„Desulfobacterium“ – Versionsunterschied

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{{Taxobox
| Taxon_WissName = Desulfobacterium
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'''''Desulfobacterium''''' is a rod-shaped bacteria genus from the family of [[Desulfobacteraceae]].<ref name=Desulfobacterium/><ref>[https://www.uniprot.org/taxonomy/2295 UniProt]</ref><ref name="Bergey's">{{cite book|last1=editor-in-chief|first1=George M. Garrity|title=Bergey's manual of systematic bacteriology.|date=2005|publisher=Springer|location=New York|isbn=0-387-24145-0|edition=2nd|url-access=registration|url=https://archive.org/details/bergeysmanualofs00boon}}</ref> ''Desulfobacterium'' occur widespread in brackish and marine sediments.<ref name="Bergey's"/>
'''''Desulfobacterium''''' ist eine [[Gattung (Biologie)|Gattung]] [[Sulfat]]-[[Reduktion (Chemie)|reduzierender]] [[Bakterien]] ({{enS|Sulfate-reducing bacteria, SRB}}) aus der [[Familie (Biologie)|Familie]] [[Desulfobacteraceae]].<ref name=LPSN/><ref>UniProt: [https://www.uniprot.org/taxonomy/2295 Desulfobacterium <small>(GENUS)</small>]</ref><ref name="Bergey's">{{cite book|last1=editor-in-chief|first1=George M. Garrity|title=Bergey's manual of systematic bacteriology.|date=2005|publisher=Springer|location=New York|isbn=0-387-24145-0|edition=2nd|url-access=registration|url=https://archive.org/details/bergeysmanualofs00boon}}</ref><ref name="B&W1988">Friedhelm Bak, Friedrich Widdel: [https://link.springer.com/article/10.1007%2FBF00402346 Anaerobic degradation of indolic compounds by sulfate-reducing enrichment cultures, and description of ''Desulfobacterium indolicum'' gen. nov., sp. nov.], in: Archives of Microbiology, Band 146, S.&nbsp;170–176, November 1986, [[doi:10.1007/BF00402346]], ISSN 0302-8933</ref>
Die Gattung ist in [[Brackwasser]]- und [[Meer]]es<nowiki />sedimenten weit verbreitet.<ref name="Bergey's"/>
Die Form der Bakterien reicht je nach [[Art (Biologie)|Art]] (Spezies) von meist stäbchenförmig<ref name="B&W1988" /> über oval<ref name="B&W1988" /> bis zitronenförmig.<ref name="SzewzykPfennig1987" />
Der [[Stamm (Biologie)#Bakterienstämme|Stamm]] ''Desulfobacterium autotrophicum'' HRM2 ist der erste Vertreter von SRBs, dessen [[Genom]] [[DNA-Sequenzierung|sequenziert]] wurde.


==References==
== Etymologie ==
Der Gattungsname leitet sich ab von {{laS}} ‚de‘ (von, weg) und ‚sulfur‘ (Schwefel), was zusammen den Präfix ‚desulfo-‘ (desulfurierend) ergibt. Dieser Präfix deutet auf die Charakterisierung der Spezies als dissimilatorische sulfatreduzierende [[Prokaryoten]] (hier: Bakterien) hin.<ref name=LPSN/>
{{Reflist}}


