De-Novo-Peptidsequenzierung
Die De-Novo-Peptidsequenzierung ist ein biochemisches Verfahren zur Bestimmung der Aminosäuresequenz von Proteinen oder Peptiden per Tandem-Massenspektrometrie (MS/MS).[1] Sie ist eine Methode zur Proteinsequenzierung.
Eigenschaften
Im Vergleich zu den üblichen massenspektrometrischen Verfahren zur Proteincharakterisierung erfolgt bei der De-Novo-Peptidsequenzierung eine zweite Fragmentierung der Peptide.[2] Diese zusätzliche Fragmentierung kann in einem Reflektron z. B. durch einen kollisionsinduzierten (CID) oder durch einen LASER-induzierten Post-Source Decay (PSD) erreicht werden. Bei mehrfach geladenen Fragmenten kann die weitere Fragmentierung auch durch eine Electron Capture Dissociation oder durch eine Elektronenstoßionisation erreicht werden.[3][1] Im Spektrum erhält man aus jedem Fragment der ersten Runde verschiedene Fragmente weniger Aminosäuren, die durch Aneinanderreihung anhand der Überlappungen die Peptidsequenz ergeben. Dadurch kann der Aufbau der Peptidfragmente im Sinne einer N-terminalen Peptidsequenzierung ermittelt werden.[4] Da diese massenspektrometrische Methode nicht auf Informationen der Aminosäuresequenz oder der entsprechenden Fragmentsequenzen aus Mascot angewiesen ist,[5] wird sie als de novo bezeichnet.
Einzelnachweise
- ↑ a b K. F. Medzihradszky: Peptide sequence analysis. In: Methods in enzymology. Band 402, 2005, ISSN 0076-6879, S. 209–244, doi:10.1016/S0076-6879(05)02007-0, PMID 16401511.
- ↑ J. Seidler, N. Zinn, M. E. Boehm, W. D. Lehmann: De novo sequencing of peptides by MS/MS. In: Proteomics. Band 10, Nummer 4, Februar 2010, ISSN 1615-9861, S. 634–649, doi:10.1002/pmic.200900459, PMID 19953542.
- ↑ J. P. Reilly: Ultraviolet photofragmentation of biomolecular ions. In: Mass spectrometry reviews. Band 28, Nummer 3, 2009, ISSN 1098-2787, S. 425–447, doi:10.1002/mas.20214, PMID 19241462.
- ↑ J. W. Morgan, J. M. Hettick, D. H. Russell: Peptide sequencing by MALDI 193-nm photodissociation TOF MS. In: Methods in enzymology. Band 402, 2005, ISSN 0076-6879, S. 186–209, doi:10.1016/S0076-6879(05)02006-9, PMID 16401510.
- ↑ J. Allmer: Algorithms for the de novo sequencing of peptides from tandem mass spectra. In: Expert review of proteomics. Band 8, Nummer 5, 2011, ISSN 1744-8387, S. 645–657, doi:10.1586/epr.11.54, PMID 21999834.