„Crassvirales“ – Versionsunterschied

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crAssphage ({{enS|Cross-Assembly-Phage}}) ist ein [[Bakteriophage]] ([[Viren|Virus]], das [[Bakterien]] infiziert), der 2014 durch rechnergestützte Analyse öffentlich zugänglicher wissenschaftlicher Daten zu [[Genom]]en im menschlichen [[Kot|Stuhl]] entdeckt wurde.<ref name="Dutilh2014">{{cite journal |author=Bas E. Dutilh, Noriko Cassman, Katelyn McNair, Savannah E. Sanchez, Genivaldo G. Z. Silva, Lance Boling, Jeremy J. Barr, Daan R. Speth, Victor Seguritan, Ramy K. Aziz, Ben Felts, Elizabeth A. Dinsdale, John L. Mokili, Robert A. Edwards | year=2014 | title=A highly abundant bacteriophage discovered in the unknown sequences of human faecal metagenomes | journal=[[Nature Communications]] | volume=5 | pages=4498 | doi=10.1038/ncomms5498 | pmid=25058116 | pmc=4111155|bibcode=2014NatCo...5.4498D }}</ref>
'''crAssphage''' (cross-assembly phage) is a [[bacteriophage]] (virus that infects bacteria) that was discovered in 2014 by computational analysis of publicly accessible scientific data on human faecal [[metagenome]]s.<ref name="Dutilh2014">{{cite journal
Sein zirkuläres (lt. SIB: lineares<ref name="SIB:me" />) [[DNA]]-Genom ist etwa 97&nbsp;[[Basenpaar|kbp]] (Kilo-Basenpaare) groß und enthält nach Vorhersage 80 [[Offener Leserahmen|offene Leserahmen]] ({{enS|Open reading Frames}}, ORFs).
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Die Sequenz ist häufig in menschlichen Stuhlproben zu finden.<ref name="Dutilh2014" />
|author1=Bas E. Dutilh |author2=Robert Schimeder |author3=Jim Nulton |author4=Ben Felts |author5=Peter Salamon |author6=Robert A. Edwards |author7=John L. Mokili | year = 2012 | title = Reference-independent comparative metagenomics using cross-assembly: crAss | journal = [[Bioinformatics (journal)|Bioinformatics]] | volume = 28 |issue=24 | pages=3225–3231 | doi=10.1093/bioinformatics/bts613 | pmid=23074261 | pmc=3519457}}</ref> software that was used to find the viral genome. CrAssphage is possibly the first organism to be named after a [[computer program]] for promotional purposes.<ref>{{Cite web|url=https://www.forbes.com/sites/jvchamary/2014/08/02/crassphage/|title=A Common Virus Is Eating Your Gut Bacteria|last=Chamary|first=J. V.|website=Forbes|language=en|access-date=2019-04-19}}</ref>
Zum Zeitpunkt seiner Entdeckung wurde vorausgesagt, dass das Virus Bakterien des [[Phylum]]s (Abteilung) [[Bacteroidetes]] infiziert, die im Darmtrakt vieler Tiere, einschließlich des Menschen, häufig vorkommen.<ref name="Dutilh2014" />
Seitdem wurde der Bakteriophage [[in vitro]] isoliert und es wurde bestätigt, dass er ''[[Bacteroides#Systematik|Bacteroides intestinalis]]'' infiziert.<ref name = "Shkoporov2018">{{cite journal | author=Shkoporov AN, Khokhlova EV, Fitzgerald CB, Stockdale SR, Draper LA, Ross P, Hill C | year=2018 | title=ΦCrAss001 represents the most abundant bacteriophage family in the human gut and infects ''Bacteroides intestinalis'' | journal= [[Nature Communications]] | volume=9 | issue=1 | pages=4781 | doi=10.1038/s41467-018-07225-7| pmid=30429469 | bibcode=2018NatCo...9.4781S | pmc=6235969 }}</ref>
Basierend auf der Analyse von Metagenomdaten wurden bei etwa der Hälfte aller untersuchten Menschen ''crAssphage''-Sequenzen identifiziert.<ref name="Dutilh2014" />
Das Virus wurde nach der Software crAss (cross-assembly) benannt,<ref>Bas E. Dutilh, Robert Schmieder, Jim Nulton, Ben Felts, Peter Salamon, Robert A. Edwards, John L. Mokili: [http://edwards.sdsu.edu/crass/ '''Cr'''oss-'''Ass'''embly of Metagenomes], in: Bioinformatics 2012. PMID 23074261</ref><ref name="Dutilh2012">{{cite journal |author=Bas E. Dutilh, Robert Schimeder, Jim Nulton, Ben Felts, Peter Salamon, Robert A. Edwards, John L. Mokili | year=2012 | title=Reference-independent comparative metagenomics using cross-assembly: crAss | journal=Bioinformatics | volume=28 |issue=24 | pages=3225–3231 | doi=10.1093/bioinformatics/bts613 | pmid=23074261 | pmc=3519457}}</ref> mit der das virale Genom gefunden wurde.
CrAssphage ist möglicherweise der erste [[Organismus]], der zu Werbezwecken nach einem Computerprogramm benannt wurde.<ref>{{Cite web|url=https://www.forbes.com/sites/jvchamary/2014/08/02/crassphage/|title=A Common Virus Is Eating Your Gut Bacteria|last=Chamary|first=J. V.|website=Forbes|language=en|access-date=2019-04-19}}</ref>