== Further reading ==
== Systematik ==
Die folgende Systematik richtet sich in erster Linie nach der [[LPSN]] ({{lang|en|List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature}}, L),<ref name=LPSN/> zudem sind Einträge in [[WoRMS]] ({{lang|en|World Register of Marine Species}}, W)<ref name=WoRMS>[[WoRMS]]: [http://www.marinespecies.org/aphia.php?p=taxdetails&id=570038 ''Desulfobacterium'' Bak & Widdel, 1988]</ref> und vom [[National Center for Biotechnology Information|NCBI]] ({{lang|en|National Center for Biotechnology Information}}, N)<ref name=NCBI>[[National Center for Biotechnology Information|NCBI]]: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?mode=Tree&id=2295&lvl=3&p=has_linkout&p=blast_url&p=genome_blast&srchmode=1 Desulfobacterium] (genus)</ref> wiedergegeben (Stand 9. September 2021):
* {{cite journal|last1=Strittmatter|first1=Axel W.|last2=Liesegang|first2=Heiko|last3=Rabus|first3=Ralf|last4=Decker|first4=Iwona|last5=Amann|first5=Judith|last6=Andres|first6=Sönke|last7=Henne|first7=Anke|last8=Fricke|first8=Wolfgang Florian|last9=Martinez-Arias|first9=Rosa|last10=Bartels|first10=Daniela|last11=Goesmann|first11=Alexander|last12=Krause|first12=Lutz|last13=Pühler|first13=Alfred|last14=Klenk|first14=Hans-Peter|last15=Richter|first15=Michael|last16=Schüler|first16=Margarete|last17=Glöckner|first17=Frank Oliver|last18=Meyerdierks|first18=Anke|last19=Gottschalk|first19=Gerhard|last20=Amann|first20=Rudolf|title=Genome sequence of HRM2, a marine sulfate reducer oxidizing organic carbon completely to carbon dioxide|journal=Environmental Microbiology|date=May 2009|volume=11|issue=5|pages=1038–1055|doi=10.1111/j.1462-2920.2008.01825.x|pmid=19187283|pmc=2702500}}
* ''Desulfobacterium anilini'' <small>{{Person|Schnell, Bak & Pfennig}} 1989/1990</small><sup>(L,W)</sup>alias ''Desulfatiglans anilini'' <small>({{Person|Schnell}} ''et&nbsp;al''. 1990) {{Person|Suzuki}} ''et&nbsp;al''. 2014</small><sup>(N)</sup> — Referenz[[Stamm (Biologie)#Bakterienstämme|stamm]]: Ani (alias ATCC:49792, DSM:4660)<ref>[[National Center for Biotechnology Information|NCBI]]: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=90728 Desulfatiglans anilini] (species, homotypic synonym: ''Desulfobacterium anilini'')</ref>
* {{cite book|last1=editor-in-chief|first1=George M. Garrity|title=Bergey's manual of systematic bacteriology.|date=2005|publisher=Springer|location=New York|isbn=0-387-24145-0|edition=2nd|url-access=registration|url=https://archive.org/details/bergeysmanualofs00boon}}
* ''Desulfobacterium autotrophicum'' <small>{{Person|Brysch}} ''et&nbsp;al''. 1988</small><sup>(L,N)</sup> — Referenzstamm: HRM2 (alias ATCC:43914, DSM:3382, VKM:B-1955)
* {{cite book|last1=Atlas|first1=Ronald M.|title=Handbook of microbiological media|date=2010|publisher=Boca Raton, Fla.|location=Washington, D.C.|isbn=978-1-4398-0408-7|edition=4th}}
* ''Desulfobacterium catecholicum'' <small>{{Person|Szewzyk & Pfennig}} 1988</small><sup>(L,N)</sup> — Referenzstamm NZ (alias ATCC&nbsp;43955, DSM&nbsp;3882, JCM&nbsp;39068, NZva20, NZva20, Nelson)<ref>[[National Center for Biotechnology Information|NCBI]]: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=90729 <nowiki>[Desulfobacterium]</nowiki> catecholicum] (species)</ref>
* {{cite book|last1=Straalen|first1=Nico M. van|last2=Roelofs|first2=Dick|title=An introduction to ecological genomics|date=2012|publisher=Oxford University Press|location=Oxford [etc.]|isbn=978-0-19-959468-9|edition=2nd}}
* ''Desulfobacterium cetonicum'' <small>{{Person|Galushko & Rozanova}} 1994</small><sup>(L)</sup> alias ''Desulfosarcina cetonica'' <small>corrig. {{Person|(Galushko & Rozanova 1994) Kuever}} ''et&nbsp;al''. 2006</small><sup>(N)</sup> — Referenzstamm 480 (alias DSM&nbsp;7267, JCM&nbsp;12296, VKM&nbsp;B-1975)<ref>[[National Center for Biotechnology Information|NCBI]]: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=90730 Desulfosarcina cetonica] (species, homotypic synonym: …, ''Desulfobacterium cetonicum'')</ref>
* ''Desulfobacterium corrodens'' <small>{{Person|Dinh, Kuever, Mussmann, Hassel, Stratmann & Widdel}}, 2004</small><sup>(W,N)</sup> — alias ''Desulfobacterium'' sp. IS4<ref>Hang T. Dinh, Jan Kuever, Marc Mußmann, Achim W. Hassel, Martin Stratmann, Friedrich Widdel: [https://www.nature.com/articles/nature02321 Iron corrosion by novel anaerobic microorganisms], in: [[Nature]], Band 427, S.&nbsp;829–832, 26. Februar 2004, [[doi:10.1038/nature02321]]</ref>
* ''Desulfobacterium indolicum]]'' <small>{{Person|Bak & Widdel}} 1988</small><sup>(L,W,N)</sup> — Typus, Referenzstamm: In04 (alias ATCC:43938, DSM:3383)
* ''Desulfobacterium macestii'' <small>{{Person|Gogotova & Vainstein}} 1989</small><sup>(L)</sup> alias ''Desulfomicrobium macestii'' <small>{{Person|(Gogotova & Vainstein 1989) Hippe}} ''et&nbsp;al''. 2003</small><sup>(N)</sup> — Referenzstamm M-9 (alias DSM&nbsp;4194, VKM&nbsp;B-1598)<ref>[[National Center for Biotechnology Information|NCBI]]: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=90731 Desulfomicrobium macestii] (species, homotypic synonym: ''Desulfobacterium macestii'')</ref>
* ''Desulfobacterium niacini'' <small>{{Person|Kuever}} ''et&nbsp;al''. 2006</small><sup>(L,N)</sup> — Referenzstamm: DSM&nbsp;2650 (alias DSM2650T)
* ''Desulfobacterium phenolicum'' <small>{{Person|Bak & Widdel}} 1988</small><sup>(L)</sup> alias ''Desulfobacula phenolica'' <small>{{Person|(Bak & Widdel 1988) Kuever}} ''et&nbsp;al''. 2001</small><sup>(N)</sup> — Referenzstamm Ph01 (alias ATCC&nbsp;43956, DSM&nbsp;3384)<ref>[[National Center for Biotechnology Information|NCBI]]: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=90732 Desulfobacula phenolica] (species, homotypic synonym: ''Desulfobacterium phenolicum'')</ref>
* ''Desulfobacterium vacuolatum'' <small>{{Person|Kuever}} ''et&nbsp;al''. 2006</small><sup>(L,W,N)</sup> — Referenzstamm: IbRM (alias DSM:3385, JCM:12295)
* „''Desulfobacterium zeppelinii''“ <small>{{Person|Kuever}} ''et&nbsp;al''. 2007</small><sup>(N)</sup> — Referenzstamm: DSM&nbsp;9120<ref>Birte Meyer, Jan Kuever: [https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/17600048/ Phylogeny of the alpha and beta subunits of the dissimilatory adenosine-5'-phosphosulfate (APS) reductase from sulfate-reducing prokaryotes--origin and evolution of the dissimilatory sulfate-reduction pathway], in: Microbiology, Band 153, Pt&nbsp;7, Juli 2007, S.&nbsp;2026-2044, [[doi:10.1099/mic.0.2006/003152-0]], PMID 17600048</ref>
* ''Desulfobacterium'' sp. 4572_20<sup>(N)</sup>
* ''Desulfobacterium'' sp. AK1<sup>(N)</sup>
* ''Desulfobacterium'' sp. BG18<sup>(N)</sup>
* ''Desulfobacterium'' sp. BG33<sup>(N)</sup>
* ''Desulfobacterium'' sp. BSv41<sup>(N)</sup>
* ''Desulfobacterium'' sp. LSv25<sup>(N)</sup>
* ''Desulfobacterium'' sp. PM4<sup>(N)</sup>
* ''Desulfobacterium'' sp. SCGC&nbsp;MDAE08<sup>(N)</sup>
* ''Desulfobacterium'' sp. SCGC&nbsp;MDAE10<sup>(N)</sup>
* ''Desulfobacterium'' sp. SCGC&nbsp;MDAM14<sup>(N)</sup>
* ''Desulfobacterium'' sp. CE24 — uncultured<sup>(N)</sup>
Beim Vergleich der zugrunde liegenden Datenbanken wird deutlich, dass die Diskussion über die Mitgliedschaft einzelner Spezies zur Gattung bei weitem noch nicht abgeschlossen ist. Einerseits werden für Spezies, die nach LPSN bestätigte Mitglieder der Gattung sind, andere Gattungszugehörigkeiten vorgeschlagen ein „Splitting“ im Sinn der [[Lumper und Splitter]]), andererseits werden neue Funde (z.&nbsp;T. aus der [[Metagenomik]]) als Mitglieder der Gattung vorgeschlagen, sind aber in der LPSN noch nicht als bestätigt gelistet.<!--Die genomischen Eigenschaften dieser Spezies dürften ein Grund für diese schwierige Situation sein (s.&nbsp;u.).-->

