Diskussion:GC-Gehalt

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Habe folgenden Satz wieder raus genommen, da er nicht verständlich ist (was ist Basenstapplung?):

"Es ist aber zu beachten, dass nicht die H-Brücken zur Stabilität beitragen, sondern die Basenstapplung (base-stacking)!"

--Kookaburra 22:22, 6. Dez 2005 (CET)

Vielleicht kann mal jemand einen Artikel zu Basenstapelung schreiben. Ich verstehe nicht ganz, was Wasserstoffbrücken, die im denaturierten Zustand ausgebidet werden, mit den Wasserstoffbrücken zwischen den Basenpaaren im Doppelstrang zu tun haben.

Ich hab' das jetzt mal nachgelesen.
"Jedoch ist die Stabilität nicht von der Anzahl der Wasserstoffbrücken abhängig, denn diese existieren im denaturierten Zustand ebenfalls mit Wasser. Die höhere Stabilität kommt durch grössere Stapelinteraktionen zustande, welche eigentlich durch die Van-der-Waals-Wechselwirkungen erklärt werden können."
Das stimmt so nicht. Für die Kinetik der Denaturierung sind ganz überwiegend die Wasserstoffbrücken zwischen den Basenpaaren entscheidend. Zwar tragen die Interaktionen zwischen benachbarten Basenpaaren ("Basenstapel") ebenfalls zur Stabilität bei, aber wesentlich geringer als die Wasserstoffbrücken. Vor allem habe ich bisher aber keinen Hinweis darauf finden können, dass die Interaktionen zwischen benachbarten G-C-Paaren stärker sind, als zwischen benachbarten A-T-Paaren. Ich würde die zwei Sätze deshalb streichen. --Trance Gemini

einige sätze in diesem artikel sind völlig überflüssig und schwammig formuliert, außerdem in schlechtem deutsch. z.B.: "Diese (regionen hohen GC-gehaltes) sind meist in die (an der?) Aufrechterhaltung der räumlichen Struktur der (von?) Chromosomen einbezogen (beteiligt?)." meint der autor hier centomerregionen? meint er die räumliche Struktur von Chromosomen während der M, G1, S oder G2 Phase? weglassen! es wäre gut den GC gehalt von weiteren spezies hinzuzufügen. D. melanogaster fehlt und die anderen bereits sequenzierten drosophiliden auch. mensch, maus, hund, tribolium sollte auch dazu. man sollte vielleciht auch zwischen codierender und nicht codierender sequenz unterscheiden.

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Stapelwechselwirkungen[Quelltext bearbeiten]

Stapelwechselwirkungen zwischen den nebeneinander liegenden Basen der dsDNA tragen als Hauptfaktor zur Stabilität eines Nukleinsäure-Duplex bei, während die Ausbildung von Wasserstoffbrücken zwischen den Basen kaum stabilisierende Wirkung hat. AT-Paarungen gelten als grundsätzlich destabilisierend, GC-Paare als leich stabilisierend für einen Nukleinsäure-Duplex [1]. Die Basen untereinander verbinden sich dagegen über sehr labile Wasserstoffbrückenbindungen (Brechkraft = 4 pN). Geringgradige Temperaturschwankungen um die Körpertemperatur von 37°C genügen, um sie zu brechen. So können sich Basen voneinander innerhalb einer bestimmten Amplitude entfernen und sich erneut einander annäheren [2]. Diese Fluktuation erzeugt lokale Öffnungen, Zugangsmöglichkeiten zur Sequenzinformation der DNA-Basen und wird als DNA-Breathing bezeichnet. So wie es momentan im Artikel zu lesen ist, finde ich es gut formuliert.

Literatur

  • [1] Yakovchuk P, Protozanova E, Frank-Kamenetskii MD: Base-stacking and basepairing contributions into thermal stability of the DNA double helix. Nucleic Acids Res 34: 564{574 (2006)
  • [2] Peyrard M, Cuesta-López S, James G: Nonlinear analysis of the dynamics of DNA breathing. J Biol Phys 35: 73{89 (2009)

-- J.R.wiki 15:57, 9. Sep. 2010 (CEST) (13:09, 22. Sep. 2010 (CEST), Datum/Uhrzeit nachträglich eingefügt, siehe Hilfe:Signatur)

Abbildung[Quelltext bearbeiten]

Bei der Purinbase Guanin fehlt ein Bindungsstrich zwischen N und C sowie die Wasserstoffbrücke von diesem N zum Cytosin und die (-O-H-NH-)-Wasserstoffbrücke sollte nicht eine Doppelbindung zwischen dem oben angegebenen C und dem O haben; diese Bindung scheint umgeklappt die fehlende zu sein. -TumtraH-PumA (Diskussion) 01:51, 11. Apr. 2018 (CEST)

Es ist anders, vom Cytosin N in Position 3 nach der Zählung des Pyrimidin zum H ist die Wasserstoffbrücke und nicht die Bindung. Von diesem H zum N in Position 1 nach der Zählung des Purin (n.d.Z.d.Pu) fehlt die Bindung, und von diesem N zum C (6 n.d.Z.d.Pu). Die Abildung: Chemische Struktur der DNA.svg zeigt die Verhältnisse richtig. --TumtraH-PumA (Diskussion) 02:08, 21. Apr. 2018 (CEST)