„Ubiquitin-7-amino-4-methylcumarin“ – Versionsunterschied
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'''Ubiquitin-AMC''' oder '''Ub-AMC''' ist ein kommerziell erhältliches modifiziertes [[Protein]], mit dem die [[Enzymaktivität |Aktivität]] von verschiedenen desubiquitinierenden Enzymen (DAB) bestimmt wird. |
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'''Ubiquitin-AMC''' oder '''Ub-AMC''' ist ein kommerziell erhältliches Fluoreszensubstrat für die Aktivitätsanalyse von Deubiquitinierenden Enzymen. Ub-AMC besteht aus einem [[Ubiquitin]], das am C-Terminus mit dem Fluoreszenfarbstoff [[7-Amino-4-methylcumarin]] (AMC)<ref>{{Substanzinfo|Name=7-Amino-4-methylcumarin |CAS=26093-31-2 |EG-Nummer=247-454-8 |ECHA-ID=100.043.125 |PubChem=92249 |ChemSpider=83285 |DrugBank=DB08168 |Wikidata=Q27097396}}</ref> derivatisiert wurde. Die Abspaltung des AMC-Rests durch die Isopeptidaseaktivität des Enzyms führt zu einem Anstieg der Fluoreszenz (Anregung 345 nm, Emission 445 nm).<ref>[https://www.rndsystems.com/products/recombinant-human-ubiquitin-amc-protein-cf_u-550 Biotechne Produktkatalog]</ref> Ub-AMC kann genutzt werden, um die Entwicklung der Enzymaktivität kontinuierlich zu verfolgen oder die Aktivität eines Enzyms gegen Ubiquitin mit seiner Aktivität gegen Ubiquitin-like Proteine zu vergleichen.<ref>[https://www.enzolifesciences.com/BML-SE211/ubiquitin-amc/ Enzo Life Science Produktkatalog]</ref> Da Ub-AMC nur ein Monoubiquitin enthält, kann es jedoch nicht genutzt werden um die Preferenz eines Deubiquitinierenden Enzyms für einen bestimmten Ubiquitin-Kettentyp zu analysieren.<ref>Gerbrand J. van der Heden van Noort, Huib Ovaa: |
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'' How to Target Viral and Bacterial Effector Proteins Interfering with Ubiquitin Signaling. '' In: ''Activity-Based protein profiling''. 4. September 2018, pp 111-130. PMID 30178261</ref> |
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Ub-AMC besteht aus [[Ubiquitin]], das am [[C-Terminus]] mit dem [[Fluoreszenzfarbstoff]] [[7-Amino-4-methylcumarin]] (AMC)<ref>{{Substanzinfo|Name=7-Amino-4-methylcumarin |CAS=26093-31-2 |EG-Nummer=247-454-8 |ECHA-ID=100.043.125 |PubChem=92249 |ChemSpider=83285 |DrugBank=DB08168 |Wikidata=Q27097396}}</ref> [[Derivat (Chemie)|derivatisiert]] wird. Dabei wird die freie [[Carboxygruppe]] des Proteins mit der [[Aminogruppe]] des Farbstoffs zu einem [[Carbonsäureamid]] umgesetzt. Durch die desubiquitinierenden Enzyme wird der Farbstoff abgespalten und beginnt zu fluoreszieren. Der Anstieg der Fluoreszenz (Anregung 345 nm, Emission 445 nm) kann gemessen werden und die Enzymaktivität lässt sich somit kontinuierlich verfolgen.<ref>[https://www.rndsystems.com/products/recombinant-human-ubiquitin-amc-protein-cf_u-550 Biotechne Produktkatalog]</ref><ref>[https://www.enzolifesciences.com/BML-SE211/ubiquitin-amc/ Enzo Life Science Produktkatalog]</ref><ref>{{Literatur |Autor=Gerbrand J. van der Heden van Noort, Huib Ovaa |Titel=Activity-Based Protein Profiling |Verlag=Springer International Publishing |Ort=Cham |Datum=2019 |ISBN=978-3-03011143-4 |Kapitel=How to Target Viral and Bacterial Effector Proteins Interfering with Ubiquitin Signaling |Seiten=111–130 |DOI=10.1007/82_2018_134 |PMID=30178261}}</ref> |
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[[Datei:Ub AMC.jpeg|mini|Struktur von Ub-AMC]] |
[[Datei:Ub AMC.jpeg|mini|Struktur von Ub-AMC]] |
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Version vom 18. August 2022, 17:13 Uhr
Ubiquitin-AMC oder Ub-AMC ist ein kommerziell erhältliches modifiziertes Protein, mit dem die Aktivität von verschiedenen desubiquitinierenden Enzymen (DAB) bestimmt wird.
Ub-AMC besteht aus Ubiquitin, das am C-Terminus mit dem Fluoreszenzfarbstoff 7-Amino-4-methylcumarin (AMC)[1] derivatisiert wird. Dabei wird die freie Carboxygruppe des Proteins mit der Aminogruppe des Farbstoffs zu einem Carbonsäureamid umgesetzt. Durch die desubiquitinierenden Enzyme wird der Farbstoff abgespalten und beginnt zu fluoreszieren. Der Anstieg der Fluoreszenz (Anregung 345 nm, Emission 445 nm) kann gemessen werden und die Enzymaktivität lässt sich somit kontinuierlich verfolgen.[2][3][4]
Einzelnachweise
- ↑ Externe Identifikatoren von bzw. Datenbank-Links zu 7-Amino-4-methylcumarin: CAS-Nummer: 26093-31-2, EG-Nummer: 247-454-8, ECHA-InfoCard: 100.043.125, PubChem: 92249, ChemSpider: 83285, DrugBank: DB08168, Wikidata: Q27097396.
- ↑ Biotechne Produktkatalog
- ↑ Enzo Life Science Produktkatalog
- ↑ Gerbrand J. van der Heden van Noort, Huib Ovaa: Activity-Based Protein Profiling. Springer International Publishing, Cham 2019, ISBN 978-3-03011143-4, How to Target Viral and Bacterial Effector Proteins Interfering with Ubiquitin Signaling, S. 111–130, doi:10.1007/82_2018_134, PMID 30178261.