== ''Desulfobacterium autotrophicum'' ==
''Desulfobacterium autotrophicum'' ist ein [[mesophil]]es sulfatreduzierendes Bakterium.<ref name="BryschSchneider1987">{{cite journal |last1=Brysch |first1=K. |last2=Schneider |first2=C. |last3=Fuchs |first3=G. |last4=Widdel |first4=F. |title=Lithoautotrophic growth of sulfate-reducing bacteria, and description of Desulfobacterium autotrophicum gen. nov., sp. nov. |journal=Archives of Microbiology |volume=148 |issue=4 |year=1987 |pages=264–274 |issn=0302-8933 |doi=10.1007/BF00456703 }}</ref>
Mit einer Größe von 5,6&nbsp;[[Basenpaar|Mbp]] (Megabasenpaaren) ist das [[Genom]] von ''Db. autotrophicum'' HRM2 etwa 2&nbsp;Mbp größer als die sequenzierten Genome anderer Sulfatreduzierer (SRBs).
Eine hohe Anzahl von Genomplastizitätselementen (en. {{lang|en|genome plasticity elements}}) (mehr als 100 [[Transposon]]-artige Gene), mehrere Regionen mit [[GC-Gehalt|GC]]-Diskontinuität<ref group="Anm.">Eine '''GC-Diskontinuität''' ist ein im Verlauf des [[RNA]]- oder [[DNA]]-Strangs plötzlich stark veränderter [[GC-Gehalt]], ein Hinweis auf unterschiedliche Herkunft der einzelnen Abschnitte (Gene oder [[Open Reading Frame|ORFs]]), etwa durch [[Horizontaler Gentransfer|Horizontalen Gentransfer]] (HGT).</ref> und eine hohe Anzahl von [[Repetitive DNA|repetitiven Elementen]] (132 [[Homologie (Genetik)#Homologie zwischen verdoppelten oder fremden Genen|paraloge]] Gene pro Mbp)<ref group="Anm.">'''Paraloge Gene''' sind [[Gen]]e, die über [[Genmutation#Duplikation|Duplikationsereignisse]] im [[Most recent common ancestor|letzten gemeinsamen Vorfahren]] (LCA) der zu vergleichenden Arten oder [[Stamm (Biologie)#Bakterienstämme|Stämme]] miteinander verwandt sind.</ref><ref name="Koonin2005">{{cite journal | author = Eugene Viktorovich Koonin | title = Orthologs, paralogs, and evolutionary genomics | journal = Annual Review of Genetics | volume = 39 | pages = 309–338 | year = 2005 | pmid = 16285863 | doi = 10.1146/annurev.genet.39.073003.114725 | url = https://zenodo.org/record/1234975 }}</ref> deuten auf eine unterschiedliche Genomevolution im Vergleich zu ''Desulfovibrio''-Arten hin.<ref name="StrittmatterLiesegang2009">{{cite journal |last1=Strittmatter |first1=Axel W. |last2=Liesegang |first2=Heiko |last3=Rabus |first3=Ralf |last4=Decker |first4=Iwona |last5=Amann |first5=Judith |last6=Andres |first6=Sönke |last7=Henne |first7=Anke |last8=Fricke |first8=Wolfgang Florian |last9=Martinez-Arias |first9=Rosa |last10=Bartels |first10=Daniela |last11=Goesmann |first11=Alexander |last12=Krause |first12=Lutz |last13=Pühler |first13=Alfred |last14=Klenk |first14=Hans-Peter |last15=Richter |first15=Michael |last16=Schüler |first16=Margarete |last17=Glöckner |first17=Frank Oliver |last18=Meyerdierks |first18=Anke |last19=Gottschalk |first19=Gerhard |last20=Amann |first20=Rudolf |title=Genome sequence of Desulfobacterium autotrophicum HRM2, a marine sulfate reducer oxidizing organic carbon completely to carbon dioxide |journal=Environmental Microbiology |volume=11 |issue=5 |date=2009-05 |pages=1038–1055 |issn=1462-2912 |doi=10.1111/j.1462-2920.2008.01825.x |pmid=19187283 |pmc=2702500 }}</ref>

