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Der Verein, der die meiste Zeit seiner Geschichte in einer unteren Liga spielte, schaffte 2009 den Aufstieg in die zweite kroatische Fußballliga, wo er sich schnell als einer der stabilsten Vereine etablierte und regelmäßig in der oberen Tabellenhälfte zu finden war. In der Saison 2016/17 holte Rudeš den Titel und stieg damit für die Saison 2017/18 in die erste kroatische Fußballliga auf.
Im Mai 2017 unterzeichnete Rudeš einen Zehnjahresvertrag mit dem spanischen Verein Deportivo Alavés, wobei Rudeš als Zubringerverein fungierte. Der Vertrag wurde jedoch nach dem ersten Jahr gekündigt.[1]
