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Datei:Maximum Likelihood-Tree-Acanthobasidium-Aleurodiscus-Neoaleurodiscus.svg

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Beschreibung

Figure. Evolutionary relationships of Acanthobasidium, Aleurodiscus (s.s.) and Neoaleurodiscus
The evolutionary history was inferred by using the Maximum Likelihood method based on the Tamura-Nei model [1]. The tree with the highest log likelihood (-3059.7469) is shown. The percentage of trees in which the associated taxa clustered together is shown next to the branches. Initial tree(s) for the heuristic search were obtained by applying the Neighbor-Joining method to a matrix of pairwise distances estimated using the Maximum Composite Likelihood (MCL) approach. A discrete Gamma distribution was used to model evolutionary rate differences among sites (5 categories (+G, parameter = 0.1542)). The rate variation model allowed for some sites to be evolutionarily invariable ([+I], 54.0453% sites). The tree is drawn to scale, with branch lengths measured in the number of substitutions per site. The analysis involved 20 nucleotide sequences. There were a total of 935 positions in the final dataset. Evolutionary analyses were conducted in MEGA6 [2].
For all taxa the GenBank number of the DNA-sequence is shown. All black sequences sequences are used bySheng-Hua Wu in his most parsimonious tree, additional sequences are red. [3]

1. Tamura K. and Nei M. (1993). Estimation of the number of nucleotide substitutions in the control region of mitochondrial DNA in humans and chimpanzees. Molecular Biology and Evolution 10:512-526.
2. Tamura K., Stecher G., Peterson D., Filipski A., and Kumar S. (2013). MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 6.0. Molecular Biology and Evolution30: 2725-2729.
3. Sheng-Hua Wu, Dong-Mei Wang & Shi-Yi Yu: Neoaleurodiscus fujii, a new genus and new species found at the timberline in Japan. In: The Mycological Society of America, (Hrsg.): Mycologia. Vol.: 102(1), Lawrence 2010, S. 217–223

List with GenBank Sequences
Datum
Quelle Eigenes Werk
Urheber Thkgk
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aktuell13:55, 19. Aug. 2014Vorschaubild der Version vom 13:55, 19. Aug. 2014516 × 476 (23 KB)Thkgk{{Information |Description='''Figure. Evolutionary relationships of Acanthobasidium, Aleurodiscus (s.s.) and Neoaleurodiscus'''<br/> The evolutionary history was inferred by using the Maximum Likelihood method based on the Tamura-Nei model [1]. The tre...

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