Die metabolische Vielseitigkeit von ''Db. autotrophicum'' HRM2 zeigt sich in Genen für den Abbau einer Vielzahl organischer Verbindungen einschließlich langkettiger [[Fettsäuren]] und für den [[Reduktiver Acetyl-CoA-Weg|Wood-Ljungdahl-Weg]] wider, der es dem Organismus ermöglicht, [[Acetyl-CoA]] vollständig zu [[Kohlendioxid]] (CO<sub>2</sub>) zu oxidieren, aber auch [[Autotrophie|chemolithoautotroph]] zu wachsen und gedeihen.<ref name="StrittmatterLiesegang2009"/>

== ''Desulfobacterium catecholicum'' ==
''Desulfobacterium catecholicum'' ist ein [[Brenzcatechin]]<ref group="Anm.">'''[[Brenzcatechin]]''' ist die übliche deutsche Bezeichnung für (Pyro-)Catechol oder Benzen-1,2-diol, einem [[Aromaten|aromatischen]] [[Alkohole|Alkohol]].</ref>-abbauendes zitronenförmiges, nicht sporenbildendes sulfatreduzierendes Bakterium (Referenzstamm ist Nzva20).<ref name="SzewzykPfennig1987">{{cite journal |last1=Szewzyk |first1=R. |last2=Pfennig |first2=N. |title=Complete oxidation of catechol by the strictly anaerobic sulfate-reducing Desulfobacterium catecholicum sp. nov. |journal=Archives of Microbiology |volume=147 |issue=2 |date=1987-03 |pages=163–168 |issn=0302-8933 |doi=10.1007/BF00415278 }}</ref>

