Chemistry Development Kit

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Chemistry Development Kit

Cdklogo.svg
Basisdaten

Entwickler Christoph Steinbeck, Egon Willighagen, Dan Gezelter
Aktuelle Version 2.3[1]
(9. August 2019)
Programmiersprache Java
Kategorie Chemoinformatik
Lizenz GNU LGPL
deutschsprachig nein
cdk.github.io

Das Chemistry Development Kit (CDK) ist eine freie Open-Source-Software-Bibliothek für Bio- und Chemoinformatik. Sie wurde erstmals am 11. Mai 2001 von Christoph Steinbeck, Egon Willighagen und Dan Gezelter vorgestellt.

Das CDK ist in Java geschrieben. Es bietet Funktionalitäten um eigene Chemie-Software zu schreiben.[2] Damit können chemische Formeln eingegeben werden, molekulare Modellierung (2-D- und 3-D-Rendern) durchgeführt und quantitative Struktur-Wirkungs-Beziehungen dargestellt werden.[3] Die Auszeichnungssprache Chemical Markup Language, MDL Molfile sowie die Simplified Molecular Input Line Entry Specification und International Chemical Identifiers werden unterstützt.[4] Mit dem CDK können Algorithmen für chemische Graphentheorie geschrieben werden.

Die Bibliothek kann in Microsoft Excel (LICSS)[5], die statistische Programmiersprache R[6], die Statistik-Software KNIME[7], Apache Taverna[8] und Bioclipse eingebunden werden. Innerhalb von OpenChrom wird sie zur Darstellung von identifizierten Substanzen verwendet.[9]

Literatur[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

  • Christoph Steinbeck u. a.: The Chemistry Development Kit (CDK). an open-source Java library for Chemo- and Bioinformatics. In: Journal of chemical information and computer sciences. Band 43, Nr. 2. American Chemical Society, Washington D.C. 2003, S. 493–500, PMC 12653513 (freier Volltext).

Weblinks[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Einzelnachweise[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

  1. Release 2.3. 9. August 2019 (abgerufen am 9. August 2019).
  2. Edgar Luttmann: Chemiesoftware selber schreiben leicht gemacht. In: Nachrichten aus der Chemie. Band 51, Nr. 1. Wiley-VCH, Weinheim 2003, S. 40–42, doi:10.1002/nadc.20030510117.
  3. M. Guangli, C. Yiyu: Predicting Caco-2 permeability using support vector machine and chemistry development kit. In: Journal of pharmacy & pharmaceutical sciences. Band 9, Nr. 2. The Society, Edmonton 2006, S. 210, PMC 16959190 (freier Volltext).
  4. O. Spjuth, A. Berg, S. Adams, Egon L. Willighagen: Applications of the InChI in cheminformatics with the CDK and Bioclipse. In: Journal of cheminformatics. Band 5, Nr. 1. Chemistry Central Ltd., London 2013, S. 5–14, PMC 23497723 (freier Volltext).
  5. Kevin R. Lawson, Jonty Lawson: LICSS - a chemical spreadsheet in microsoft excel. In: Journal of cheminformatics. Band 4, Nr. 1. Chemistry Central Ltd., London 2012, S. 3, PMC 3310842 (freier Volltext).
  6. Rajarshi Guha: Chemical informatics functionality in R. In: Journal of Statistical Software. Band 18, Nr. 5, 2007, S. 1–16 (online).
  7. Stephan Beisken u. a.: KNIME-CDK. Workflow-driven cheminformatics. In: BMC Bioinformatics. Band 14, Nr. 1. BioMed Central, London 2013, S. 257, PMC 3765822 (freier Volltext).
  8. Thomas Kuhn, Egon L Willighagen, Achim Zielesny, Christoph Steinbeck: CDK-Taverna. an open workflow environment for cheminformatics. In: BMC Bioinformatics. Band 11, Nr. 1. BioMed Central, London 2010, S. 159, PMC 2862046 (freier Volltext).
  9. OpenChrom CDK plugin. In: GitHub. Lablicate, abgerufen am 19. März 2021 (englisch).