Diskussion:Prometheoarchaeum syntrophicum

Strang MK-D1

@MBelzer, Ernsts: Was bedeutet denn in der Mikrobiologie „Strang“? Ich kenne nur Stamm (Biologie) #Stämme innerhalb einer prokaryotischen Art und bei Viren, ist das dasselbe? -- Olaf Studt (Diskussion) 14:12, 9. Mär. 2020 (CET)

Das ist ganz offensichtlich eine Übersetzung von englisch strain, so wie es im Originalartikel (Referenz #1) steht. Es ist also der nicht-taxonomische (subtaxonomische) Rang gemeint, unterhalb von Spezies, ähnLich wie Isolat. (BTW Die meisten Autoren scheinen aber strain und isolate nicht synonym zu verwenden, isolate ist dann noch feiner.) — Im Deutschen verwendet man für strain meist die Bezeichnung Stamm. Das ist aber wie Du richtig anmerkst nicht eindeutig, da es gleichlautend mit dem viel höheren taxonomischen Rang Stammm ist; früher (zur Zeit der zwei Reiche Tiere und Pflanzen) wurden die Bezeichnungen Stamm für Tiere und Abteilung für Pflanzen verwendet, die moderne Bezeichnung für diese Rangstufe ist einheitlich Phylum. Damit klar ist, was gemeint ist, habe ich in “strain“ an andere Stelle gelegentlich mit „Stamm (englisch strain)“ übersetzt. Vielleicht findest Du noch eine bessere Lösung? Strang jedenfalls scheint mir unüblich und sollte wohl besser so nicht stehen bleiben. —-Ernsts (Diskussion) 23:47, 9. Mär. 2020 (CET)

Siehe Stamm als taxonomische Rangstufe bei Prokaryoten. Da steht's...! :-) --Ernsts (Diskussion) 08:48, 2. Apr. 2020 (CEST)

Taxonomie

Zur Klassifizierung in die höheren Ränge gibt es derzeit zwei Modelle:

• Lokiarchaeota und Helarchaeota als Phyla im Superphylum Asgard-Archaeen (NCBI-Taxonomie).
• Die Ordnungen CR-4 und Helarchaeales in einer gemeinsame Klasse Lokiarcheia im Phylum Asgardarchaeota (GTDB)

Es entsprechen sich dabei vom Umfang her (annähernd):

• Asgard-Superphylum (NCBI) = Phylum Asgardarchaeota (GTDB)
  • Lokiarchaeota-Helarchaeota-Klade = Klasse Lokiarchaeia (GTDB)
    • Phylum Lokiarchaeota (NCBI) = Ordnung CR-4 (GTDB)
    • Phylum Helarchaeota (NCBI) = Ordnung Helarchaeales (GTDB)

LPSN geht noch im Wesentlichen wie NCBI, abgesehen von einem verwaisten Eintrag zu einem Phylum(!) "Ca. Lokiarchaeia Bulzu" et al. 2019.

Problematisch ist Ca. Lokiarchaeota archaeon isolate HM1_B6_4 (NCBI Taxonomie) = Prometheoarchaeum sp018238965 (GTDB). Nach GTDB gehört es zu Gattung hier. Nah doi:10.1038/s41586-022-05550-y Fig. 2e steht es aber dem neu kultivierten Lokiarchaeum ossiferum näher als dem Prometheoarchaeum syntrophicum.

Folge: Entweder ist die Gattung Prometheoarchaeum (GTDB) polyphyletisch (Lösung: HM1_B6_4 in die Gattung Lokiarchaeum?) oder Prometheoarchaeum ist ein Synonym von Lokiarchaeum.

Zur Ordnungs- und Familienzugehörigkeit sowie Polyphylie/Synonymie siehe Diskussion unter

• Diskussion:Lokiarchaeota#Weitere Kultivierung - Candidatus Lokiarchaeum ossiferum
• en:Talk:Lokiarchaeota#2 species cultivated now

Referenzen:

• https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?mode=Info&id=2951803&lvl=3 B-35 = Lokiarchaeum sp. B-35 = Loki-B35 = Lokiarchaeum ossiferum
• https://gtdb.ecogenomic.org/genome?gid=GCA_018238965.1 Prometheoarchaeum sp018238965 HM1_B6_4
• https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/2031579184 Ca. Lokiarchaeota archaeon isolate HM1_B6_4. Fundort: Haima cold seep in the South China Sea (16°54.04′N, 110°28.45′E, 1,433 m water depth) doi:10.3389/fmars.2021.793645. The Haima cold seep is an active cold seep newly discovered in 2015, which locates at a depth of ~1370–1425 m in the northwest slope of the South China Sea doi:10.1016/j.dsr.2021.103489
• https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?mode=Info&id=1538547 Lokiarchaeum sp. GC14_75 - der ursprüngliche Lokiarchaeum-Vertreter von Lokis Schloss: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/JYIM00000000.1 (GTDB:Failed Quality Check https://gtdb.ecogenomic.org/genome?gid=GCA_000986845.1 GC14_75)

--Ernsts (Diskussion) Stand: 09:28, 29. Dez. 2022 (CET)

Abschnitte verschieben

'Versklavung des Cosymbionten' und 'E3-Modell der Eukaryogenese'

Da die langen Fortsätze auch beim inzwischen kultivierten Lokiarchaeum ossiferum und wahrscheinlich bei allen Asgard-Archaeen vorkommen, und ein Teil des Textes sich auf Heimdall- und nicht Lokiarchaeota bezieht, sollten diese beiden Abschnitte besser nach Asgard-Archaeen verschoben werden. Da dort ein Teil schon steht (insbes. die Graphik) wäre es ein Merger.--Ernsts (Diskussion) 10:47, 25. Dez. 2022 (CET)

Habe ich schon malausgeführt! Frohe Festtage!--Ernsts (Diskussion) 13:41, 25. Dez. 2022 (CET)