Agarose-Gelelektrophorese

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Schematische Darstellung der Elektrophorese

Die Agarose-Gelelektrophorese ist eine biochemische und molekularbiologische Methode, in der Nukleinsäure-Stränge (RNA oder DNA) durch eine Gelelektrophorese nach ihrer Größe getrennt werden und um ihre Größe und Masse durch Vergleich mit DNA-Strängen bekannter Größe zu bestimmen.

Prinzip[Bearbeiten]

Lange Fäden aus Agarosepolymeren werden durch kurzes Aufkochen in einem Elektrophoresepuffer gelöst, z. B. in TRIS-Essigsäure-EDTA-Puffer (TAE-Puffer), in TRIS-Borsäure-EDTA-Puffer (TBE-Puffer) oder in Lithiumborat-Puffer. Durch Abkühlen bildet sich ein Gel der Agarose, deren Moleküle über Wasserstoffbrücken quervernetzt sind. Je höher die Agarose konzentriert ist, desto kleiner sind die Poren, die sich in dem Gel befinden.

Die Proben werden vor einer Elektrophorese mit Probenpuffer versetzt. Die Gelelektrophorese funktioniert wie ein Sieb für Moleküle. Bei Anlegen eines elektrischen Feldes, das einen Ionenstrom der benutzten Elektrolyte bewirkt, ziehen die negativ geladenen Nukleinsäure-Moleküle in Richtung des Pluspols durch die Gelmaschen, wobei die kleineren Moleküle weniger zurückgehalten werden, sich daher schneller durch das Gel bewegen, wodurch eine Auftrennung der Stränge nach ihrer Größe ermöglicht wird.

Molmassenbestimmung[Bearbeiten]

Die Anzahl an Basen oder Basenpaaren ist proportional zur Kettenlänge und näherungsweise proportional zur jeweiligen Molmasse. Durch Vergleich mit einer DNA-Leiter kann die Länge einer DNA oder RNA bestimmt werden.

Literatur[Bearbeiten]

  • Simple Protocol for Secondary School Hands-on Activity: Electrophoresis of pre-stained Nucleic acids on agar-agar borate gels.
  • Steve Adkinsa, Margit Burmeister: Visualization of DNA in agarose gels as migrating colored bands: applications for preparative gels and educational demonstrations. In: Analytical Biochemistry. Bd. 240, Nr. 1, August 1996, S. 17–23, PMID 8811874, doi:10.1006/abio.1996.0325.