== ''Desulfobacterium indolicum'' ==
''Desulfobacterium indolicum'' ist ein ovales bis stäbchenförmiges, [[Gram-Färbung|gramnegatives]], nicht [[spore]]nbildendes, sulfatreduzierendes Bakterium (Referenzstamm In04).<ref name="B&W1988"/> Die Spezies zeichnet sich durch die Nutzung spezifischer [[Stoffwechselweg]]e aus,<ref name="JohansenLicht1997">{{cite journal |last1=Johansen |first1=S.&nbsp;S. |last2=Licht |first2=D. |last3=Arvin |first3=E. |last4=Mosbæk |first4=H. |last5=Hansen |first5=A.&nbsp;B. |title=Metabolic pathways of quinoline, indole and their methylated analogs by Desulfobacterium indolicum (DSM 3383) |journal=Applied Microbiology and Biotechnology |volume=47 |issue=3 |date=1997-03 |pages=292–300 |issn=0175-7598 |doi=10.1007/s002530050929 }}</ref>
darunter die [[Hydrodesulfurierung|Entschwefelung]] von [[Dieselkraftstoff]].<ref name="pmid23741864">{{cite journal |author=
Semiu Adebayo Kareem, David Stan Aribike, Simon Cyril U. Nwachukwu, Ganiyu Kayode Latinwo | title=Microbial desulfurization of diesel by Desulfobacterium indolicum. | journal=J Environ Sci Eng | date= 2012-01 | volume= 54 | issue= 1 | pages= 98–103 | pmid=23741864 | url=https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/23741864/<!--keine doi--> }}</ref>

== Weblinks ==
* {{cite journal |last1=Strittmatter |first1=Axel W. |last2=Liesegang |first2=Heiko |last3=Rabus |first3=Ralf |last4=Decker |first4=Iwona |last5=Amann |first5=Judith |last6=Andres |first6=Sönke |last7=Henne |first7=Anke |last8=Fricke |first8=Wolfgang Florian |last9=Martinez-Arias |first9=Rosa |last10=Bartels |first10=Daniela |last11=Goesmann |first11=Alexander |last12=Krause |first12=Lutz |last13=Pühler |first13=Alfred |last14=Klenk |first14=Hans-Peter |last15=Richter |first15=Michael |last16=Schüler |first16=Margarete |last17=Glöckner |first17=Frank Oliver |last18=Meyerdierks |first18=Anke |last19=Gottschalk |first19=Gerhard |last20=Amann |first20=Rudolf |title=Genome sequence of HRM2, a marine sulfate reducer oxidizing organic carbon completely to carbon dioxide |journal=Environmental Microbiology |date=2009-05 |volume=11 |issue=5 |pages=1038–1055 |doi=10.1111/j.1462-2920.2008.01825.x |pmid=19187283 |pmc=2702500}}
* {{cite book |last1=editor-in-chief |first1=George M. Garrity |title=Bergey's manual of systematic bacteriology |date=2005 |publisher=Springer |location=New York |isbn=0-387-24145-0 |edition=2 |url-access=registration |url=https://archive.org/details/bergeysmanualofs00boon }}
* {{cite book |last1=Atlas |first1=Ronald M. |title=Handbook of microbiological media |date=2010 |publisher=Boca Raton, Fla. |location=Washington, D.C. |isbn=978-1-4398-0408-7 |edition=4}}
* {{cite book |last1=Straalen |first1=Nico M. van |last2=Roelofs |first2=Dick |title=An introduction to ecological genomics |date=2012 |publisher=Oxford University Press |location=Oxford [etc.] |isbn=978-0-19-959468-9 |edition=2 }}
* {{cite book|last1=Stotzky|first1=edited by Jean-Marc Bollag, G.|title=Soil biochemistry.|date=1993|publisher=M. Dekker|location=New York|isbn=0-8247-9044-8|edition=1. print.}}
* {{cite book|last1=Stotzky|first1=edited by Jean-Marc Bollag, G.|title=Soil biochemistry.|date=1993|publisher=M. Dekker|location=New York|isbn=0-8247-9044-8|edition=1. print.}}
* {{cite book|last1=Barton|first1=edited by Larry L.|title=Sulfate-Reducing Bacteria|date=1995|publisher=Springer US|location=Boston, MA|isbn=1-4899-1582-6}}
* {{cite book|last1=Barton|first1=edited by Larry L.|title=Sulfate-Reducing Bacteria|date=1995|publisher=Springer US|location=Boston, MA|isbn=1-4899-1582-6}}
* {{cite book|last1=Ahring|first1=volume editor: Birgitte K.|title=Biomethanation|date=2003|publisher=Springer|location=Berlin [etc.]|isbn=3-540-45839-5}}
* {{cite book|last1=Ahring|first1=volume editor: Birgitte K.|title=Biomethanation|date=2003|publisher=Springer|location=Berlin [etc.]|isbn=3-540-45839-5}}


== Anmerkungen ==
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== Einzelnachweise ==
<references responsive />

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[[Category:Desulfobacterales]]
[[Category:Desulfobacterales]]
[[Category:Bacteria genera]]
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[[Kategorie:Desulfuromonadales]]

[[Kategorie:Desulfuromonadales (Ordnung)]]
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Version vom 9. September 2021, 11:47 Uhr