Zum Zeitpunkt seiner Entdeckung im Jahr 2014 hatte ''crAssphage'' keine bekannten Verwandten. Im Jahr 2017 wurde jedoch eine Reihe verwandter Viren entdeckt.<ref name="Yutin2017"/>
⚫
While crAssphage did not have any known relatives when it was discovered in 2014, a range of related viruses were discovered in 2017.<ref name="Yutin2017"/> Based on a screen of related sequences in public nucleotide databases and phylogenetic analysis, it was concluded that crAssphage may be part of an expansive bacteriophage [[Family_(biology)|family]] (''[[Podoviridae]]'', order ''[[Caudovirales]]'') that is found in a range of environments including human gut and feces, termite gut <ref name="Yutin2017" /><ref name>{{Cite journal|last=Tikhe|first=Chinmay V.|last2=Husseneder|first2=Claudia|date=2018|title=Metavirome Sequencing of the Termite Gut Reveals the Presence of an Unexplored Bacteriophage Community|journal=Frontiers in Microbiology|language=English|volume=8|pages=2548|doi=10.3389/fmicb.2017.02548|pmid=29354098|pmc=5759034|issn=1664-302X}}</ref><ref>{{Cite journal|last=Pramono|first=Ajeng K.|last2=Kuwahara|first2=Hirokazu|last3=Itoh|first3=Takehiko|last4=Toyoda|first4=Atsushi|last5=Yamada|first5=Akinori|last6=Hongoh|first6=Yuichi|date=2017|title=Discovery and Complete Genome Sequence of a Bacteriophage from an Obligate Intracellular Symbiont of a Cellulolytic Protist in the Termite Gut|journal=Microbes and Environments|language=en|volume=32|issue=2|pages=112–117|doi=10.1264/jsme2.ME16175|pmid=28321010|pmc=5478533|issn=1342-6311}}</ref>, terrestrial/groundwater environments, soda lake (hypersaline brine), marine sediment, and plant root environments.<ref name="Yutin2017"></ref>
Basierend auf einem Screening verwandter Sequenzen in öffentlichen Nukleotiddatenbanken und einer phylogenetischen Analyse wurde der Schluss gezogen, dass ''crAssphage'' Teil der expansiven Bakteriophagenfamilie namens '[[Podoviridae]]'' (Ordnung ''[[Caudovirales]]'') ist, deren Vertreter in verschiedenen Umgebungen gefunden werden:
* dem menschlichem Darm und Kot
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* dem [[Termiten]]darm,<ref name="Yutin2017" /><ref name>{{Cite journal|last=Tikhe|first=Chinmay V.|last2=Husseneder|first2=Claudia|date=2018|title=Metavirome Sequencing of the Termite Gut Reveals the Presence of an Unexplored Bacteriophage Community|journal=Frontiers in Microbiology|language=English|volume=8|pages=2548|doi=10.3389/fmicb.2017.02548|pmid=29354098|pmc=5759034|issn=1664-302X}}</ref><ref>{{Cite journal|last=Pramono|first=Ajeng K.|last2=Kuwahara|first2=Hirokazu|last3=Itoh|first3=Takehiko|last4=Toyoda|first4=Atsushi|last5=Yamada|first5=Akinori|last6=Hongoh|first6=Yuichi|date=2017|title=Discovery and Complete Genome Sequence of a Bacteriophage from an Obligate Intracellular Symbiont of a Cellulolytic Protist in the Termite Gut|journal=Microbes and Environments|language=en|volume=32|issue=2|pages=112–117|doi=10.1264/jsme2.ME16175|pmid=28321010|pmc=5478533|issn=1342-6311}}</ref>
* in terrestrischen Umgebungen und im Grundwasser
* in [[Natronsee]]n ([[Salzwasser|hypersaline]] [[Sole]])
* im [[Ablagerungsmilieu#Bezeichnungen|marinen]] [[Sediment]]
* an Pflanzenwurzeln<ref name="Yutin2017" />


