Der Verein wurde 1967 gegründet und spielte bis zum Zusammenbruch der Sowjetunion in der zweiten Liga und stellte danach den Spielbetrieb ein. Erst 2000 wurde der Verein reaktiviert, zog sich wegen finanzieller Schwierigkeiten zwei Jahre später wieder zurück. 2013 wurde der Verein wieder hergestellt und ein Jahr später wurde der Aufstieg in die 1. Liga geschafft.
Araz-Naxçıvan zog sich am 3. November 2014 aufgrund von „fortgesetzter parteiischer Schiedsrichterentscheidungen“ aus dem Spielbetrieb zurück. Alle bis dahin absolvierten Partien wurden annulliert.[1] Seit der Saison 2023/24 spielt der Klub wieder in der ersten Liga. Mit dem 3. Platz in der Saison 2024/25 erreichte der Klub erstmals die Teilnahme an einem europäischen Wettbewerb.