„Chemistry Development Kit“ – Versionsunterschied
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Das '''Chemistry Development Kit''' (CDK) ist eine [[Freie Software|freie]] [[Open Source|Open-Source]]-Software-Bibliothek für [[Bioinformatik|Bio-]] und [[Chemoinformatik]]. Sie wurde erstmals am 11. Mai 2001 von [[Christoph Steinbeck]], Egon Willighagen und Dan Gezelter vorgestellt. |
Das '''Chemistry Development Kit''' (CDK) ist eine [[Freie Software|freie]] [[Open Source|Open-Source]]-Software-Bibliothek für [[Bioinformatik|Bio-]] und [[Chemoinformatik]]. Sie wurde erstmals am 11. Mai 2001 von [[Christoph Steinbeck]], Egon Willighagen und Dan Gezelter vorgestellt. Das Projekt steht unter der Schirmherrschaft von [[Blue Obelisk]].<ref>{{Literatur |Autor=Egon L. Willighagen, John W. Mayfield, Jonathan Alvarsson, Arvid Berg, Lars Carlsson, Nina Jeliazkova, Stefan Kuhn, Tomáš Pluskal, Miquel Rojas-Chertó, Ola Spjuth, Gilleain Torrance, Chris T. Evelo, Rajarshi Guha, Christoph Steinbeck |Titel=The Chemistry Development Kit (CDK) v2.0: atom typing, depiction, molecular formulas, and substructure searching |Sammelwerk=Journal of Cheminformatics |Band=9 |Nummer=1 |Verlag= |Datum=2017 |Seiten=33 |ISSN=1758-2946 |DOI=10.1186/s13321-017-0220-4 |PMID=29086040}}</ref> |
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Das CDK ist in [[Java (Programmiersprache)|Java]] geschrieben. Es bietet Funktionalitäten um eigene Chemie-Software zu schreiben.<ref>{{Literatur |Autor=Edgar Luttmann |Titel=Chemiesoftware selber schreiben leicht gemacht |Sammelwerk=Nachrichten aus der Chemie |Band=51 |Nummer=1 |Verlag=Wiley-VCH |Ort=Weinheim |Jahr=2003 |Seiten=40–42 |DOI=10.1002/nadc.20030510117}}</ref> Damit können chemische Formeln eingegeben werden, [[molekulare Modellierung]] (2-D- und 3-D-[[Rendern]]) durchgeführt und [[quantitative Struktur-Wirkungs-Beziehung]]en dargestellt werden.<ref>{{Literatur |Autor=M. Guangli, C. Yiyu|Titel={{lang|en|Predicting Caco-2 permeability using support vector machine and chemistry development kit}} |Sammelwerk={{lang|en|Journal of pharmacy & pharmaceutical sciences}} |Band=9 |Nummer=2 |Verlag=The Society |Ort=Edmonton |Jahr=2006 |Seiten=210 |PMC=16959190}}</ref> Die [[Auszeichnungssprache]] [[Chemical Markup Language]], MDL [[Molfile]] sowie die [[Simplified Molecular Input Line Entry Specification]] und [[International Chemical Identifier]]s werden unterstützt.<ref>{{Literatur |Autor=O. Spjuth, A. Berg, S. Adams, Egon L. Willighagen |Titel={{lang|en|Applications of the InChI in cheminformatics with the CDK and Bioclipse}} |Sammelwerk={{lang|en|Journal of cheminformatics}} |Band=5 |Nummer=1 |Verlag=Chemistry Central Ltd. |Ort=London |Jahr=2013 |Seiten=5–14 |PMC=23497723}}</ref> Mit dem CDK können Algorithmen für chemische [[Graphentheorie]] geschrieben werden. |
Das CDK ist in [[Java (Programmiersprache)|Java]] geschrieben. Es bietet Funktionalitäten um eigene Chemie-Software zu schreiben.<ref>{{Literatur |Autor=Edgar Luttmann |Titel=Chemiesoftware selber schreiben leicht gemacht |Sammelwerk=Nachrichten aus der Chemie |Band=51 |Nummer=1 |Verlag=Wiley-VCH |Ort=Weinheim |Jahr=2003 |Seiten=40–42 |DOI=10.1002/nadc.20030510117}}</ref> Damit können chemische Formeln eingegeben werden, [[molekulare Modellierung]] (2-D- und 3-D-[[Rendern]]) durchgeführt und [[quantitative Struktur-Wirkungs-Beziehung]]en dargestellt werden.<ref>{{Literatur |Autor=M. Guangli, C. Yiyu|Titel={{lang|en|Predicting Caco-2 permeability using support vector machine and chemistry development kit}} |Sammelwerk={{lang|en|Journal of pharmacy & pharmaceutical sciences}} |Band=9 |Nummer=2 |Verlag=The Society |Ort=Edmonton |Jahr=2006 |Seiten=210 |PMC=16959190}}</ref> Die [[Auszeichnungssprache]] [[Chemical Markup Language]], MDL [[Molfile]] sowie die [[Simplified Molecular Input Line Entry Specification]] und [[International Chemical Identifier]]s werden unterstützt.<ref>{{Literatur |Autor=O. Spjuth, A. Berg, S. Adams, Egon L. Willighagen |Titel={{lang|en|Applications of the InChI in cheminformatics with the CDK and Bioclipse}} |Sammelwerk={{lang|en|Journal of cheminformatics}} |Band=5 |Nummer=1 |Verlag=Chemistry Central Ltd. |Ort=London |Jahr=2013 |Seiten=5–14 |PMC=23497723}}</ref> Mit dem CDK können Algorithmen für chemische [[Graphentheorie]] geschrieben werden. |
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==Siehe auch== |
