Protein Data Bank

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Beispiele von Proteinstrukturen aus der PDB

Die Protein Data Bank (PDB) ist eine Datenbank für 3D-Strukturdaten von Proteinen und Nukleinsäuren. Die Strukturdaten wurden üblicherweise durch Kristallstrukturanalyse oder NMR-Spektroskopie gewonnen. Sie ist die zentrale Datenbank für alle biologischen Strukturdaten und frei zugänglich.[1] Im Jahr 2015 enthielt PDB über 100.000 Einträge.[2]

Geschichte[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

PDB setzte sich ursprünglich aus Proteinstrukturen aus der Röntgen-Kristallstrukturanalyse und dem 1968 gegründeten Brookhaven RAster Display (BRAD) zusammen. Im Jahr 1969, entstand unter der Förderung durch Walter Hamilton am Brookhaven National Laboratory und der Urheberschaft von Edgar Meyer (Texas A&M University) eine Software zur Speicherung von Atomkoordinaten in einem gemeinsamen Format. Im Jahr 1971 wurde die Suchfunktion SEARCH eingeführt, mit der die Daten heruntergeladen und offline gespeichert werden konnten.[3] Nach Hamiltons Tod 1973 übernahm Tom Koeztle die Leitung für die folgenden 20 Jahre. Im Jahr 1994 ging die Führung an Joel Sussman über.

Von Oktober 1998 bis Juni 1999 wurde PDB in das Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB) übertragen.[4][5] Dort wurde Helen M. Berman of Rutgers University neue Direktorin.[6] Im Jahr 2003 wurde PDB mit der Gründung von Worldwide Protein Data Bank (wwPDB) international. Gründungsmitglieder sind PDBe (Europe),[7] RCSB (USA) und PDBj (Japan).[8] 2006 schloss sich die Biological Magnetic Resonance Bank (BMRB) an.[9] Jeder Eintrag wird durch die Mitarbeiter bearbeitet.[10][11]

Siehe auch[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Literatur[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Weblinks[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Einzelnachweise[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

  1. Helen M. Berman: The Protein Data Bank: a historical perspective. In: Acta Crystallographica Section A, Band 64, Nr. 1, Januar 2008, S. 88–95.
  2. Y. H. Huang, P. W. Rose, C. N. Hsu: Citing a Data Repository: A Case Study of the Protein Data Bank. In: PloS one. Band 10, Nummer 8, 2015, S. e0136631, doi:10.1371/journal.pone.0136631, PMID 26317409, PMC 4552849 (freier Volltext).
  3. Meyer EF: The first years of the Protein Data Bank. In: Cambridge University Press (Hrsg.): Protein Science. 6, Nr. 7, 1997, S. 1591–1597. doi:10.1002/pro.5560060724. PMID 9232661. PMC: 2143743 (freier Volltext).
  4. RCSB | Research Collaboratory for Structural Bioinformatics
  5. Berman HM, Westbrook J, Feng Z, Gilliland G, Bhat TN, Weissig H, Shindyalov IN, Bourne PE: The Protein Data Bank. In: Nucleic Acids Res.. 28, Nr. 1, January 2000, S. 235–242. doi:10.1093/nar/28.1.235. PMID 10592235. PMC: 102472 (freier Volltext).
  6. RCSB PDB Newsletter Archive. RCSB Protein Data Bank.
  7. PDBe Protein Data Bank in Europe
  8. Welcome to PDBj - Home
  9. BMRB - Biological Magnetic Resonance Bank
  10. The Role of Community-Driven Data Curation for Enterprises. In: D. Wood (Hrsg.): Linking Enterprise Data.. Springer US, Boston, MA 2010, ISBN 978-1-441-97664-2, S. 25–47.
  11. PDB Validation Suite