Die Copa México 1965/66 war die 24. Austragung des Fußball-Pokalwettbewerbs seit Einführung des Profifußballs in Mexiko. Das Turnier begann am 10. Februar 1966 mit dem Gruppenspiel zwischen dem CF Atlante und dem späteren Finalisten Club León (0:2). Es endete mit dem am 12. April 1966 ausgetragenen Finalwiederholungsspiel zwischen dem Club Necaxa und dem Club León (1:0), nachdem die ursprüngliche Finalbegegnung zwei Tage vorher mit dem torreichen Endergebnis von 3:3 keinen Sieger gefunden hatte.
Teilnahmeberechtigt waren die 16 Mannschaften, die in Saison 1965/66 in der höchsten Spielklasse vertreten waren. Pokalsieger wurde zum zweiten Mal nach ihrer Annahme des Profistatus im Jahr 1950 bzw. zum insgesamt sechsten Mal die Mannschaft des Club Necaxa.
Das Turnier begann mit vier Vorrundengruppen, denen jeweils vier Mannschaften zugeteilt waren. In der Gruppenphase spielten alle Mannschaften aus derselben Gruppe jeweils zweimal gegeneinander, wobei sie jeweils einmal Heimrecht hatten und einmal auswärts antraten. Die jeweiligen Gruppensieger qualifizierten sich für das im K.-o.-System ausgetragene Halbfinale, das in Hin- und Rückspielen mit je einem Heimrecht der beiden Kontrahenten ausgetragen wurde, während das Endspiel im Estadio Olímpico Universitario von Mexiko-Stadt stattfand.
Die Begegnungen des Achtelfinals wurden zwischen dem 10. Februar und 20. März 1966 ausgetragen. Die nachfolgende Bezeichnung der Gruppen (mit 1, 2, 3 und 4) erfolgt nur der besseren Übersicht wegen, aber ansonsten rein willkürlich, da die genaue Bezeichnung der Gruppen nicht überliefert ist. Die Sortierung berücksichtigt jedoch, dass die qualifizierten Gruppensieger aus den jeweils benachbarten Gruppen (1 und 2 einerseits sowie 3 und 4 andererseits) im Halbfinale gegeneinander antreten mussten. Während sich die beiden späteren Finalisten jeweils deutlich durchsetzen konnten (sowohl der Club León als auch der Club Necaxa erzielten in der Vorrunde 11-1 Punkte, während es der jeweilige Gruppenzweite, Atlético Morelia bzw. Deportivo Irapuato, auf nur 7-5 Punkte brachte. Spannender ging es in den beiden anderen Gruppen zu.
Im Duell der beiden Giganten des mexikanischen Fußballs, Chivas Guadalajara und Club América, lagen nach dem vorletzten Spieltag beide Mannschaften mit 8-2 Punkten gleichauf vorne, weil sie – mit Ausnahme der direkten Duelle, die jeweils unentschieden endeten – alle anderen Begegnungen in der Gruppe für sich entscheiden konnten. Durch die hohen Siege der Mannschaft aus Guadalajara gegen den CD Cruz Azul (5:0 und 4:0) lag Chivas im Torverhältnis vorne und galt vor dem letzten Spieltag als Favorit für den Gruppensieg sowie den damit verbundenen Halbfinaleinzug. Doch die Mannschaft patzte im Auswärtsspiel gegen den bis dahin sieglosen CD Zacatepec (0:1), während der Club América sich beim CD Cruz Azul (2:1) durchsetzen konnte.
In der anderen Gruppe, die hier als Gruppe 3 festgesetzt wurde, lagen Deportivo Toluca und der Club Deportivo Veracruz am Ende mit jeweils 10-2 Punkten gleichauf. Vorausgesetzt, dass die überlieferten Ergebnisse korrekt sind, ist nicht nachvollziehbar, weshalb der Deportivo Toluca FC mit 11:6 Toren gegenüber dem Club Deportivo Veracruz mit 15:8 Toren letztlich Gruppensieger wurde. Denn sowohl hinsichtlich der Tordifferenz als auch hinsichtlich des Torquotienten hätte sich die Mannschaft aus Veracruz durchsetzen müssen. Möglicherweise galt schon damals die Auswärtstorregel (Toluca gewann das Heimspiel 1:0 und verlor 2:3 in Veracruz) oder der Gruppensieg wurde per Losentscheid herbeigeführt?
Die Hinspiele des Halbfinals wurden am 27. März und die Rückspiele am 31. März bzw. 3. April 1966 ausgetragen. Der spätere Pokalsieger Necaxa konnte sich erst in der Verlängerung gegen Deportivo Toluca durchsetzen.
