„Genome Taxonomy Database“ – Versionsunterschied

aus Wikipedia, der freien Enzyklopädie
Zur Navigation springen Zur Suche springen
Versionsgeschichte interaktiv durchsuchen
[ungesichtete Version][gesichtete Version]
← Zum vorherigen VersionsunterschiedZum nächsten Versionsunterschied →
Inhalt gelöscht Inhalt hinzugefügt
VisuellWikitext
Keine Bearbeitungszusammenfassung
Übersetzt aus der en WP
Zeile 1: Zeile 1:
{{Infobox Forschungseinrichtung in Deutschland
| Titel = Genome Taxonomy Databas
| Bild =
| Bildunterschrift =
| Bildbreite = 210px
| Kategorie = Bioinformatik
| Periode =
| Träger = [[Australian Centre for Ecogenomics]], [[University of Queensland]]
| Rechtsform Träger =
| Sitz Träger = [[Queensland]], [[Australien]]
| Mitgliedschaft =
| Standort Einrichtung =
| Außenstelle =
| Außenstellen =
| Vorläufer =
| VorläuferOpt =
| Nachfolger =
| Art der Forschung =
| Fächer =
| Fachgebiete =
| Grundfinanzierung =
| Leitung = [[Phil Hugenholtz]], Maria Chuvochina, [[Christian Rinke]]
| Mitarbeiter =
| Anmerkung = PMID 30148503
| Homepage = https://gtdb.ecogenomic.org/
}}<!--
{{infobox biodatabase
{{infobox biodatabase
|title = Genome Taxonomy Database
|title = Genome Taxonomy Database
Zeile 23: Zeile 49:
|bookmark =
|bookmark =
|version= R06/RS202 (27th April 2021)
|version= R06/RS202 (27th April 2021)
}}
}}-->


Die '''{{lang|en|Genome Taxonomy Database}} (GTDB)''' ist eine Online-Datenbank, die Informationen über eine vorgeschlagene Nomenklatur von [[Prokaryonten]] enthält. Der Ansatz basiert dabei auf einer [[Genom]]-gestützten [[Phylogenie]], die auf einer Reihe von [[Konservierung|konservierten]] Single-Copy-[[Protein]]en beruht.
The '''Genome Taxonomy Database''' (GTDB) is an online database that maintains information on a proposed [[nomenclature]] of [[prokaryotes]], following a [[phylogenomics|phylogenomic]] approach based on a set of conserved single-copy proteins. In addition to breaking up [[paraphyletic]] groups, this method also reassigns [[taxonomic rank]]s algorithmically, creating new names in both cases.<ref name="pmid30148503">{{cite journal |last1=Parks |first1=DH |last2=Chuvochina |first2=M |last3=Waite |first3=DW |last4=Rinke |first4=C |last5=Skarshewski |first5=A |last6=Chaumeil |first6=PA |last7=Hugenholtz |first7=P |title=A standardized bacterial taxonomy based on genome phylogeny substantially revises the tree of life. |journal=Nature Biotechnology |date=November 2018 |volume=36 |issue=10 |pages=996–1004 |doi=10.1038/nbt.4229 |pmid=30148503 |biorxiv=10.1101/256800|s2cid=52093100 }}</ref> Information for archaea was added in 2020, along with a [[species]] classification based on [[average nucleotide identity]].<ref>{{cite journal |last1=Parks |first1=DH |last2=Chuvochina |first2=M |last3=Chaumeil |first3=PA |last4=Rinke |first4=C |last5=Mussig |first5=AJ |last6=Hugenholtz |first6=P |title=A complete domain-to-species taxonomy for Bacteria and Archaea. |journal=Nature Biotechnology |date=September 2020 |volume=38 |issue=9 |pages=1079–1086 |doi=10.1038/s41587-020-0501-8 |pmid=32341564 |url=https://www.researchgate.net/publication/340954053 |biorxiv=10.1101/771964|s2cid=216560589 }}</ref> Each update incorporates new genomes as well as human adjustments to the taxonomy.<ref>For information on each update, see relevant change logs. For notable, paper-worthy changes, see "Cite GTDB" section on the [https://gtdb.ecogenomic.org/about About page].</ref>
Bei dieser Methode werden nicht nur [[paraphyletisch]]e Gruppen aufgelöst, sondern auch die [[taxonomisch]]en [[Rangstufe (Biologie)|Ränge]] [[algorithmisch]] neu zugewiesen, wobei in beiden Fällen neue provisorische Namen entstehen.<ref name="pmid30148503"/>
Im Jahr 2020 wurden Informationen über [[Archaeen]] sowie eine auf der durchschnittlichen [[Nukleotid]]<nowiki/>identität basierende Artenklassifizierung hinzugefügt.<ref name=Parks2020"/>
Bei jeder Aktualisierung werden neue Genome sowie händische (menschengemachte) Anpassungen der Taxonomie berücksichtigt.<ref name="About"/>


