„Chemistry Development Kit“ – Versionsunterschied

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Das '''Chemistry Development Kit''' (CDK) ist eine [[Freie Software|freie]] [[Open Source|Open-Source]]-Software-Bibliothek für [[Bioinformatik|Bio-]] und [[Chemoinformatik]]. Sie wurde erstmals am 11. Mai 2001 von [[Christoph Steinbeck]], Egon Willighagen und Dan Gezelter vorgestellt.
Das '''Chemistry Development Kit''' (CDK) ist eine [[Freie Software|freie]] [[Open Source|Open-Source]]-Software-Bibliothek für [[Bioinformatik|Bio-]] und [[Chemoinformatik]]. Sie wurde erstmals am 11. Mai 2001 von [[Christoph Steinbeck]], Egon Willighagen und Dan Gezelter vorgestellt. Das Projekt steht unter der Schirmherrschaft von [[Blue Obelisk]].<ref>{{Literatur |Autor=Egon L. Willighagen, John W. Mayfield, Jonathan Alvarsson, Arvid Berg, Lars Carlsson, Nina Jeliazkova, Stefan Kuhn, Tomáš Pluskal, Miquel Rojas-Chertó, Ola Spjuth, Gilleain Torrance, Chris T. Evelo, Rajarshi Guha, Christoph Steinbeck |Titel=The Chemistry Development Kit (CDK) v2.0: atom typing, depiction, molecular formulas, and substructure searching |Sammelwerk=Journal of Cheminformatics |Band=9 |Nummer=1 |Verlag= |Datum=2017 |Seiten=33 |ISSN=1758-2946 |DOI=10.1186/s13321-017-0220-4 |PMID=29086040}}</ref>


Das CDK ist in [[Java (Programmiersprache)|Java]] geschrieben. Es bietet Funktionalitäten um eigene Chemie-Software zu schreiben.<ref>{{Literatur |Autor=Edgar Luttmann |Titel=Chemiesoftware selber schreiben leicht gemacht |Sammelwerk=Nachrichten aus der Chemie |Band=51 |Nummer=1 |Verlag=Wiley-VCH |Ort=Weinheim |Jahr=2003 |Seiten=40–42 |DOI=10.1002/nadc.20030510117}}</ref> Damit können chemische Formeln eingegeben werden, [[molekulare Modellierung]] (2-D- und 3-D-[[Rendern]]) durchgeführt und [[quantitative Struktur-Wirkungs-Beziehung]]en dargestellt werden.<ref>{{Literatur |Autor=M. Guangli, C. Yiyu|Titel={{lang|en|Predicting Caco-2 permeability using support vector machine and chemistry development kit}} |Sammelwerk={{lang|en|Journal of pharmacy & pharmaceutical sciences}} |Band=9 |Nummer=2 |Verlag=The Society |Ort=Edmonton |Jahr=2006 |Seiten=210 |PMC=16959190}}</ref> Die [[Auszeichnungssprache]] [[Chemical Markup Language]], MDL [[Molfile]] sowie die [[Simplified Molecular Input Line Entry Specification]] und [[International Chemical Identifier]]s werden unterstützt.<ref>{{Literatur |Autor=O. Spjuth, A. Berg, S. Adams, Egon L. Willighagen |Titel={{lang|en|Applications of the InChI in cheminformatics with the CDK and Bioclipse}} |Sammelwerk={{lang|en|Journal of cheminformatics}} |Band=5 |Nummer=1 |Verlag=Chemistry Central Ltd. |Ort=London |Jahr=2013 |Seiten=5–14 |PMC=23497723}}</ref> Mit dem CDK können Algorithmen für chemische [[Graphentheorie]] geschrieben werden.
Das CDK ist in [[Java (Programmiersprache)|Java]] geschrieben. Es bietet Funktionalitäten um eigene Chemie-Software zu schreiben.<ref>{{Literatur |Autor=Edgar Luttmann |Titel=Chemiesoftware selber schreiben leicht gemacht |Sammelwerk=Nachrichten aus der Chemie |Band=51 |Nummer=1 |Verlag=Wiley-VCH |Ort=Weinheim |Jahr=2003 |Seiten=40–42 |DOI=10.1002/nadc.20030510117}}</ref> Damit können chemische Formeln eingegeben werden, [[molekulare Modellierung]] (2-D- und 3-D-[[Rendern]]) durchgeführt und [[quantitative Struktur-Wirkungs-Beziehung]]en dargestellt werden.<ref>{{Literatur |Autor=M. Guangli, C. Yiyu|Titel={{lang|en|Predicting Caco-2 permeability using support vector machine and chemistry development kit}} |Sammelwerk={{lang|en|Journal of pharmacy & pharmaceutical sciences}} |Band=9 |Nummer=2 |Verlag=The Society |Ort=Edmonton |Jahr=2006 |Seiten=210 |PMC=16959190}}</ref> Die [[Auszeichnungssprache]] [[Chemical Markup Language]], MDL [[Molfile]] sowie die [[Simplified Molecular Input Line Entry Specification]] und [[International Chemical Identifier]]s werden unterstützt.<ref>{{Literatur |Autor=O. Spjuth, A. Berg, S. Adams, Egon L. Willighagen |Titel={{lang|en|Applications of the InChI in cheminformatics with the CDK and Bioclipse}} |Sammelwerk={{lang|en|Journal of cheminformatics}} |Band=5 |Nummer=1 |Verlag=Chemistry Central Ltd. |Ort=London |Jahr=2013 |Seiten=5–14 |PMC=23497723}}</ref> Mit dem CDK können Algorithmen für chemische [[Graphentheorie]] geschrieben werden.
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== Literatur ==
== Literatur ==

