„RIP-Chip“ – Versionsunterschied
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Version vom 19. Juni 2013, 22:11 Uhr
Der RIP-Chip ist eine Methode der Biochemie zum Nachweis von RNA-Protein-Interaktionen. Der RIP-Chip ist eine Kombination aus einer Immunopräzipitation eines RNA-bindenden Proteins mit einer RT-PCR und einem Microarray und dient zur Untersuchung der verschiedenen gebundenen RNA eines solchen Proteins.[1]
Prinzip
Durch eine Immunpräzipitation eines bekannten, meist rekombinanten Proteins, können aus einer RNA-Lösung spezifisch bindende RNA-Sequenzen angereichert und aufgereinigt werden. Diese RNA werden anschließend von dem Protein getrennt und durch RT-PCR in cDNA umgeschrieben. Diese erzeugte cDNA wird zur Hybridisierung mit DNA auf einem Microarray eingesetzt.[2][3]
Der RIP-Chip besitzt Ähnlichkeiten zum ChIP-on-chip, welcher mit ähnlichem Prinzip DNA-bindende Proteine charakterisiert. Die Clip-Seq ist ein Alternativverfahren zum RIP-Chip mit DNA-Sequenzierungen im Hochdurchsatz anstelle des Microarrays.
Einzelnachweise
- ↑ Townley-Tilson WH, Pendergrass SA, Marzluff WF, Whitfield ML: Genome-wide analysis of mRNAs bound to the histone stem–loop binding protein. In: RNA. 12. Jahrgang, Nr. 10, Oktober 2006, S. 1853–67, doi:10.1261/rna.76006, PMID 16931877, PMC 1581977 (freier Volltext).
- ↑ Khalil AM, Guttman M, Huarte M, et al.: Many human large intergenic noncoding RNAs associate with chromatin-modifying complexes and affect gene expression. In: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 106. Jahrgang, Nr. 28, Juli 2009, S. 11667–72, doi:10.1073/pnas.0904715106, PMID 19571010, PMC 2704857 (freier Volltext).
- ↑ Hendrickson DG, Hogan DH, Herschlag D, Ferrell JEF, Brown PB: Systematic Identification of mRNAs Recruited to Argonaute 2 by Specific microRNAs and Corresponding Changes in Transcript Abundance. In: PLoS ONE. 3. Jahrgang, Nr. 5, 2008, S. e2126, doi:10.1371/journal.pone.0002126, PMID 18461144, PMC 2330160 (freier Volltext).