Difference Gel Electrophoresis

aus Wikipedia, der freien Enzyklopädie
Wechseln zu: Navigation, Suche

Die Difference Gel Electrophoresis (englisch für ‚Differenz-Gelelektrophorese‘) ist ein Verfahren zum Mengenvergleich von zwei oder mehreren Proben von Proteinen in einer 2D-Gelelektrophorese.[1][2][3][4]

Eigenschaften[Bearbeiten]

Durch eine 2D-Gelelektrophorese kann das Proteom dargestellt werden, jedoch ist ein Vergleich zweier Proben in zwei verschiedenen Gelen aufgrund der Inhomogenitäten in der Herstellung der Polyacrylamidgele, in der Silberfärbung und in den Extraktionen der Gelstücke problematisch.[5] Durch eine unterschiedliche Markierung beider Proben können diese gleichzeitig auf ein Gel aufgetragen werden. Die Molekülmarkierung erfolgt durch Kopplung unterschiedlicher Fluorophore an Lysine oder Cysteine. Da Lysine meistens häufiger in Proteinen vorkommen, genügt eine Markierung weniger Lysine pro Protein (engl. minimal labeling ‚minimale Markierung‘), während Cysteine vollständig markiert werden (engl. saturation labeling ‚Sättigungsmarkierung‘).[6] Nach erfolgter Elektrophorese werden die Proteine im Gel mit einem Fluorometer in jeder markierten Farbe fotografiert und anschließend einzelne Proteine zur weiteren Analyse ausgestanzt. Eine Identifikation besteht entweder aus einem Edman-Abbau oder einer Massenspektrometrie nach In-Gel-Verdau.

Einzelnachweise[Bearbeiten]

  1. M. Unlü, M. E. Morgan, J. S. Minden: Difference gel electrophoresis: a single gel method for detecting changes in protein extracts. In: Electrophoresis (1997), Band 18, Ausgabe 11, S. 2071–2077. PMID 9420172.
  2. M. M. Shaw, B. M. Riederer: Sample preparation for two-dimensional gel electrophoresis. In: Proteomics. Band 3, Nummer 8, August 2003, S. 1408–1417, ISSN 1615-9853. doi:10.1002/pmic.200300471. PMID 12923765.
  3. J. F. Timms, R. Cramer: Difference gel electrophoresis. In: Proteomics. Band 8, Nummer 23–24, Dezember 2008, S. 4886–4897, ISSN 1615-9861. doi:10.1002/pmic.200800298. PMID 19003860.
  4. B. M. Riederer: Non-covalent and covalent protein labeling in two-dimensional gel electrophoresis. In: Journal of proteomics. Band 71, Nummer 2, Juli 2008, S. 231–244, ISSN 1874-3919. doi:10.1016/j.jprot.2008.05.001. PMID 18556257.
  5. L. E. McNamara, M. J. Dalby, M. O. Riehle, R. Burchmore: Fluorescence two-dimensional difference gel electrophoresis for biomaterial applications. In: Journal of the Royal Society Interface (2010), Band 7, Supplement 1, S. 107–118. doi:10.1098/rsif.2009.0177.focus. PMID 19570793; PMC 2843984 (freier Volltext).
  6. J. Minden: Comparative proteomics and difference gel electrophoresis. In: Biotechniques (2007), Band 43, Ausgabe 6, S. 739, 741, 743 passim. PMID 18251249. PDF.