* {{Literatur |Autor=Christoph Steinbeck u.&nbsp;a. |Titel={{lang|en|The Chemistry Development Kit (CDK)}} |TitelErg={{lang|en|an open-source Java library for Chemo- and Bioinformatics}} |Sammelwerk={{lang|en|Journal of chemical information and computer sciences}} |Band=43 |Nummer=2 |Verlag=American Chemical Society |Ort=Washington D.C. |Jahr=2003 |Seiten=493–500 |PMC=12653513}}
* {{Literatur |Autor=Christoph Steinbeck u.&nbsp;a. |Titel={{lang|en|The Chemistry Development Kit (CDK)}} |TitelErg={{lang|en|an open-source Java library for Chemo- and Bioinformatics}} |Sammelwerk={{lang|en|Journal of chemical information and computer sciences}} |Band=43 |Nummer=2 |Verlag=American Chemical Society |Ort=Washington D.C. |Jahr=2003 |Seiten=493–500 |PMC=12653513}}
==Siehe auch==
*[[Blue Obelisk]]


== Weblinks ==
== Weblinks ==

* [https://cdk.github.io/ Offizielle Website]
* [https://cdk.github.io/ Offizielle Website]



Version vom 2. März 2023, 12:35 Uhr

Chemistry Development Kit

Basisdaten

Entwickler Christoph Steinbeck, Egon Willighagen, Dan Gezelter
Aktuelle Version 2.9[1]
(21. August 2023)
Betriebssystem Plattformunabhängig
Programmier­sprache Java[2]
Kategorie Chemoinformatik
Lizenz GNU LGPL
deutschsprachig nein
cdk.github.io

Das Chemistry Development Kit (CDK) ist eine freie Open-Source-Software-Bibliothek für Bio- und Chemoinformatik. Sie wurde erstmals am 11. Mai 2001 von Christoph Steinbeck, Egon Willighagen und Dan Gezelter vorgestellt. Das Projekt steht unter der Schirmherrschaft von Blue Obelisk.[3]

Das CDK ist in Java geschrieben. Es bietet Funktionalitäten um eigene Chemie-Software zu schreiben.[4] Damit können chemische Formeln eingegeben werden, molekulare Modellierung (2-D- und 3-D-Rendern) durchgeführt und quantitative Struktur-Wirkungs-Beziehungen dargestellt werden.[5] Die Auszeichnungssprache Chemical Markup Language, MDL Molfile sowie die Simplified Molecular Input Line Entry Specification und International Chemical Identifiers werden unterstützt.[6] Mit dem CDK können Algorithmen für chemische Graphentheorie geschrieben werden.