Desulfobacterium
Systematik
Domäne: Bakterien (Bacteria)
Abteilung: Proteobacteria
Klasse: Deltaproteobacteria
Ordnung: Desulfobacterales
Familie: Desulfobacteraceae
Art: Desulfobacterium
Wissenschaftlicher Name
Desulfobacterium
Bak & Widdel 1988[1][2]

Desulfobacterium ist eine Gattung Sulfat-reduzierender Bakterien (englisch Sulfate-reducing bacteria, SRB) aus der Familie Desulfobacteraceae.[1][3][4][2] Die Gattung ist in Brackwasser- und Meeressedimenten weit verbreitet.[4] Die Form der Bakterien reicht je nach Art (Spezies) von meist stäbchenförmig[2] über oval[2] bis zitronenförmig.[5] Der Stamm Desulfobacterium autotrophicum HRM2 ist der erste Vertreter von SRBs, dessen Genom sequenziert wurde.

Etymologie

Der Gattungsname leitet sich ab von lateinisch ‚de‘ (von, weg) und ‚sulfur‘ (Schwefel), was zusammen den Präfix ‚desulfo-‘ (desulfurierend) ergibt. Dieser Präfix deutet auf die Charakterisierung der Spezies als dissimilatorische sulfatreduzierende Prokaryoten (hier: Bakterien) hin.[1]

Systematik

Die folgende Systematik richtet sich in erster Linie nach der LPSN (List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature, L),[1] zudem sind Einträge in WoRMS (World Register of Marine Species, W)[6] und vom NCBI (National Center for Biotechnology Information, N)[7] wiedergegeben (Stand 9. September 2021):

  • Desulfobacterium anilini Schnell, Bak & Pfennig 1989/1990(L,W)alias Desulfatiglans anilini (Schnell et al. 1990) Suzuki et al. 2014(N) — Referenzstamm: Ani (alias ATCC:49792, DSM:4660)[8]
  • Desulfobacterium autotrophicum Brysch et al. 1988(L,N) — Referenzstamm: HRM2 (alias ATCC:43914, DSM:3382, VKM:B-1955)
  • Desulfobacterium catecholicum Szewzyk & Pfennig 1988(L,N) — Referenzstamm NZ (alias ATCC 43955, DSM 3882, JCM 39068, NZva20, NZva20, Nelson)[9]
  • Desulfobacterium cetonicum Galushko & Rozanova 1994(L) alias Desulfosarcina cetonica corrig. (Galushko & Rozanova 1994) Kuever et al. 2006(N) — Referenzstamm 480 (alias DSM 7267, JCM 12296, VKM B-1975)[10]
  • Desulfobacterium corrodens Dinh, Kuever, Mussmann, Hassel, Stratmann & Widdel, 2004(W,N) — alias Desulfobacterium sp. IS4[11]
  • Desulfobacterium indolicum]] Bak & Widdel 1988(L,W,N) — Typus, Referenzstamm: In04 (alias ATCC:43938, DSM:3383)
  • Desulfobacterium macestii Gogotova & Vainstein 1989(L) alias Desulfomicrobium macestii (Gogotova & Vainstein 1989) Hippe et al. 2003(N) — Referenzstamm M-9 (alias DSM 4194, VKM B-1598)[12]
  • Desulfobacterium niacini Kuever et al. 2006(L,N) — Referenzstamm: DSM 2650 (alias DSM2650T)
  • Desulfobacterium phenolicum Bak & Widdel 1988(L) alias Desulfobacula phenolica (Bak & Widdel 1988) Kuever et al. 2001(N) — Referenzstamm Ph01 (alias ATCC 43956, DSM 3384)[13]
  • Desulfobacterium vacuolatum Kuever et al. 2006(L,W,N) — Referenzstamm: IbRM (alias DSM:3385, JCM:12295)
  • „Desulfobacterium zeppelinii“ Kuever et al. 2007(N) — Referenzstamm: DSM 9120[14]
  • Desulfobacterium sp. 4572_20(N)
  • Desulfobacterium sp. AK1(N)
  • Desulfobacterium sp. BG18(N)
  • Desulfobacterium sp. BG33(N)
  • Desulfobacterium sp. BSv41(N)
  • Desulfobacterium sp. LSv25(N)
  • Desulfobacterium sp. PM4(N)
  • Desulfobacterium sp. SCGC MDAE08(N)
  • Desulfobacterium sp. SCGC MDAE10(N)
  • Desulfobacterium sp. SCGC MDAM14(N)
  • Desulfobacterium sp. CE24 — uncultured(N)

Beim Vergleich der zugrunde liegenden Datenbanken wird deutlich, dass die Diskussion über die Mitgliedschaft einzelner Spezies zur Gattung bei weitem noch nicht abgeschlossen ist. Einerseits werden für Spezies, die nach LPSN bestätigte Mitglieder der Gattung sind, andere Gattungszugehörigkeiten vorgeschlagen ein „Splitting“ im Sinn der Lumper und Splitter), andererseits werden neue Funde (z. T. aus der Metagenomik) als Mitglieder der Gattung vorgeschlagen, sind aber in der LPSN noch nicht als bestätigt gelistet.

