„SABIO-Reaction Kinetics Database“ – Versionsunterschied

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'''SABIO-RK''' ('''S'''ystem for the '''A'''nalysis of '''Bio'''chemical Pathways – '''R'''eaction '''K'''inetics) ist eine web-zugängliche [[Datenbank]], welche umfassende Informationen über [[Chemische Reaktion#Biochemische Reaktionen|biochemische Reaktionen]] und ihre [[Kinetik (Chemie)|kinetischen]] Eigenschaften speichert. <ref>{{cite journal |last1=Wittig |first1=U |last2=Rey |first2=M |last3=Weidemann |first3=A |last4=Kania |first4=R |last5=Müller |first5=W |title=SABIO-RK: an updated resource for manually curated biochemical reaction kinetics. |journal=Nucleic acids research |date=4 January 2018 |volume=46 |issue=D1 |pages=D656-D660 |doi=10.1093/nar/gkx1065 |pmid=29092055}}</ref><ref>{{cite journal |last1=Wittig |first1=U |last2=Kania |first2=R |last3=Golebiewski |first3=M |last4=Rey |first4=M |last5=Shi |first5=L |last6=Jong |first6=L |last7=Algaa |first7=E |last8=Weidemann |first8=A |last9=Sauer-Danzwith |first9=H |last10=Mir |first10=S |last11=Krebs |first11=O |last12=Bittkowski |first12=M |last13=Wetsch |first13=E |last14=Rojas |first14=I |last15=Müller |first15=W |title=SABIO-RK--database for biochemical reaction kinetics. |journal=Nucleic acids research |date=January 2012 |volume=40 |issue=Database issue |pages=D790-6 |doi=10.1093/nar/gkr1046 |pmid=22102587}}</ref><ref>{{cite journal |pmid=17822389 |year=2007 |last1=Rojas |first1=I |last2=Golebiewski |first2=M |last3=Kania |first3=R |last4=Krebs |first4=O |last5=Mir |first5=S |last6=Weidemann |first6=A |last7=Wittig |first7=U |title=Storing and annotating of kinetic data |volume=7 |issue=2 Suppl |pages=S37–44 |journal=In Silico Biology}}</ref><ref>{{cite book |doi = 10.1007/11799511_9|chapter = SABIO-RK: Integration and Curation of Reaction Kinetics Data|title = Data Integration in the Life Sciences|series = Lecture Notes in Computer Science|year = 2006|last1 = Wittig|first1 = Ulrike|last2 = Golebiewski|first2 = Martin|last3 = Kania|first3 = Renate|last4 = Krebs|first4 = Olga|last5 = Mir|first5 = Saqib|last6 = Weidemann|first6 = Andreas|last7 = Anstein|first7 = Stefanie|last8 = Saric|first8 = Jasmin|last9 = Rojas|first9 = Isabel|volume = 4075|pages = 94–103|isbn = 978-3-540-36593-8}}</ref><ref>Müller W. In:
'''SABIO-RK''' ('''S'''ystem for the '''A'''nalysis of '''Bio'''chemical Pathways – '''R'''eaction '''K'''inetics) ist eine web-zugängliche [[Datenbank]], welche umfassende Informationen über [[Chemische Reaktion#Biochemische Reaktionen|biochemische Reaktionen]] und ihre [[Kinetik (Chemie)|kinetischen]] Eigenschaften speichert.
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[http://www.spektrum.de/alias/spektrum-spezial-datengetriebene-wissenschaft/pfade-im-informationsdschungel/1129374 Pfade im Informationsdschungel] [[Spektrum der Wissenschaft]], Spektrum Spezial: Datengetriebene Wissenschaft, December 2011</ref>


