Chemistry Development Kit

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Chemistry Development Kit

Logo des Chemistry Development Kit
Basisdaten

Entwickler Christoph Steinbeck, Egon Willighagen, Dan Gezelter
Erscheinungsjahr 2001
Aktuelle Version 1.5.13
(12. Februar 2017)
Betriebssystem Microsoft Windows
Programmiersprache Java
Kategorie Chemoinformatik
Lizenz GNU LGPL
deutschsprachig nein
sourceforge.net/projects/cdk/

Das Chemistry Development Kit (CDK) ist eine freie Open-Source-Software-Bibliothek für Bio- und Chemoinformatik. Sie wurde erstmals am 11. Mai 2001 von Christoph Steinbeck, Egon Willighagen und Dan Gezelter vorgestellt.

Das CDK ist in Java geschrieben. Es bietet Funktionalitäten um eigene Chemie-Software zu schreiben.[1] Damit können chemische Formeln eingegeben werden, molekulare Modellierung (2-D- und 3-D-Rendern) durchgeführt und quantitative Struktur-Wirkungs-Beziehungen dargestellt werden.[2] Die Auszeichnungssprache Chemical Markup Language sowie die Simplified Molecular Input Line Entry Specification und International Chemical Identifiers werden unterstützt.[3] Mit dem CDK können Algorithmen für chemische Graphentheorie geschrieben werden.

Die Bibliothek kann in Microsoft Excel (LICSS)[4], die statistische Programmiersprache R[5], die Statistik-Software KNIME[6], Apache Taverna[7] und Bioclipse eingebunden werden.

Literatur[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

  • Christoph Steinbeck u. a.: The Chemistry Development Kit (CDK). an open-source Java library for Chemo- and Bioinformatics. In: Journal of chemical information and computer sciences. Band 43, Nr. 2. American Chemical Society, Washington D.C. 2003, S. 493–500, PMC 12653513 (freier Volltext).

Weblinks[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Einzelnachweise[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

  1. Edgar Luttmann: Chemiesoftware selber schreiben leicht gemacht. In: Nachrichten aus der Chemie. Band 51, Nr. 1. Wiley-VCH, Weinheim 2003, S. 40–42, doi:10.1002/nadc.20030510117.
  2. M. Guangli, C. Yiyu: Predicting Caco-2 permeability using support vector machine and chemistry development kit. In: Journal of pharmacy & pharmaceutical sciences. Band 9, Nr. 2. The Society, Edmonton 2006, S. 210, PMC 16959190 (freier Volltext).
  3. O. Spjuth, A. Berg, S. Adams, Egon L. Willighagen: Applications of the InChI in cheminformatics with the CDK and Bioclipse. In: Journal of cheminformatics. Band 5, Nr. 1. Chemistry Central Ltd., London 2013, S. 5–14, PMC 23497723 (freier Volltext).
  4. Kevin R. Lawson, Jonty Lawson: LICSS - a chemical spreadsheet in microsoft excel. In: Journal of cheminformatics. Band 4, Nr. 1. Chemistry Central Ltd., London 2012, S. 3, PMC 3310842 (freier Volltext).
  5. Rajarshi Guha: Chemical informatics functionality in R. In: Journal of Statistical Software. Band 18, Nr. 5, 2007, S. 1–16 (online).
  6. Stephan Beisken u. a.: KNIME-CDK. Workflow-driven cheminformatics. In: BMC Bioinformatics. Band 14, Nr. 1. BioMed Central, London 2013, S. 257, PMC 3765822 (freier Volltext).
  7. Thomas Kuhn, Egon L Willighagen, Achim Zielesny, Christoph Steinbeck: CDK-Taverna. an open workflow environment for cheminformatics. In: BMC Bioinformatics. Band 11, Nr. 1. BioMed Central, London 2010, S. 159, PMC 2862046 (freier Volltext).