Desulfobacterium autotrophicum

Desulfobacterium autotrophicum ist ein mesophiles sulfatreduzierendes Bakterium.[15] Mit einer Größe von 5,6 Mbp (Megabasenpaaren) ist das Genom von Db. autotrophicum HRM2 etwa 2 Mbp größer als die sequenzierten Genome anderer Sulfatreduzierer (SRBs). Eine hohe Anzahl von Genomplastizitätselementen (en. genome plasticity elements) (mehr als 100 Transposon-artige Gene), mehrere Regionen mit GC-Diskontinuität[Anm. 1] und eine hohe Anzahl von repetitiven Elementen (132 paraloge Gene pro Mbp)[Anm. 2][16] deuten auf eine unterschiedliche Genomevolution im Vergleich zu Desulfovibrio-Arten hin.[17]

Die metabolische Vielseitigkeit von Db. autotrophicum HRM2 zeigt sich in Genen für den Abbau einer Vielzahl organischer Verbindungen einschließlich langkettiger Fettsäuren und für den Wood-Ljungdahl-Weg wider, der es dem Organismus ermöglicht, Acetyl-CoA vollständig zu Kohlendioxid (CO2) zu oxidieren, aber auch chemolithoautotroph zu wachsen und gedeihen.[17]

Desulfobacterium catecholicum

Desulfobacterium catecholicum ist ein Brenzcatechin[Anm. 3]-abbauendes zitronenförmiges, nicht sporenbildendes sulfatreduzierendes Bakterium (Referenzstamm ist Nzva20).[5]

Desulfobacterium indolicum

Desulfobacterium indolicum ist ein ovales bis stäbchenförmiges, gramnegatives, nicht sporenbildendes, sulfatreduzierendes Bakterium (Referenzstamm In04).[2] Die Spezies zeichnet sich durch die Nutzung spezifischer Stoffwechselwege aus,[18] darunter die Entschwefelung von Dieselkraftstoff.[19]

  • Axel W. Strittmatter, Heiko Liesegang, Ralf Rabus, Iwona Decker, Judith Amann, Sönke Andres, Anke Henne, Wolfgang Florian Fricke, Rosa Martinez-Arias, Daniela Bartels, Alexander Goesmann, Lutz Krause, Alfred Pühler, Hans-Peter Klenk, Michael Richter, Margarete Schüler, Frank Oliver Glöckner, Anke Meyerdierks, Gerhard Gottschalk, Rudolf Amann: Genome sequence of HRM2, a marine sulfate reducer oxidizing organic carbon completely to carbon dioxide. In: Environmental Microbiology. 11. Jahrgang, Nr. 5, Mai 2009, S. 1038–1055, doi:10.1111/j.1462-2920.2008.01825.x, PMID 19187283, PMC 2702500 (freier Volltext).
  • George M. Garrity editor-in-chief: Bergey's manual of systematic bacteriology. 2. Auflage. Springer, New York 2005, ISBN 0-387-24145-0 (archive.org).
  • Ronald M. Atlas: Handbook of microbiological media. 4. Auflage. Boca Raton, Fla., Washington, D.C. 2010, ISBN 978-1-4398-0408-7.
  • Nico M. van Straalen, Dick Roelofs: An introduction to ecological genomics. 2. Auflage. Oxford University Press, Oxford [etc.] 2012, ISBN 978-0-19-959468-9.
  • edited by Jean-Marc Bollag, G. Stotzky: Soil biochemistry. 1. print. Auflage. M. Dekker, New York 1993, ISBN 0-8247-9044-8.
  • edited by Larry L. Barton: Sulfate-Reducing Bacteria. Springer US, Boston, MA 1995, ISBN 1-4899-1582-6.
  • volume editor: Birgitte K. Ahring: Biomethanation. Springer, Berlin [etc.] 2003, ISBN 3-540-45839-5.

Anmerkungen

  1. ↑ Eine GC-Diskontinuität ist ein im Verlauf des RNA- oder DNA-Strangs plötzlich stark veränderter GC-Gehalt, ein Hinweis auf unterschiedliche Herkunft der einzelnen Abschnitte (Gene oder ORFs), etwa durch Horizontalen Gentransfer (HGT).
  2. ↑ Paraloge Gene sind Gene, die über Duplikationsereignisse im letzten gemeinsamen Vorfahren (LCA) der zu vergleichenden Arten oder Stämme miteinander verwandt sind.
  3. ↑ Brenzcatechin ist die übliche deutsche Bezeichnung für (Pyro-)Catechol oder Benzen-1,2-diol, einem aromatischen Alkohol.