Im Gegensatz zu anderen Datenbanken, welche entweder als Enzymdatenbank ([[BRENDA]]) oder Proteindatenbank ([[UniProt]]) oder Modelldatenbank (BioModels, JWS Online) angelegt sind, repräsentiert SABIO-RK eine Reaktions-orientierte Datenbank mit quantitativen Informationen zur Reaktionsdynamik.
Im Gegensatz zu anderen Datenbanken, welche entweder als Enzymdatenbank ([[BRENDA]]) oder Proteindatenbank ([[UniProt]]) oder Modelldatenbank (BioModels, JWS Online) angelegt sind, repräsentiert SABIO-RK eine Reaktions-orientierte Datenbank mit quantitativen Informationen zur Reaktionsdynamik.
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Die Dynamik biochemischer Reaktionen ist von zentraler Bedeutung in [[Biologie]] und [[Medizin]] für das Verständnis zellulärer Vorgänge und bei der Entwicklung von Medikamenten. Die experimentell erhaltenen Daten zur quantitativen Beschreibung von Reaktionsdynamik und [[Enzymkinetik]] werden manuell aus der Literatur extrahiert und in standardisierter Form in SABIO-RK gespeichert. Der Inhalt der Datenbank umfasst kinetische [[Parameter (Mathematik)|Parameter]] in Bezug auf biochemische Reaktionen und ihre biologischen Quellen. Darüber hinaus werden kinetische Geschwindigkeitsraten von [[Enzyme]]n und die entsprechenden Gleichungen sowie die zugehörigen experimentellen Bedingungen gespeichert. Alle Daten werden von biologischen Experten manuell kuratiert und kommentiert, unterstützt durch automatisierte Konsistenzprüfungen. Auf SABIO-RK kann über web-basierte Benutzeroberflächen oder automatisch über Web Services zugegriffen werden. Beide Schnittstellen unterstützen den Export der Daten zusammen mit entsprechenden [[Annotation#Biologie|Annotationen]] in [[Systems Biology Markup Language|SBML (Systems Biology Markup Language)]], beispielsweise für den Import in [[Modell#Modellbildung|Modellierungs]]-Werkzeugen. SABIO-RK wird am [[Heidelberger Institut für Theoretische Studien|Heidelberger Institut für theoretische Studien (HITS)]] gepflegt und weiter entwickelt.
Die Dynamik biochemischer Reaktionen ist von zentraler Bedeutung in [[Biologie]] und [[Medizin]] für das Verständnis zellulärer Vorgänge und bei der Entwicklung von Medikamenten. Die experimentell erhaltenen Daten zur quantitativen Beschreibung von Reaktionsdynamik und [[Enzymkinetik]] werden manuell aus der Literatur extrahiert und in standardisierter Form in SABIO-RK gespeichert. Der Inhalt der Datenbank umfasst kinetische [[Parameter (Mathematik)|Parameter]] in Bezug auf biochemische Reaktionen und ihre biologischen Quellen. Darüber hinaus werden kinetische Geschwindigkeitsraten von [[Enzyme]]n und die entsprechenden Gleichungen sowie die zugehörigen experimentellen Bedingungen gespeichert. Alle Daten werden von biologischen Experten manuell kuratiert und kommentiert, unterstützt durch automatisierte Konsistenzprüfungen. Auf SABIO-RK kann über web-basierte Benutzeroberflächen oder automatisch über Web Services zugegriffen werden. Beide Schnittstellen unterstützen den Export der Daten zusammen mit entsprechenden [[Annotation#Biologie|Annotationen]] in [[Systems Biology Markup Language|SBML (Systems Biology Markup Language)]], beispielsweise für den Import in [[Modell#Modellbildung|Modellierungs]]-Werkzeugen. SABIO-RK wird am [[Heidelberger Institut für Theoretische Studien|Heidelberger Institut für theoretische Studien (HITS)]] gepflegt und weiter entwickelt.