Für die Einordnung von Genom-Entwürfen ({{enS|draft genomes}}) in die GTDB-Hierarchie steht ein [[Open Source|Open-Source]]-[[Software|Tool]] namens GTDB-Tk zur Verfügung.<ref name="Chaumeil2019"/>
⚫
An [[open source]] tool called GTDB-Tk is available to classify draft genomes into the GTDB hierarchy.<ref>{{cite journal |last1=Chaumeil |first1=PA |last2=Mussig |first2=AJ |last3=Hugenholtz |first3=P |last4=Parks |first4=DH |title=GTDB-Tk: a toolkit to classify genomes with the Genome Taxonomy Database. |journal=Bioinformatics |date=15 November 2019 |doi=10.1093/bioinformatics/btz848 |pmid=31730192 |pmc=7703759 |doi-access=free}}</ref> The GTDB system, via GTDB-Tk, has been used to catalogue not-yet-named bacteria in the [[human gut microbiome]] and other [[metagenomic]] sources.<ref>{{cite journal |last1=Almeida |first1=Alexandre |last2=Nayfach |first2=Stephen |last3=Boland |first3=Miguel |last4=Strozzi |first4=Francesco |last5=Beracochea |first5=Martin |last6=Shi |first6=Zhou Jason |last7=Pollard |first7=Katherine S. |last8=Sakharova |first8=Ekaterina |last9=Parks |first9=Donovan H. |last10=Hugenholtz |first10=Philip |last11=Segata |first11=Nicola |last12=Kyrpides |first12=Nikos C. |last13=Finn |first13=Robert D. |title=A unified catalog of 204,938 reference genomes from the human gut microbiome |journal=Nature Biotechnology |date=20 July 2020 |doi=10.1038/s41587-020-0603-3 | pmc=7801254 |pmid=32690973 |doi-access=free }}</ref><ref>{{cite journal |last1=Nayfach |first1=Stephen |last2=Roux |first2=Simon |last3=Seshadri |first3=Rekha |last4=Udwary |first4=Daniel |last5=Varghese |first5=Neha |last6=Schulz |first6=Frederik |last7=Wu |first7=Dongying |last8=Paez-Espino |first8=David |last9=Chen |first9=I-Min |last10=Huntemann |first10=Marcel |last11=Palaniappan |first11=Krishna |last12=Ladau |first12=Joshua |last13=Mukherjee |first13=Supratim |last14=Reddy |first14=T. B. K. |last15=Nielsen |first15=Torben |last16=Kirton |first16=Edward |last17=Faria |first17=José P. |last18=Edirisinghe |first18=Janaka N. |last19=Henry |first19=Christopher S. |last20=Jungbluth |first20=Sean P. |last21=Chivian |first21=Dylan |last22=Dehal |first22=Paramvir |last23=Wood-Charlson |first23=Elisha M. |last24=Arkin |first24=Adam P. |last25=Tringe |first25=Susannah G. |last26=Visel |first26=Axel |last27=Woyke |first27=Tanja |last28=Mouncey |first28=Nigel J. |last29=Ivanova |first29=Natalia N. |last30=Kyrpides |first30=Nikos C. |last31=Eloe-Fadrosh |first31=Emiley A. |title=A genomic catalog of Earth's microbiomes |journal=Nature Biotechnology |date=9 November 2020 |doi=10.1038/s41587-020-0718-6 |pmc=8041624|doi-access=free }}</ref>
Das GTDB-System wurde über GTDB-Tk zur Katalogisierung noch nicht benannter [[Bakterien]] im menschlichen [[Mikrobiom#Mikrobiom des Menschen|Darmmikrobiom]] und in anderen [[Metagenomik|metagenomischen]] Quellen verwendet.<ref name="Almeida2020"/><ref name="Nayfach2020"/>


