„Bgee“ – Versionsunterschied

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'''Bgee''' is a [[biological database|database]] maintained by the [[SIB Swiss Institute of Bioinformatics]] and the [[University of Lausanne]] for retrieval and comparison of [[gene expression]] patterns from [[RNA-Seq]], [[scRNA-Seq]], [[DNA_microarray|Microarray]], [[In situ hybridization]] and [[Expressed sequence tag|EST]] studies, across multiple [[animal]] [[species]].<ref>{{cite book | vauthors = Bastian FB, Parmentier G, Roux J, Moretti S, Laudet V, Robinson-Rechavi M | title = Data Integration in the Life Sciences | chapter = Bgee: Integrating and Comparing Heterogeneous Transcriptome Data Among Species | series = Lecture Notes in Computer Science | volume = 5109 | pages = 124–131 | date = 2008 | doi = 10.1007/978-3-540-69828-9_12 | isbn = 978-3-540-69827-2 }}</ref><ref>{{cite journal | vauthors = Bastian FB, Roux J, Niknejad A, Comte A, Fonseca Costa SS, Mendes de Farias T, Moretti S, Parmentier G, Rech de Laval V, Rosikiewicz M, Wollbrett J, Echchiki A, Escoriza A, Gharib W, Gonzales-Porta M, Jarosz Y, Laurenczy B, Moret P, Person E, Roelli P, Sanjeev K, Seppey M, Robinson-Rechavi M | display-authors = 6 | title = The Bgee suite: integrated curated expression atlas and comparative transcriptomics in animals | journal = Nucleic Acids Research | volume = 49 | issue = D1 | pages = D831–D847 | date = Jan 2021 | pmid = 33037820 | doi = 10.1093/nar/gkaa793 | pmc = 7778977 | doi-access = free }}</ref> Bgee provides an intuitive answer to the question ''where is a gene expressed?'' and supports research in [[cancer]] and [[agriculture]], as well as [[evolutionary biology]].
'''Bgee''' ist eine [[Biologische Datenbanken|Datenbank]], die vom [[Swiss Institute of Bioinformatics|Schweizer Institut für Bioinformatik (SIB)]] und der [[Universität Lausanne]] zur Abfrage und dem Vergleich von [[Genexpression]]<nowiki/>smustern aus [[RNA-Seq]]-, [[RNA-Seq|scRNA-Seq]]-, [[DNA-Chip-Technologie|Microarray]]-, [[In-situ-Hybridisierung]]- und [[Expressed Sequence Tag|EST]]-Studien über verschiedene [[Art (Biologie)|biologische Spezies]] aus dem Reich der [[Tier|Tiere]] gepflegt wird.<ref>{{Cite book |vauthors=Bastian FB, Parmentier G, Roux J, Moretti S, Laudet V, Robinson-Rechavi M |title=Data Integration in the Life Sciences |series=Lecture Notes in Computer Science |volume=5109 |date=2008 |chapter=Bgee: Integrating and Comparing Heterogeneous Transcriptome Data Among Species |page=124–131 |isbn=978-3-540-69827-2 |doi=10.1007/978-3-540-69828-9_12}}</ref><ref>{{Cite journal |vauthors=Bastian FB, Roux J, Niknejad A, Comte A, Fonseca Costa SS, Mendes de Farias T, Moretti S, Parmentier G, Rech de Laval V, Rosikiewicz M, Wollbrett J, Echchiki A, Escoriza A, Gharib W, Gonzales-Porta M, Jarosz Y, Laurenczy B, Moret P, Person E, Roelli P, Sanjeev K, Seppey M, Robinson-Rechavi M |title=The Bgee suite: integrated curated expression atlas and comparative transcriptomics in animals |work=Nucleic Acids Research |issue=D1 |volume=49 |pages=D831–D847 |date=Jan 2021 |doi=10.1093/nar/gkaa793 |pmid=33037820 |pmc=7778977 |accessdate=free}}</ref> Bgee gibt eine intuitive Antwort auf die Frage, wo ein Gen exprimiert wird, und unterstützt die Forschung in den Bereichen [[Krebs (Medizin)|Krebs]] und [[Landwirtschaft]] sowie in der [[Evolutionsbiologie]].


Bgee basiert ausschliesslich auf kuratierten, gesunden [[Wildtyp]]-Expressionsdaten (d.h. keine [[Gen-Knockout|Gen-Knockouts]], keine Behandlung, keine [[Krankheit]]), um einen vergleichbaren Referenzwert für die Expression gesunder Wildtyp-Gene bereitzustellen.
Bgee is based exclusively on curated, healthy [[Wild type|wild-type]], expression data (i.e., no [[Gene knockout|gene knock-out]], no treatment, no [[disease]]), to provide a comparable reference of healthy wild-type gene expression.


Bgee liefert Aussagen über Vorhandensein/Abwesenheit von Expression sowie über differentielle Über-/Unterexpression, integriert mit Informationen zur [[Homologie (Genetik)|Genorthologie]], und zur [[Homologie (Biologie)|Homology]] zwischen [[Organ (Biologie)|Organen]]. Dies ermöglicht Vergleiche von Expressionsmustern zwischen [[Art (Biologie)|Arten]].
Bgee produces calls of presence/absence of expression, and of differential over-/under-expression, integrated along with information of gene [[Sequence homology#Orthology|orthology]], and of [[Homology (biology)|homology]] between [[Organ (biology)|organs]]. This allows comparisons of expression patterns between [[species]].