Einzelnachweise

  1. ↑ a b c d LPSN: Genus Desulfobacterium
  2. ↑ a b c d e Friedhelm Bak, Friedrich Widdel: Anaerobic degradation of indolic compounds by sulfate-reducing enrichment cultures, and description of Desulfobacterium indolicum gen. nov., sp. nov., in: Archives of Microbiology, Band 146, S. 170–176, November 1986, doi:10.1007/BF00402346, ISSN 0302-8933
  3. ↑ UniProt: Desulfobacterium (GENUS)
  4. ↑ a b George M. Garrity editor-in-chief: Bergey's manual of systematic bacteriology. 2nd Auflage. Springer, New York 2005, ISBN 0-387-24145-0 (archive.org).
  5. ↑ a b R. Szewzyk, N. Pfennig: Complete oxidation of catechol by the strictly anaerobic sulfate-reducing Desulfobacterium catecholicum sp. nov. In: Archives of Microbiology. 147. Jahrgang, Nr. 2, März 1987, ISSN 0302-8933, S. 163–168, doi:10.1007/BF00415278.
  6. ↑ WoRMS: Desulfobacterium Bak & Widdel, 1988
  7. ↑ NCBI: Desulfobacterium (genus)
  8. ↑ NCBI: Desulfatiglans anilini (species, homotypic synonym: Desulfobacterium anilini)
  9. ↑ NCBI: [Desulfobacterium] catecholicum (species)
  10. ↑ NCBI: Desulfosarcina cetonica (species, homotypic synonym: …, Desulfobacterium cetonicum)
  11. ↑ Hang T. Dinh, Jan Kuever, Marc Mußmann, Achim W. Hassel, Martin Stratmann, Friedrich Widdel: Iron corrosion by novel anaerobic microorganisms, in: Nature, Band 427, S. 829–832, 26. Februar 2004, doi:10.1038/nature02321
  12. ↑ NCBI: Desulfomicrobium macestii (species, homotypic synonym: Desulfobacterium macestii)
  13. ↑ NCBI: Desulfobacula phenolica (species, homotypic synonym: Desulfobacterium phenolicum)
  14. ↑ Birte Meyer, Jan Kuever: Phylogeny of the alpha and beta subunits of the dissimilatory adenosine-5'-phosphosulfate (APS) reductase from sulfate-reducing prokaryotes--origin and evolution of the dissimilatory sulfate-reduction pathway, in: Microbiology, Band 153, Pt 7, Juli 2007, S. 2026-2044, doi:10.1099/mic.0.2006/003152-0, PMID 17600048
  15. ↑ K. Brysch, C. Schneider, G. Fuchs, F. Widdel: Lithoautotrophic growth of sulfate-reducing bacteria, and description of Desulfobacterium autotrophicum gen. nov., sp. nov. In: Archives of Microbiology. 148. Jahrgang, Nr. 4, 1987, ISSN 0302-8933, S. 264–274, doi:10.1007/BF00456703.
  16. ↑ Eugene Viktorovich Koonin: Orthologs, paralogs, and evolutionary genomics. In: Annual Review of Genetics. 39. Jahrgang, 2005, S. 309–338, doi:10.1146/annurev.genet.39.073003.114725, PMID 16285863 (zenodo.org).
  17. ↑ a b Axel W. Strittmatter, Heiko Liesegang, Ralf Rabus, Iwona Decker, Judith Amann, Sönke Andres, Anke Henne, Wolfgang Florian Fricke, Rosa Martinez-Arias, Daniela Bartels, Alexander Goesmann, Lutz Krause, Alfred Pühler, Hans-Peter Klenk, Michael Richter, Margarete Schüler, Frank Oliver Glöckner, Anke Meyerdierks, Gerhard Gottschalk, Rudolf Amann: Genome sequence of Desulfobacterium autotrophicum HRM2, a marine sulfate reducer oxidizing organic carbon completely to carbon dioxide. In: Environmental Microbiology. 11. Jahrgang, Nr. 5, Mai 2009, ISSN 1462-2912, S. 1038–1055, doi:10.1111/j.1462-2920.2008.01825.x, PMID 19187283, PMC 2702500 (freier Volltext).
  18. ↑ S. S. Johansen, D. Licht, E. Arvin, H. Mosbæk, A. B. Hansen: Metabolic pathways of quinoline, indole and their methylated analogs by Desulfobacterium indolicum (DSM 3383). In: Applied Microbiology and Biotechnology. 47. Jahrgang, Nr. 3, März 1997, ISSN 0175-7598, S. 292–300, doi:10.1007/s002530050929.
  19. ↑ Semiu Adebayo Kareem, David Stan Aribike, Simon Cyril U. Nwachukwu, Ganiyu Kayode Latinwo: Microbial desulfurization of diesel by Desulfobacterium indolicum. In: J Environ Sci Eng. 54. Jahrgang, Nr. 1, Januar 2012, S. 98–103, PMID 23741864 (nih.gov).
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