Gegenwärtig sind in SABIO-RK mehr als 52000 einzelne kinetische Datensätze gespeichert, welche aus über 5100 Publikationen stammen (Stand Dezember 2015). Von diesen Datensätzen sind ungefähr 42 % dem Typ [[Michaelis-Menten-Theorie|Michaelis-Menten]] zuzuordnen (mehr als 42500 'K<sub>m</sub>-Werte'), 41700 kinetische Parameter entsprechen [[Geschwindigkeitskonstante|Konstanten zur Geschwindigkeit]] (V<sub>max</sub>, k<sub>cat</sub>, Geschwindigkeitskonstanten). Kinetische Daten sind zu etwa 850 Organismen, 6700 verschiedenen Reaktionen und mehr als 1480 Enzymen verfügbar. Annotationen erfolgen zu einer Reihe weiterer Datenbanken, darunter [[Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes|KEGG]], [[ChEBI]], [[PubChem]], [[UniProt]], NCBI und [[PubMed]].
Gegenwärtig sind in SABIO-RK mehr als 60.000 einzelne kinetische Datensätze gespeichert, welche aus über 6.000 Publikationen stammen (Stand September 2019). Annotationen erfolgen zu einer Reihe weiterer Datenbanken, darunter [[Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes|KEGG]], [[ChEBI]], [[PubChem]], [[UniProt]], [[National Center for Biotechnology Information|NCBI]], [[Reactome|Reactome]], [[BRENDA|BRENDA]], [https://en.wikipedia.org/wiki/MetaCyc MetaCyc], [https://en.wikipedia.org/wiki/BioModels BioModels], und [[PubMed]].


== Zugang zu SABIO-RK ==
== Zugang zu SABIO-RK ==
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* Daneben werden Webservices zur Verfügung gestellt, welche die kinetischen Informationen auf automatisierte Anfrage weiterleiten ([[Representational State Transfer|REST]]-konforme Schnittstellen).
* Daneben werden Webservices zur Verfügung gestellt, welche die kinetischen Informationen auf automatisierte Anfrage weiterleiten ([[Representational State Transfer|REST]]-konforme Schnittstellen).


== Literatur ==
== Referenzen ==

* U. Wittig, M. Golebiewski, R. Kania, O. Krebs, S. Mir, A. Weidemann, S. Anstein, J. Saric, I. Rojas: [http://www.springerlink.com/content/kw1kv13614272400/?p=9b9a98e3b7c04ec189cd2927fcc83808&pi=8 ''SABIO-RK: Integration and Curation of Reaction Kinetics Data.''] In: Ulf Leser u. a. (Hrsg.): ''Data Integration in the Life Sciences.'' (= Lecture Notes in Computer Science. 4075). 2006, ISBN 3-540-36593-1, S. 94–103.
<references />
* U. Wittig, R. Kania, M. Golebiewski, M. Rey, L. Shi, L. Jong, E. Algaa, A. Weidemann, H. Sauer-Danzwith, S. Mir, O. Krebs, M. Bittkowski, E. Wetsch, I. Rojas, M. Müller: [http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2011/11/17/nar.gkr1046.short?rss=1 SABIO-''RK—database for biochemical reaction kinetics.''] In: ''[[Nucleic Acids Res]].'' 40(D1), 2012, S. D790–D796.
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* W. Müller: [http://www.spektrum.de/alias/spektrum-spezial-datengetriebene-wissenschaft/pfade-im-informationsdschungel/1129374 ''Pfade im Informationsdschungel.''] In: ''Datengetriebene Wissenschaft.'' (= [[Spektrum der Wissenschaft|Spektrum Spezial]]). Dezember 2011, S. 26–29.


== Weblinks ==
== Weblinks ==

Version vom 16. September 2019, 13:26 Uhr

SABIO-RK (System for the Analysis of Biochemical Pathways – Reaction Kinetics) ist eine web-zugängliche Datenbank, welche umfassende Informationen über biochemische Reaktionen und ihre kinetischen Eigenschaften speichert. [1][2][3][4][5]

Im Gegensatz zu anderen Datenbanken, welche entweder als Enzymdatenbank (BRENDA) oder Proteindatenbank (UniProt) oder Modelldatenbank (BioModels, JWS Online) angelegt sind, repräsentiert SABIO-RK eine Reaktions-orientierte Datenbank mit quantitativen Informationen zur Reaktionsdynamik.