Es gibt keinen Hinweis darauf, dass ''crAssphage'' an der menschlichen Gesundheit oder Krankheit direkt beteiligt ist,<ref name="Liang2016">{{cite journal |author=Y.Y. Liang, author2=W. Zhang, author3=Y.G. Tong, S.P. Chen | year=2016 | title=crAssphage is not associated with diarrhoea and has high genetic diversity | journal=Epidemiology &amp; Infection | volume=144 |issue=16 | pages=3549–3553 | doi=10.1017/S095026881600176X |pmid=30489235 }}</ref>
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|author1=Y.Y. LIANG |author2=W. ZHANG |author3=Y.G. TONG |author4=S.P. CHEN | year = 2016 | title = crAssphage is not associated with diarrhoea and has high genetic diversity | journal = [[Epidemiology & Infection]] | volume = 144 |issue=16 | pages= 3549–3553 | doi=10.1017/S095026881600176X |pmid=30489235 }}</ref> The virus may outperform [[indicator bacteria]] as a marker for human faecal contamination.<ref name="Ahmed2017">{{cite journal |author1=Ahmed W |author2=Lobos A |author3=Senkbeil J |author4=Peraud J |author5=Gallard J |author6=Harwood VJ | year = 2017 | title = Evaluation of the novel crAssphage marker for sewage pollution tracking in storm drain outfalls in Tampa, Florida | journal = [[Water Research]] | volume=131 |pages= 142–150 |doi=10.1016/j.watres.2017.12.011 |pmid=29281808}}</ref><ref name="Garcia2017">{{cite journal |author1=García-Aljaro C |author2=Ballesté E |author3=Muniesa M |author4=Jofre J | year = 2017 | title = Determination of crAssphage in water samples and applicability for tracking human faecal pollution | journal = [[Microbial Biotechnology]] | volume=10 |issue=6 |pages=1775–1780 |doi=10.1111/1751-7915.12841 |pmid=28925595 |pmc=5658656}}</ref><ref name="Stachler2017">{{cite journal |author1=Stachler E |author2=Kelty C |author3=Sivaganesan M |author4=Li X |author5=Bibby K |author6=Shanks OC | year = 2017 | title = Quantitative CrAssphage PCR Assays for Human Fecal Pollution Measurement | journal = [[Environmental Science and Technology]] | volume=51 |issue=16 | pages= 9146–9154| doi=10.1021/acs.est.7b02703 |pmid=28700235|bibcode=2017EnST...51.9146S }}</ref>
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== Einzelnachweise ==
==References==
<references />
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==External links==
== Weblinks ==
* [https://www.bbc.com/news/health-28440006 Newly-found gut virus 'abundant in humans' - BBC News]
* [https://www.bbc.com/news/health-28440006 Newly-found gut virus 'abundant in humans' - BBC News]
* [http://phenomena.nationalgeographic.com/2014/07/24/why-has-this-really-common-virus-only-just-been-discovered/ Why Has This Really Common Virus Only Just Been Discovered? - National Geographic]