Die Bibliothek kann in Microsoft Excel (LICSS)[7], die statistische Programmiersprache R[8], die Statistik-Software KNIME[9], Apache Taverna[10] und Bioclipse eingebunden werden. Innerhalb von OpenChrom wird sie zur Darstellung von identifizierten Substanzen verwendet.[11]

Literatur

  • Christoph Steinbeck u. a.: The Chemistry Development Kit (CDK). an open-source Java library for Chemo- and Bioinformatics. In: Journal of chemical information and computer sciences. Band 43, Nr. 2. American Chemical Society, Washington D.C. 2003, S. 493–500, PMC 12653513 (freier Volltext).

Einzelnachweise

  1. Release 2.9. 21. August 2023 (abgerufen am 18. September 2023).
  2. In: Recent Developments of the Chemistry Development Kit (CDK) - An Open-Source Java Library for Chemo- and Bioinformatics.
  3. Egon L. Willighagen, John W. Mayfield, Jonathan Alvarsson, Arvid Berg, Lars Carlsson, Nina Jeliazkova, Stefan Kuhn, Tomáš Pluskal, Miquel Rojas-Chertó, Ola Spjuth, Gilleain Torrance, Chris T. Evelo, Rajarshi Guha, Christoph Steinbeck: The Chemistry Development Kit (CDK) v2.0: atom typing, depiction, molecular formulas, and substructure searching. In: Journal of Cheminformatics. Band 9, Nr. 1, 2017, ISSN 1758-2946, S. 33, doi:10.1186/s13321-017-0220-4, PMID 29086040.
  4. Edgar Luttmann: Chemiesoftware selber schreiben leicht gemacht. In: Nachrichten aus der Chemie. Band 51, Nr. 1. Wiley-VCH, Weinheim 2003, S. 40–42, doi:10.1002/nadc.20030510117.
  5. M. Guangli, C. Yiyu: Predicting Caco-2 permeability using support vector machine and chemistry development kit. In: Journal of pharmacy & pharmaceutical sciences. Band 9, Nr. 2. The Society, Edmonton 2006, S. 210, PMC 16959190 (freier Volltext).
  6. O. Spjuth, A. Berg, S. Adams, Egon L. Willighagen: Applications of the InChI in cheminformatics with the CDK and Bioclipse. In: Journal of cheminformatics. Band 5, Nr. 1. Chemistry Central Ltd., London 2013, S. 5–14, PMC 23497723 (freier Volltext).
  7. Kevin R. Lawson, Jonty Lawson: LICSS - a chemical spreadsheet in microsoft excel. In: Journal of cheminformatics. Band 4, Nr. 1. Chemistry Central Ltd., London 2012, S. 3, PMC 3310842 (freier Volltext).
  8. Rajarshi Guha: Chemical informatics functionality in R. In: Journal of Statistical Software. Band 18, Nr. 5, 2007, S. 1–16 (online).
  9. Stephan Beisken u. a.: KNIME-CDK. Workflow-driven cheminformatics. In: BMC Bioinformatics. Band 14, Nr. 1. BioMed Central, London 2013, S. 257, PMC 3765822 (freier Volltext).
  10. Thomas Kuhn, Egon L Willighagen, Achim Zielesny, Christoph Steinbeck: CDK-Taverna. an open workflow environment for cheminformatics. In: BMC Bioinformatics. Band 11, Nr. 1. BioMed Central, London 2010, S. 159, PMC 2862046 (freier Volltext).
  11. OpenChrom CDK plugin. In: GitHub. Lablicate, abgerufen am 19. März 2021 (englisch).