„FASTQ-Format“ – Versionsunterschied
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Das FASTQ-Format ist ein textbasiertes [[Datenformat|Format]] zum Speichern einer biologischen Sequenz (meist [[Nukleotidsequenz]]) und ihrer entsprechenden Qualitätskennzahlen. Sowohl der Sequenzbuchstabe als auch die Qualitätskennzahl sind mit einem einzigen [[Ascii|ASCII]]-Zeichen codiert. |
Das FASTQ-Format ist ein textbasiertes [[Datenformat|Format]] zum Speichern einer biologischen Sequenz (meist [[Nukleotidsequenz]]) und ihrer entsprechenden Qualitätskennzahlen. Sowohl der Sequenzbuchstabe als auch die Qualitätskennzahl sind mit einem einzigen [[Ascii|ASCII]]-Zeichen codiert. |
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Es wurde ursprünglich am [[Wellcome Trust Sanger Institute]] entwickelt, um eine Sequenz im [[FASTA-Format|FASTA]]-Format mit ihren Qualitätsdaten zu verbinden und gemeinsam abzuspeichern. Das Format ist aber mittlerweile zum Standard für die Speicherung von high-throughput Sequenzdaten geworden. |
Es wurde ursprünglich am [[Wellcome Trust Sanger Institute]] entwickelt, um eine Sequenz im [[FASTA-Format|FASTA]]-Format mit ihren Qualitätsdaten zu verbinden und gemeinsam abzuspeichern. Das Format ist aber mittlerweile zum Standard für die Speicherung von high-throughput Sequenzdaten geworden<ref>{{Literatur |Autor=Peter J. A. Cock, Christopher J. Fields, Naohisa Goto, Michael L. Heuer, Peter M. Rice |Titel=The Sanger FASTQ file format for sequences with quality scores, and the Solexa/Illumina FASTQ variants |Sammelwerk=Nucleic Acids Research |Band=38 |Nummer=6 |Datum=2010-04 |ISSN=1362-4962 |DOI=10.1093/nar/gkp1137 |PMC=2847217 |PMID=20015970 |Seiten=1767–1771 |Online=https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/20015970 |Abruf=2023-02-21}}</ref>. |
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Version vom 21. Februar 2023, 12:15 Uhr
| FASTQ format | |
|---|---|
| Dateiendung: | .fastq
|
| Entwickelt von: | Wellcome Trust Sanger Institute |
| Erstveröffentlichung: | ~2000 |
| Art: | Bioinformatik |
| Erweitert von: | ASCII and FASTA format |
| http://maq.sourceforge.net/fastq.shtml | |
Das FASTQ-Format ist ein textbasiertes Format zum Speichern einer biologischen Sequenz (meist Nukleotidsequenz) und ihrer entsprechenden Qualitätskennzahlen. Sowohl der Sequenzbuchstabe als auch die Qualitätskennzahl sind mit einem einzigen ASCII-Zeichen codiert.
Es wurde ursprünglich am Wellcome Trust Sanger Institute entwickelt, um eine Sequenz im FASTA-Format mit ihren Qualitätsdaten zu verbinden und gemeinsam abzuspeichern. Das Format ist aber mittlerweile zum Standard für die Speicherung von high-throughput Sequenzdaten geworden[1].
Format
Eine FASTQ-Datei hat vier Zeilen pro Sequenz:
- Zeile 1 beginnt mit einem „@“-Zeichen, gefolgt von einer Sequenzkennung und einer optionalen Beschreibung (wie eine FASTA-Titelzeile).
- Zeile 2 beinhaltet die Sequenzbuchstaben.
- Zeile 3 beginnt mit einem „+“-Zeichen und kann optional die selbe Sequenzkennung (und eine beliebigen Beschreibung) aufweisen.
- Zeile 4 codiert die Qualitätskennzahlen für die Sequenz in Zeile 2 und muss die gleiche Anzahl an Symbolen enthalten wie Buchstaben in der Sequenz sin.
Eine FASTQ-Datei mit einer einzigen Sequenz kann folgendermaßen aussehen:
@SEQ_ID GATTTGGGGTTCAAAGCAGTATCGATCAAATAGTAAATCCATTTGTTCAACTCACAGTTT + !''*((((***+))%%%++)(%%%%).1***-+*''))**55CCF>>>>>>CCCCCCC65
- MAQ webpage discussing FASTQ variants
- ↑ Peter J. A. Cock, Christopher J. Fields, Naohisa Goto, Michael L. Heuer, Peter M. Rice: The Sanger FASTQ file format for sequences with quality scores, and the Solexa/Illumina FASTQ variants. In: Nucleic Acids Research. Band 38, Nr. 6, April 2010, ISSN 1362-4962, S. 1767–1771, doi:10.1093/nar/gkp1137, PMID 20015970, PMC 2847217 (freier Volltext) – (nih.gov [abgerufen am 21. Februar 2023]).