* Ed Yong: [http://phenomena.nationalgeographic.com/2014/07/24/why-has-this-really-common-virus-only-just-been-discovered/ Why Has This Really Common Virus Only Just Been Discovered?] - National Geographic, 24. Juli 2014
* [http://newscenter.sdsu.edu/sdsu_newscenter/news.aspx?s=75082 Novel Virus Discovered in Half the World's Population - SDSU]
* Michael Price: [http://newscenter.sdsu.edu/sdsu_newscenter/news.aspx?s=75082 Novel Virus Discovered in Half the World's Population] - SDSU, 24. Juli 2014
* [https://www.npr.org/blogs/goatsandsoda/2014/07/24/334089538/globe-trotting-virus-hides-in-people-s-gut-bacteria Globe-Trotting Virus Hides Inside People's Gut Bacteria - NPR]
* Michaleen Doucleff: [https://www.npr.org/blogs/goatsandsoda/2014/07/24/334089538/globe-trotting-virus-hides-in-people-s-gut-bacteria Globe-Trotting Virus Hides Inside People's Gut Bacteria] - NPR, 24. Juli 2014
* nik/dpa: [https://www.spiegel.de/wissenschaft/mensch/neues-darmvirus-entdeckt-jeder-zweite-mensch-hat-es-a-983009.html Neues Darmvirus entdeckt: In jedem zweiten Menschen und doch unbekannt] – Spiegel Online, 26. Juli 2014
* Amanda Forde, Colin Hill: [Phages of life – the path to pharma], in: British Journal of Pharmakology, 19. Dezember 2017, [[doi:10.1111/bph.14106]]
* Benjamin Siranosian: [http://www.bsiranosian.com/blog/ Transmission of crAsspahge in the microbiome; What is crAssphage?], Blogs vom 24. Juli 2019 (Stanford Genetics Ph.D Student)
* Haiyang Chen, Lijun Jing, Zhipeng Yao, Fansheng Meng, Yanguo Teng: [https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S016041201930501X Prevalence, source and risk of antibiotic resistance genes in the sediments of Lake Tai (China) deciphered by metagenomic assembly: A comparison with other global lakes], in: Environment International, Band 127, Juni 2019, S.&nbsp;267-275 Februar/März 2019, [[doi:0.1016/j.envint.2019.03.048]] (ARG: [[Acronym]] für [[Antibiotikaresistenz|{{lang|en|antibiotic resistance gene}}]])
* Robert A. Edwards, Alejandro A. Vega, Bas E. Dutilh ''et&nbsp;al''.: [https://www.nature.com/articles/s41564-019-0494-6 Global phylogeography and ancient evolution of the widespread human gut virus crAssphage], in: Nature Microbiology, Band 4, 8. Juli 2019, Last updated: 2 Oktober 2019, S.&nbsp;1727–1736, [[doi:10.1038/s41564-019-0494-6]]
* Kata Farkas, Evelien M. Adriaenssens, David I. WalkerJ, ames E. McDonald, Shelagh K. Malham, Davey L. Jones: [https://link.springer.com/article/10.1007/s12560-019-09369-1 Critical Evaluation of CrAssphage as a Molecular Marker for Human-Derived Wastewater Contamination in the Aquatic Environment], in: Food and Environmental Virology, Band 11, Nr.&nbsp;2, S.&nbsp;113–119, Juni 2019, Online: 13 Februar 2019, [[doi:10.1007/s12560-019-09369-1]]