Bgee allows searches by [[gene]], [[Organ (biology)|organ]] / [[Tissue (biology)|tissue]] / [[cell type]] and [[Developmental biology|developmental stage]].
Bgee ermöglicht die Suche nach [[Gen|Genen]], [[Organ (Biologie)|Organen]] / [[Gewebe (Biologie)|Geweben]] / [[Zelltyp|Zelltypen]] und [[Entwicklungsbiologie|Entwicklungsstadien]].


Bgee ist Teil der Global Core Biodata Resources (GCBRs), die "kritische Komponenten zur Sicherstellung der [[Reproduzierbarkeit]]Reproduzierbarkeit und Integrität [[Integrität in der forschung|Integrität]] der biowissenschaftlichen Forschung" darstellen.
Bgee is a part of [[Global_Biodata_Coalition#Global_Core_Biodata_Resources_(GCBRs)|Global Core Biodata Resources (GCBRs)]] representing "critical components for ensuring the [[Reproducibility|reproducibility]] and [[Scientific_integrity|integrity]] of life sciences research."
Bgee is also an [[ELIXIR]] Recommended Interoperability Resources that facilitate the [[FAIR_data|FAIR]]-supporting activities in scientific research.
Bgee ist auch eine der [[Elixir (Forschungs-Netzwerk)|ELIXIR]] Recommended Interoperability Resources, die die [[FAIRe Daten|FAIR]]-unterstützenden Aktivitäten in der wissenschaftlichen Forschung fördert.


== References ==
== Einzelnachweise ==
 
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== Further reading ==
== Zusätzliche Literatur ==
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* {{cite arXiv | vauthors = Niknejad A, Mungall CJ, Osumi-Sutherland D, Robinson-Rechavi M, Bastian F | title = Creation and unification of development and life stage ontologies for animals | date = 2022 | class = q-bio.QM | eprint = 2206.12231}}
* {{cite arXiv|vauthors=Niknejad A, Mungall CJ, Osumi-Sutherland D, Robinson-Rechavi M, Bastian F|title=Creation and unification of development and life stage ontologies for animals|date=2022|class=q-bio.QM|eprint=2206.12231}}
* {{cite journal | vauthors = Komljenovic A, Roux J, Wollbrett J, Robinson-Rechavi M, Bastian F | title = BgeeDB, an R package for retrieval of curated expression datasets and for gene list expression localization enrichment tests | journal = F1000Research | volume = 5 | page = 2748 | date = 2018 | pmid = 30467516 | doi = 10.12688/f1000research.9973.2 | pmc = 6113886 | doi-access = free }}
* {{cite journal |vauthors=Komljenovic A, Roux J, Wollbrett J, Robinson-Rechavi M, Bastian F |title=BgeeDB, an R package for retrieval of curated expression datasets and for gene list expression localization enrichment tests |journal=F1000Research |volume=5 |page=2748 |date=2018 |doi=10.12688/f1000research.9973.2 |pmid=30467516 |pmc=6113886 |doi-access=free}}
* {{cite journal | vauthors = Haendel MA, Balhoff JP, Bastian FB, Blackburn DC, Blake JA, Bradford Y, Comte A, Dahdul WM, Dececchi TA, Druzinsky RE, Hayamizu TF, Ibrahim N, Lewis SE, Mabee PM, Niknejad A, Robinson-Rechavi M, Sereno PC, Mungall CJ | display-authors = 6 | title = Unification of multi-species vertebrate anatomy ontologies for comparative biology in Uberon | journal = J Biomed Semantics | volume = 5 | page = 21 | date = 2014 | pmid = 25009735 | doi = 10.1186/2041-1480-5-21 | pmc = 4089931 | doi-access = free }}
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== External links ==
== Weblinks ==
⚫
* {{cite web | title = Bgee is a new ELIXIR Recommended Interoperability Resources | date = 14 December 2023 | url = https://elixir-europe.org/news/resource-announcement-2023 | publisher = ELIXIR }}
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* {{cite web | title = Bgee joins the Global Core Biodata Resources | date = 11 December 2023 | url = https://globalbiodata.org/global-biodata-coalition-announces-outcome-of-2023-global-core-biodata-resource-selection-process/ | publisher = GCB Global Biodata Coalition }}
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* {{cite web | title = About Bgee | date = 4 January 2021 | url = https://www.sib.swiss/news/from-v1-to-v14-the-gene-expression-database-bgee-under-the-spotlight | publisher = SIB Swiss Institute of Bioinformatics }}