The GTDB is incorporated into the ''[[Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria]]'' in 2019 as its phylogenomic resource.<ref>{{cite web |title=Incorporation of Phylogenomics into BMSAB |url=https://www.bergeys.org |website=Bergey's Manual Trust}}</ref>
Die GTDB wurde 2019 in das {{lang|en|[[Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology|Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria]]}} als phylogenomische Ressource aufgenommen.<ref name="Bergey"/>


== References ==
== Siehe auch ==
{{reflist}}

== See also ==
* [[PhyloCode]]
* [[PhyloCode]]
* [[National Center for Biotechnology Information]]
* [[National Center for Biotechnology Information]] (NCBI)
* [[SILVA ribosomal RNA database]]
* [[Deutsches Netzwerk für Bioinformatik-Infrastruktur – de.NBI# Datenbanken|SILVA ribosomal RNA database]]
* [[List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature]]
* [[List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature]] (LPSN)

[[Category:Genome databases]]
== Einzelnachweise ==
<references>

<ref name="About">GTDB: [https://gtdb.ecogenomic.org/about About]. Informationen zu den einzelnen Aktualisierungen finden sich in den entsprechenden Änderungsprotokollen. Bemerkenswerte Änderungen, die eine Veröffentlichung wert sind, finden sich im Abschnitt "Cite GTDB".</ref>

<ref name="Bergey">{{cite web |title=Incorporation of Phylogenomics into BMSAB |url=https://www.bergeys.org |website=Bergey's Manual Trust}}</ref>

<!-------------------------------------->

<ref name="Almeida2020">
{{cite journal |last1=Almeida|first1=Alexandre |last2=Nayfach|first2=Stephen |last3=Boland|first3=Miguel |last4=Strozzi|first4=Francesco |last5=Beracochea|first5=Martin |last6=Shi|first6=Zhou Jason |last7=Pollard|first7=Katherine S. |last8=Sakharova|first8=Ekaterina |last9=Parks|first9=Donovan H. |last10=Hugenholtz|first10=Philip |last11=Segata|first11=Nicola |last12=Kyrpides|first12=Nikos C. |last13=Finn|first13=Robert D. |title=A unified catalog of 204,938 reference genomes from the human gut microbiome |journal=Nature Biotechnology |date=2020-07-20 |doi=10.1038/s41587-020-0603-3 | pmc=7801254 |pmid=32690973 }}
</ref>

<ref name="Chaumeil2019">
{{cite journal |last1=Chaumeil|first1=P.&nbsp;A. |last2=Mussig|first2=A.&nbsp;J. |last3=Hugenholtz|first3=Phil |last4=Parks|first4=Donovan H. |title=GTDB-Tk: a toolkit to classify genomes with the Genome Taxonomy Database |journal=Bioinformatics |date=2019-11-15 |doi=10.1093/bioinformatics/btz848 |pmid=31730192 |pmc=7703759 }}
</ref>