Die Dynamik biochemischer Reaktionen ist von zentraler Bedeutung in Biologie und Medizin für das Verständnis zellulärer Vorgänge und bei der Entwicklung von Medikamenten. Die experimentell erhaltenen Daten zur quantitativen Beschreibung von Reaktionsdynamik und Enzymkinetik werden manuell aus der Literatur extrahiert und in standardisierter Form in SABIO-RK gespeichert. Der Inhalt der Datenbank umfasst kinetische Parameter in Bezug auf biochemische Reaktionen und ihre biologischen Quellen. Darüber hinaus werden kinetische Geschwindigkeitsraten von Enzymen und die entsprechenden Gleichungen sowie die zugehörigen experimentellen Bedingungen gespeichert. Alle Daten werden von biologischen Experten manuell kuratiert und kommentiert, unterstützt durch automatisierte Konsistenzprüfungen. Auf SABIO-RK kann über web-basierte Benutzeroberflächen oder automatisch über Web Services zugegriffen werden. Beide Schnittstellen unterstützen den Export der Daten zusammen mit entsprechenden Annotationen in SBML (Systems Biology Markup Language), beispielsweise für den Import in Modellierungs-Werkzeugen. SABIO-RK wird am Heidelberger Institut für theoretische Studien (HITS) gepflegt und weiter entwickelt.

Gegenwärtig sind in SABIO-RK mehr als 60.000 einzelne kinetische Datensätze gespeichert, welche aus über 6.000 Publikationen stammen (Stand September 2019). Annotationen erfolgen zu einer Reihe weiterer Datenbanken, darunter KEGG, ChEBI, PubChem, UniProt, NCBI, Reactome, BRENDA, MetaCyc, BioModels, und PubMed.

Zugang zu SABIO-RK

Für akademische und nicht-kommerzielle Nutzer ist die Nutzung von SABIO-RK kostenlos. Kommerzielle Nutzer benötigen eine Lizenz. Die gespeicherten Daten sind auf verschiedenen Wegen abrufbar:

Referenzen

  1. ↑ U Wittig, M Rey, A Weidemann, R Kania, W Müller: SABIO-RK: an updated resource for manually curated biochemical reaction kinetics. In: Nucleic acids research. 46. Jahrgang, D1, 4. Januar 2018, S. D656-D660, doi:10.1093/nar/gkx1065, PMID 29092055.
  2. ↑ U Wittig, R Kania, M Golebiewski, M Rey, L Shi, L Jong, E Algaa, A Weidemann, H Sauer-Danzwith, S Mir, O Krebs, M Bittkowski, E Wetsch, I Rojas, W Müller: SABIO-RK--database for biochemical reaction kinetics. In: Nucleic acids research. 40. Jahrgang, Database issue, Januar 2012, S. D790–6, doi:10.1093/nar/gkr1046, PMID 22102587.
  3. ↑ I Rojas, M Golebiewski, R Kania, O Krebs, S Mir, A Weidemann, U Wittig: Storing and annotating of kinetic data. In: In Silico Biology. 7. Jahrgang, 2 Suppl, 2007, S. S37–44, PMID 17822389.
  4. ↑ Ulrike Wittig, Martin Golebiewski, Renate Kania, Olga Krebs, Saqib Mir, Andreas Weidemann, Stefanie Anstein, Jasmin Saric: Data Integration in the Life Sciences (= Lecture Notes in Computer Science. Band 4075). 2006, ISBN 978-3-540-36593-8, SABIO-RK: Integration and Curation of Reaction Kinetics Data, S. 94–103, doi:10.1007/11799511_9.
  5. ↑ Müller W. In: Pfade im Informationsdschungel Spektrum der Wissenschaft, Spektrum Spezial: Datengetriebene Wissenschaft, December 2011

Weblinks

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