilfsstoffe zur Sichtbarmachung der aufgetrennten Moleküle zugesetzt. Im Falle von DNA handelt es sich dabei meist um Ethidiumbromid.

Weitere Anwendungen von Agar oder Agarose beziehen sich auf Techniken der Immunodiffusion (Ouchterlony-Test oder Ouchterlony-Doppelimmundiffusion) oder Immunelektrophorese. Quervernetzte Agarose wird unter dem Handelsnamen Sepharose verkauft, der für Separation-Pharmacia-Agarose steht. Sepharose wird als stationäre Phase für die chromatographische Trennung von Biomolekülen eingesetzt. Mit Protein A bzw. Protein G beschichtete Sepharose-Kügelchen (englisch beads) werden bei der Immunpräzipitation eingesetzt.

Literatur[Bearbeiten]

  • Jeremy M. Berg, John L. Tymoczko, Lubert Stryer: Biochemie. 6 Auflage, Spektrum Akademischer Verlag, Heidelberg 2007. ISBN 978-3-8274-1800-5.
  • Donald Voet, Judith G. Voet: Biochemistry. 3. Auflage, John Wiley & Sons, New York 2004. ISBN 0-471-19350-X.
  • Bruce Alberts, Alexander Johnson, Peter Walter, Julian Lewis, Martin Raff, Keith Roberts: Molecular Biology of the Cell, 5. Auflage, Taylor & Francis 2007, ISBN 978-0815341062.

Einzelnachweise[Bearbeiten]

  1. Datenblatt Agarose, PFGE bei Avantor Performance Materials, abgerufen am 9. Oktober 2014.
  2. Datenblatt Agarose MP bei AppliChem (PDF; 63 kB), abgerufen am 9. Oktober 2014.
  3. a b c Datenblatt Agarose (PDF) bei Carl Roth, abgerufen am 14. Dezember 2010.