<ref name="Nayfach2020">
⚫
{{cite journal |last1=Nayfach|first1=Stephen |last2=Roux|first2=Simon |last3=Seshadri|first3=Rekha |last4=Udwary|first4=Daniel |last5=Varghese|first5=Neha |last6=Schulz|first6=Frederik |last7=Wu|first7=Dongying |last8=Paez-Espino|first8=David |last9=Chen|first9=I-Min |last10=Huntemann|first10=Marcel |last11=Palaniappan|first11=Krishna |last12=Ladau|first12=Joshua |last13=Mukherjee|first13=Supratim |last14=Reddy|first14=T.%nbsp;B.&nbsp;K. |last15=Nielsen|first15=Torben |last16=Kirton|first16=Edward |last17=Faria|first17=José P. |last18=Edirisinghe|first18=Janaka N. |last19=Henry|first19=Christopher S. |last20=Jungbluth|first20=Sean P. |last21=Chivian|first21=Dylan |last22=Dehal|first22=Paramvir |last23=Wood-Charlson|first23=Elisha M. |last24=Arkin|first24=Adam P. |last25=Tringe|first25=Susannah G. |last26=Visel|first26=Axel |last27=Woyke|first27=Tanja |last28=Mouncey|first28=Nigel J. |last29=Ivanova|first29=Natalia N. |last30=Kyrpides|first30=Nikos C. |last31=Eloe-Fadrosh|first31=Emiley A. |title=A genomic catalog of Earth's microbiomes |journal=Nature Biotechnology |date=2020-11-09 |doi=10.1038/s41587-020-0718-6 |pmc=8041624 }}
</ref>

<ref name="pmid30148503">
{{cite journal |last1=Parks|first1=Donovan H. |last2=Chuvochina|first2=Maria |last3=Waite|first3=D.&nbsp;W. |last4=Rinke|first4=Christian |last5=Skarshewski|first5=A. |last6=Chaumeil|first6=P.&nbsp;A. |last7=Hugenholtz|first7=Phil |title=A standardized bacterial taxonomy based on genome phylogeny substantially revises the tree of life |journal=[[Nature]] Biotechnology |date=2018-11 |volume=36 |issue=10 |pages=996–1004 |doi=10.1038/nbt.4229 |pmid=30148503 <!--|biorxiv=10.1101/256800--> }} Preprint: [[doi:10.1101/256800]].
</ref>

<ref name=Parks2020">
{{cite journal |last1=Parks|first1=Donovan H. |last2=Chuvochina|first2=Maria |last3=Chaumeil|first3=P.&nbsp;A |last4=Rinke|first4=Christian |last5=Mussig|first5=A.&nbsp;J. |last6=Hugenholtz|first6=Phil |title=A complete domain-to-species taxonomy for Bacteria and Archaea. |journal=Nature Biotechnology |date=2020-09 |volume=38 |issue=9 |pages=1079–1086 |doi=10.1038/s41587-020-0501-8 |pmid=32341564 |url=https://www.researchgate.net/publication/340954053 <!--|biorxiv=10.1101/771964--> }} Preprint: [[doi:10.1101/771964]].
</ref>

</references>

[[Kategorie:Bioinformatik]]

Version vom 7. Mai 2022, 18:18 Uhr

Genome Taxonomy Databas
Kategorie: Bioinformatik
Träger: Australian Centre for Ecogenomics, University of Queensland
Sitz des Trägers: Queensland, Australien
Leitung: Phil Hugenholtz, Maria Chuvochina, Christian Rinke
Anmerkung: PMID 30148503
Homepage: https://gtdb.ecogenomic.org/

Die Genome Taxonomy Database (GTDB) ist eine Online-Datenbank, die Informationen über eine vorgeschlagene Nomenklatur von Prokaryonten enthält. Der Ansatz basiert dabei auf einer Genom-gestützten Phylogenie, die auf einer Reihe von konservierten Single-Copy-Proteinen beruht. Bei dieser Methode werden nicht nur paraphyletische Gruppen aufgelöst, sondern auch die taxonomischen Ränge algorithmisch neu zugewiesen, wobei in beiden Fällen neue provisorische Namen entstehen.[1] Im Jahr 2020 wurden Informationen über Archaeen sowie eine auf der durchschnittlichen Nukleotididentität basierende Artenklassifizierung hinzugefügt.[2] Bei jeder Aktualisierung werden neue Genome sowie händische (menschengemachte) Anpassungen der Taxonomie berücksichtigt.[3]