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[[en:crAssphage]]
[[Category:Bacteriophages]]
[[Category:Gut flora]]
[[Category:Unaccepted virus taxa]]
{{Virus-stub}}

Version vom 2. Oktober 2019, 14:04 Uhr

crAssphage
Systematik
Klassifikation: Viren
Ordnung: Caudovirales[1][2]
Familie: Podoviridae?[1]
Gattung: „crAss-like phages“[1][2][3]
Art: crAssphage
Taxonomische Merkmale
Genom: dsDNA linear[4]/zirkulär[5]
Baltimore: Gruppe 1
Symmetrie: ikosaedrisch, tailed
Hülle: keine
Wissenschaftlicher Name
crAssphage
Kurzbezeichnung
ΦCrAss
Links
NCBI Taxonomy: 1211417
ViralZone (Expasy, SIB): 8496

crAssphage (englisch Cross-Assembly-Phage) ist ein Bakteriophage (Virus, das Bakterien infiziert), der 2014 durch rechnergestützte Analyse öffentlich zugänglicher wissenschaftlicher Daten zu Genomen im menschlichen Stuhl entdeckt wurde.[5] Sein zirkuläres (lt. SIB: lineares[4]) DNA-Genom ist etwa 97 kbp (Kilo-Basenpaare) groß und enthält nach Vorhersage 80 offene Leserahmen (englisch Open reading Frames, ORFs). Die Sequenz ist häufig in menschlichen Stuhlproben zu finden.[5] Zum Zeitpunkt seiner Entdeckung wurde vorausgesagt, dass das Virus Bakterien des Phylums (Abteilung) Bacteroidetes infiziert, die im Darmtrakt vieler Tiere, einschließlich des Menschen, häufig vorkommen.[5] Seitdem wurde der Bakteriophage in vitro isoliert und es wurde bestätigt, dass er Bacteroides intestinalis infiziert.[6] Basierend auf der Analyse von Metagenomdaten wurden bei etwa der Hälfte aller untersuchten Menschen crAssphage-Sequenzen identifiziert.[5] Das Virus wurde nach der Software crAss (cross-assembly) benannt,[7][8] mit der das virale Genom gefunden wurde. CrAssphage ist möglicherweise der erste Organismus, der zu Werbezwecken nach einem Computerprogramm benannt wurde.[9]

Zum Zeitpunkt seiner Entdeckung im Jahr 2014 hatte crAssphage keine bekannten Verwandten. Im Jahr 2017 wurde jedoch eine Reihe verwandter Viren entdeckt.[1] Basierend auf einem Screening verwandter Sequenzen in öffentlichen Nukleotiddatenbanken und einer phylogenetischen Analyse wurde der Schluss gezogen, dass crAssphage Teil der expansiven Bakteriophagenfamilie namens 'Podoviridae (Ordnung Caudovirales) ist, deren Vertreter in verschiedenen Umgebungen gefunden werden:

Es gibt keinen Hinweis darauf, dass crAssphage an der menschlichen Gesundheit oder Krankheit direkt beteiligt ist,[12] beeinflusst aber als Bakteriophage natürlich die menschliche Darmflora. Das Virus kann in seiner Eignung als Biomarker für die Kontamination des menschlichen Stuhls Indikatorbakterien übertreffen.[13][14][15]

Einzelnachweise

  1. ↑ a b c d e f Natalia Yutin, Kira S. Makarova, Ayal B. Gussow, Mart Krupovic, Anca Segall, Robert A. Edwards, Eugene V. Koonin: Discovery of an expansive bacteriophage family that includes the most abundant viruses from the human gut. In: Nature Microbiology. 3. Jahrgang, Nr. 1, 2018, S. 38–46, doi:10.1038/s41564-017-0053-y, PMID 29133882, PMC 5736458 (freier Volltext).; and Eugene V. Koonin: Behind the paper: The most abundant human-associated virus no longer an orphan, 13. November 2017
  2. ↑ a b SIB: Double Strand DNA Viruses, auf: ViralZone
  3. ↑ NCBI: crAss-like viruses
  4. ↑ a b SIB: crAsspahge, auf: ViralZone
  5. ↑ a b c d e Bas E. Dutilh, Noriko Cassman, Katelyn McNair, Savannah E. Sanchez, Genivaldo G. Z. Silva, Lance Boling, Jeremy J. Barr, Daan R. Speth, Victor Seguritan, Ramy K. Aziz, Ben Felts, Elizabeth A. Dinsdale, John L. Mokili, Robert A. Edwards: A highly abundant bacteriophage discovered in the unknown sequences of human faecal metagenomes. In: Nature Communications. 5. Jahrgang, 2014, S. 4498, doi:10.1038/ncomms5498, PMID 25058116, PMC 4111155 (freier Volltext), bibcode:2014NatCo...5.4498D.
  6. ↑ Shkoporov AN, Khokhlova EV, Fitzgerald CB, Stockdale SR, Draper LA, Ross P, Hill C: ΦCrAss001 represents the most abundant bacteriophage family in the human gut and infects Bacteroides intestinalis. In: Nature Communications. 9. Jahrgang, Nr. 1, 2018, S. 4781, doi:10.1038/s41467-018-07225-7, PMID 30429469, PMC 6235969 (freier Volltext), bibcode:2018NatCo...9.4781S.
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