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*[[Blue Obelisk]] |
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== Weblinks == |
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* [https://cdk.github.io/ Offizielle Website] |
* [https://cdk.github.io/ Offizielle Website] |
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Version vom 2. März 2023, 12:35 Uhr
Chemistry Development Kit
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Basisdaten
| |
Entwickler | Christoph Steinbeck, Egon Willighagen, Dan Gezelter |
Aktuelle Version | 2.9[1] (21. August 2023) |
Betriebssystem | Plattformunabhängig |
Programmiersprache | Java[2] |
Kategorie | Chemoinformatik |
Lizenz | GNU LGPL |
deutschsprachig | nein |
cdk.github.io |
Das Chemistry Development Kit (CDK) ist eine freie Open-Source-Software-Bibliothek für Bio- und Chemoinformatik. Sie wurde erstmals am 11. Mai 2001 von Christoph Steinbeck, Egon Willighagen und Dan Gezelter vorgestellt. Das Projekt steht unter der Schirmherrschaft von Blue Obelisk.[3]
Das CDK ist in Java geschrieben. Es bietet Funktionalitäten um eigene Chemie-Software zu schreiben.[4] Damit können chemische Formeln eingegeben werden, molekulare Modellierung (2-D- und 3-D-Rendern) durchgeführt und quantitative Struktur-Wirkungs-Beziehungen dargestellt werden.[5] Die Auszeichnungssprache Chemical Markup Language, MDL Molfile sowie die Simplified Molecular Input Line Entry Specification und International Chemical Identifiers werden unterstützt.[6] Mit dem CDK können Algorithmen für chemische Graphentheorie geschrieben werden.
Die Bibliothek kann in Microsoft Excel (LICSS)[7], die statistische Programmiersprache R[8], die Statistik-Software KNIME[9], Apache Taverna[10] und Bioclipse eingebunden werden. Innerhalb von OpenChrom wird sie zur Darstellung von identifizierten Substanzen verwendet.[11]
Literatur
- Christoph Steinbeck u. a.: The Chemistry Development Kit (CDK). an open-source Java library for Chemo- and Bioinformatics. In: Journal of chemical information and computer sciences. Band 43, Nr. 2. American Chemical Society, Washington D.C. 2003, S. 493–500, PMC 12653513 (freier Volltext).
Weblinks
Einzelnachweise
- ↑ Release 2.9. 21. August 2023 (abgerufen am 18. September 2023).
- ↑ In: Recent Developments of the Chemistry Development Kit (CDK) - An Open-Source Java Library for Chemo- and Bioinformatics.
- ↑ Egon L. Willighagen, John W. Mayfield, Jonathan Alvarsson, Arvid Berg, Lars Carlsson, Nina Jeliazkova, Stefan Kuhn, Tomáš Pluskal, Miquel Rojas-Chertó, Ola Spjuth, Gilleain Torrance, Chris T. Evelo, Rajarshi Guha, Christoph Steinbeck: The Chemistry Development Kit (CDK) v2.0: atom typing, depiction, molecular formulas, and substructure searching. In: Journal of Cheminformatics. Band 9, Nr. 1, 2017, ISSN 1758-2946, S. 33, doi:10.1186/s13321-017-0220-4, PMID 29086040.
- ↑ Edgar Luttmann: Chemiesoftware selber schreiben leicht gemacht. In: Nachrichten aus der Chemie. Band 51, Nr. 1. Wiley-VCH, Weinheim 2003, S. 40–42, doi:10.1002/nadc.20030510117.
- ↑ M. Guangli, C. Yiyu: Predicting Caco-2 permeability using support vector machine and chemistry development kit. In: Journal of pharmacy & pharmaceutical sciences. Band 9, Nr. 2. The Society, Edmonton 2006, S. 210, PMC 16959190 (freier Volltext).
- ↑ O. Spjuth, A. Berg, S. Adams, Egon L. Willighagen: Applications of the InChI in cheminformatics with the CDK and Bioclipse. In: Journal of cheminformatics. Band 5, Nr. 1. Chemistry Central Ltd., London 2013, S. 5–14, PMC 23497723 (freier Volltext).
- ↑ Kevin R. Lawson, Jonty Lawson: LICSS - a chemical spreadsheet in microsoft excel. In: Journal of cheminformatics. Band 4, Nr. 1. Chemistry Central Ltd., London 2012, S. 3, PMC 3310842 (freier Volltext).
- ↑ Rajarshi Guha: Chemical informatics functionality in R. In: Journal of Statistical Software. Band 18, Nr. 5, 2007, S. 1–16 (online).
- ↑ Stephan Beisken u. a.: KNIME-CDK. Workflow-driven cheminformatics. In: BMC Bioinformatics. Band 14, Nr. 1. BioMed Central, London 2013, S. 257, PMC 3765822 (freier Volltext).
- ↑ Thomas Kuhn, Egon L Willighagen, Achim Zielesny, Christoph Steinbeck: CDK-Taverna. an open workflow environment for cheminformatics. In: BMC Bioinformatics. Band 11, Nr. 1. BioMed Central, London 2010, S. 159, PMC 2862046 (freier Volltext).
- ↑ OpenChrom CDK plugin. In: GitHub. Lablicate, abgerufen am 19. März 2021 (englisch).