Für die Einordnung von Genom-Entwürfen (englisch draft genomes) in die GTDB-Hierarchie steht ein Open-Source-Tool namens GTDB-Tk zur Verfügung.[4] Das GTDB-System wurde über GTDB-Tk zur Katalogisierung noch nicht benannter Bakterien im menschlichen Darmmikrobiom und in anderen metagenomischen Quellen verwendet.[5][6]

Die GTDB wurde 2019 in das Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria als phylogenomische Ressource aufgenommen.[7]

Siehe auch

Einzelnachweise

  1. ↑ Donovan H. Parks, Maria Chuvochina, D. W. Waite, Christian Rinke, A. Skarshewski, P. A. Chaumeil, Phil Hugenholtz: A standardized bacterial taxonomy based on genome phylogeny substantially revises the tree of life. In: Nature Biotechnology. 36. Jahrgang, Nr. 10, November 2018, S. 996–1004, doi:10.1038/nbt.4229, PMID 30148503. Preprint: doi:10.1101/256800.
  2. ↑ Donovan H. Parks, Maria Chuvochina, P. A Chaumeil, Christian Rinke, A. J. Mussig, Phil Hugenholtz: A complete domain-to-species taxonomy for Bacteria and Archaea. In: Nature Biotechnology. 38. Jahrgang, Nr. 9, September 2020, S. 1079–1086, doi:10.1038/s41587-020-0501-8, PMID 32341564 (researchgate.net). Preprint: doi:10.1101/771964.
  3. ↑ GTDB: About. Informationen zu den einzelnen Aktualisierungen finden sich in den entsprechenden Änderungsprotokollen. Bemerkenswerte Änderungen, die eine Veröffentlichung wert sind, finden sich im Abschnitt "Cite GTDB".
  4. ↑ P. A. Chaumeil, A. J. Mussig, Phil Hugenholtz, Donovan H. Parks: GTDB-Tk: a toolkit to classify genomes with the Genome Taxonomy Database. In: Bioinformatics. 15. November 2019, doi:10.1093/bioinformatics/btz848, PMID 31730192, PMC 7703759 (freier Volltext).
  5. ↑ Alexandre Almeida, Stephen Nayfach, Miguel Boland, Francesco Strozzi, Martin Beracochea, Zhou Jason Shi, Katherine S. Pollard, Ekaterina Sakharova, Donovan H. Parks, Philip Hugenholtz, Nicola Segata, Nikos C. Kyrpides, Robert D. Finn: A unified catalog of 204,938 reference genomes from the human gut microbiome. In: Nature Biotechnology. 20. Juli 2020, doi:10.1038/s41587-020-0603-3, PMID 32690973, PMC 7801254 (freier Volltext).
  6. ↑ Stephen Nayfach, Simon Roux, Rekha Seshadri, Daniel Udwary, Neha Varghese, Frederik Schulz, Dongying Wu, David Paez-Espino, I-Min Chen, Marcel Huntemann, Krishna Palaniappan, Joshua Ladau, Supratim Mukherjee, T.%nbsp;B. K. Reddy, Torben Nielsen, Edward Kirton, José P. Faria, Janaka N. Edirisinghe, Christopher S. Henry, Sean P. Jungbluth, Dylan Chivian, Paramvir Dehal, Elisha M. Wood-Charlson, Adam P. Arkin, Susannah G. Tringe, Axel Visel, Tanja Woyke, Nigel J. Mouncey, Natalia N. Ivanova, Nikos C. Kyrpides, Emiley A. Eloe-Fadrosh: A genomic catalog of Earth's microbiomes. In: Nature Biotechnology. 9. November 2020, doi:10.1038/s41587-020-0718-6, PMC 8041624 (freier Volltext).
  7. ↑ Incorporation of Phylogenomics into BMSAB. In: Bergey's Manual Trust.
Abgerufen von „https://de.wikipedia.org/w/index.php?title=Genome_Taxonomy_Database&oldid=222694024“