Im Vergleich zur Saison 2011/12 veränderte sich die Zusammensetzung der Liga folgendermaßen: Der FC Marsaxlokk und der FC Mqabba stiegen nach nur einem Jahr als letzt- bzw. vorletztplatzierte Mannschaften der Abstiegsgruppe in die First Division (zweithöchste Spielklasse) ab und wurden durch den FC Melita und Rabat Ajax FC ersetzt.
Nur wenige Stadien in Malta verfügen über die nötige Infrastruktur, um regelmäßig Premier League Matches abhalten zu können. Diese waren das Ta’ Qali-Stadion, das Victor Tedesco Stadion, und der Hibernians Football Ground. Jede Mannschaft verfügt zwar über einen eigenen Trainingsplatz, allerdings werden auf diesen in der Regel keine Matches gespielt. Daher finden die Spiele üblicherweise auf neutralem Boden statt, was die Unterscheidung zwischen Heim- und Auswärtsspielen im Wesentlichen hinfällig macht.
Nach einer Vorrunde, bestehend aus einer Hin- und einer Rückrunde, wurde die Liga in zwei Sechsergruppen geteilt: Die besten sechs Mannschaften spielten in der Meisterrunde um den Titel und die internationalen Startplätze, die sechs schlechtesten Mannschaften gegen den Abstieg. Dabei wurden die in der Vorrunde erreichten Punkte zur Hälfte gutgeschrieben (halbe Punkte wurden aufgerundet).
Für einen Sieg gab es drei Punkte, für ein Unentschieden einen und für eine Niederlage keinen Punkt. Bei Punktgleichheit war für die Entscheidung um die Meisterschaft, Europa-League-Teilnahme und die Abstiegsplätze ein Entscheidungsspiel vorgesehen. Die beiden Letztplatzierten mussten in die First Division absteigen.
Aufgrund der Punktgleichheit des FC Birkirkara und Hibernians Paola kam es am 11. Mai 2013 zu einem Finalspiel um die Meisterschaft und der damit verbundenen Teilnahme an der 2. Qualifikationsrunde zur UEFA Champions League 2013/14[2]