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* {{Cite web |title=Bgee is a new ELIXIR Recommended Interoperability Resources |date=14 December 2023 |publisher=ELIXIR |url=https://elixir-europe.org/news/resource-announcement-2023}}
[[Category:Genetics databases]]
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* {{Cite web |title=Bgee joins the Global Core Biodata Resources |date=11 December 2023 |publisher=GCB Global Biodata Coalition |url=https://globalbiodata.org/global-biodata-coalition-announces-outcome-of-2023-global-core-biodata-resource-selection-process/}}
[[Category:Genomics]]
⚫
* {{Cite web |title=About Bgee |date=4 January 2021 |publisher=SIB Swiss Institute of Bioinformatics |url=https://www.sib.swiss/news/from-v1-to-v14-the-gene-expression-database-bgee-under-the-spotlight}}
[[Category:Open science]]
[[Kategorie:Wissenschaft und Forschung in der Schweiz]]
[[Category:Ontology]]
[[Kategorie:Entwicklungsbiologie]]
[[Category:Evolutionary developmental biology]]
[[Kategorie:Ontologie]]
[[Category:Subfields of evolutionary biology]]
[[Kategorie:Nukleinsäure-Methode]]
[[Category:Developmental biology]]
[[Category:Science and technology in Switzerland]]

Version vom 19. Februar 2024, 08:33 Uhr

 Vorlage:Infobox biodatabase

Bgee ist eine Datenbank, die vom Schweizer Institut für Bioinformatik (SIB) und der Universität Lausanne zur Abfrage und dem Vergleich von Genexpressionsmustern aus RNA-Seq-, scRNA-Seq-, Microarray-, In-situ-Hybridisierung- und EST-Studien über verschiedene biologische Spezies aus dem Reich der Tiere gepflegt wird.[1][2] Bgee gibt eine intuitive Antwort auf die Frage, wo ein Gen exprimiert wird, und unterstützt die Forschung in den Bereichen Krebs und Landwirtschaft sowie in der Evolutionsbiologie.

Bgee basiert ausschliesslich auf kuratierten, gesunden Wildtyp-Expressionsdaten (d.h. keine Gen-Knockouts, keine Behandlung, keine Krankheit), um einen vergleichbaren Referenzwert für die Expression gesunder Wildtyp-Gene bereitzustellen.

Bgee liefert Aussagen über Vorhandensein/Abwesenheit von Expression sowie über differentielle Über-/Unterexpression, integriert mit Informationen zur Genorthologie, und zur Homology zwischen Organen. Dies ermöglicht Vergleiche von Expressionsmustern zwischen Arten.

Bgee ermöglicht die Suche nach Genen, Organen / Geweben / Zelltypen und Entwicklungsstadien.

Bgee ist Teil der Global Core Biodata Resources (GCBRs), die "kritische Komponenten zur Sicherstellung der ReproduzierbarkeitReproduzierbarkeit und Integrität Integrität der biowissenschaftlichen Forschung" darstellen. Bgee ist auch eine der ELIXIR Recommended Interoperability Resources, die die FAIR-unterstützenden Aktivitäten in der wissenschaftlichen Forschung fördert.

Einzelnachweise

 

Zusätzliche Literatur

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  • Vorlage:Cite arXiv
  • Komljenovic A, Roux J, Wollbrett J, Robinson-Rechavi M, Bastian F: BgeeDB, an R package for retrieval of curated expression datasets and for gene list expression localization enrichment tests. In: F1000Research. 5. Jahrgang, 2018, S. 2748, doi:10.12688/f1000research.9973.2, PMID 30467516, PMC 6113886 (freier Volltext).
  • Haendel MA, Balhoff JP, Bastian FB, Blackburn DC, Blake JA, Bradford Y, Comte A, Dahdul WM, Dececchi TA, Druzinsky RE, Hayamizu TF, Ibrahim N, Lewis SE, Mabee PM, Niknejad A, Robinson-Rechavi M, Sereno PC, Mungall CJ: Unification of multi-species vertebrate anatomy ontologies for comparative biology in Uberon. In: J Biomed Semantics. 5. Jahrgang, 2014, S. 21, doi:10.1186/2041-1480-5-21, PMID 25009735, PMC 4089931 (freier Volltext).

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Weblinks

  1. ↑ Bastian FB, Parmentier G, Roux J, Moretti S, Laudet V, Robinson-Rechavi M: Data Integration in the Life Sciences (= Lecture Notes in Computer Science. Band 5109). 2008, ISBN 978-3-540-69827-2, Bgee: Integrating and Comparing Heterogeneous Transcriptome Data Among Species, S. 124–131, doi:10.1007/978-3-540-69828-9_12.
  2. ↑ Bastian FB, Roux J, Niknejad A, Comte A, Fonseca Costa SS, Mendes de Farias T, Moretti S, Parmentier G, Rech de Laval V, Rosikiewicz M, Wollbrett J, Echchiki A, Escoriza A, Gharib W, Gonzales-Porta M, Jarosz Y, Laurenczy B, Moret P, Person E, Roelli P, Sanjeev K, Seppey M, Robinson-Rechavi M: The Bgee suite: integrated curated expression atlas and comparative transcriptomics in animals. In: Nucleic Acids Research. 49. Jahrgang, D1, Januar 2021, S. D831–D847, doi:10.1093/nar/gkaa793, PMID 33037820, PMC 7778977 (freier Volltext).
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