Contig

aus Wikipedia, der freien Enzyklopädie
Wechseln zu: Navigation, Suche
Dieser Artikel behandelt den genetischen Begriff Contig. CONTIG ist in der Luftfahrt eine Abkürzung für „continuing“, siehe Abkürzungen/Luftfahrt/B–D#C.
Überlappende Sequenzen aus der PET-DNA-Sequenzierung.

Ein Contig (von engl. contiguous = angrenzend, zusammenhängend) ist ein Satz überlappender DNA- oder Protein-Stücke ("reads"), die von derselben genetischen Quelle stammen.[1] Ein solches Contig kann dazu genutzt werden, die Original-DNA-Sequenz dieser genetischen Quelle (z. B. die Sequenz eines Chromosoms) abzuleiten.

Eine Contig-Karte zeigt die relative Reihenfolge einer zusammengehörenden Contig-Bibliothek, die z. B. ein komplettes Chromosom darstellen.

Sequenzierung[Bearbeiten]

Bei der DNA-Sequenzierung und insbesondere beim Shotgun Sequencing muss die DNA-Sequenz bzw. bei der De-Novo-Peptidsequenzierung muss die Aminosäuresequenz durch Aneinanderreihung der verschiedenen Contigs ermittelt werden.[2] Für eine Genomsequenzierung wird zur Vorbereitung oftmals die genomische DNA fragmentiert, die einzelnen DNA-Stränge besitzen dann unterschiedliche, teilweise überlappende Sequenzen, die durch die Aneinanderreihung die vollständige Sequenz ergeben.[3][4]

Einzelnachweise[Bearbeiten]

  1. A. Guthals, K. R. Clauser, N. Bandeira: Shotgun protein sequencing with meta-contig assembly. In: Molecular & cellular proteomics : MCP. Band 11, Nummer 10, Oktober 2012, S. 1084–1096, ISSN 1535-9484. doi:10.1074/mcp.M111.015768. PMID 22798278. PMC 3494147 (freier Volltext).
  2. Rodger Staden: A strategy of DNA sequencing employing computer programs. In: Nucleic Acids Research. 7, 1979, S. 2601–2610. PMC: 327874 (freier Volltext).
  3. S. H. Lin, Y. C. Liao: CISA: contig integrator for sequence assembly of bacterial genomes. In: PloS one. Band 8, Nummer 3, 2013, S. e60843, ISSN 1932-6203. doi:10.1371/journal.pone.0060843. PMID 23556006. PMC 3610655 (freier Volltext).
  4. Z. Frenkel, E. Paux, D. Mester, C. Feuillet, A. Korol: LTC: a novel algorithm to improve the efficiency of contig assembly for physical mapping in complex genomes. In: BMC bioinformatics. Band 11, 2010, S. 584, ISSN 1471-2105. doi:10.1186/1471-2105-11-584. PMID 21118513. PMC 3098104 (freier Volltext).