Die erste Kirche von 1835 stand am Lafayette Place, von ihr ist nur noch ein Teil der östlichen Wand erhalten, die in einem neueren Gebäude integriert ist. Die zweite, 1872–76 gebaute Kirche stand an der Madison Avenue, Ecke 44. Straße.[1] Als diese baufällig wurde, beauftragte die Gemeinde Bertram Goodhue eine neue Kirche an der Park Avenue zu bauen. Das erst 1902 gebaute Portal der zweiten Kirche, ein Werk von Stanford White dessen Vorbilder vermutlich aus dem Süden Frankreichs stammen, entweder von der Abteikirche Saint-Gilles (Gard) oder aus Arles, wurde dabei an den neuen Standort versetzt und das neue Kirchengebäude dahinter gebaut.[2] Das Gebäude im Stil der Neuromanik konnte 1930 fertiggestellt werden und hat insgesamt 5,4 Millionen Dollar gekostet[3], nach heutigem Wert etwa 87.650.000 Dollar.
Die Kirche liegt heute wie ein mittelalterliches Relikt im Häusermeer Manhattans, gekrönt von einer Kuppel im byzantinischen Stil, die eigentlich golden ist. Bekannt ist diese Kirche für ihre Aufführungen klassischer Musik, vor allem von Chor- und Orgelwerken. Sehr beliebt sind auch die Jazz-Weihnachtskonzerte, die alljährlich hier aufgeführt werden.
Die Orgelanlage in St. Bartholomew's besteht aus vier Instrumenten: den Orgeln links und rechts im Chorraum (North Chancel Organ + South Chancel Organ), der Himmels-Orgel (Celestial Organ) in der Kuppel und der Galerie-Orgel (Gallery Organ) auf der Westempore. 1970–1971 wurde das Instrument von der Orgelbaufirma Aeolian-Skinner (Boston) letztmals umfassend reorganisiert. Es hat insgesamt 155 Register zusätzlich 13 Extensionen und Transmissionen mit 12.307 Pfeifen,[6] spielbar auf fünf Manualen und Pedal und ist damit die größte Orgel in New York.
2006 erhielt die Orgelanlage einen neuen fünfmanualigen Spieltisch; der alte von Aeolian-Skinner wurde 2011 für restaurative Zwecke in die Orgel der Kathedrale St. Louis[7] (St. Louis, Missouri) eingebaut.[8][9]