„Avogadro (Moleküleditor)“ – Versionsunterschied

aus Wikipedia, der freien Enzyklopädie
Zur Navigation springen Zur Suche springen
Versionsgeschichte interaktiv durchsuchen
[gesichtete Version][gesichtete Version]
← Zum vorherigen VersionsunterschiedZum nächsten Versionsunterschied →
Inhalt gelöscht Inhalt hinzugefügt
VisuellWikitext
Interwiki
wikifiziert
Zeile 1: Zeile 1:
{{Infobox Software
{{Infobox Software
|Name = Avogadro
|Name = Avogadro
|Logo = [[Datei:Avogadro.png|100px]]
|Logo = <!-- Wikidata -->
|Screenshot =
|Screenshot =
|Beschreibung =
|Beschreibung =
|Maintainer =
|Maintainer =
|Hersteller =
|Hersteller =
|Erscheinungsjahr = 2008
|Erscheinungsjahr = <!-- Wikidata -->
|AktuelleVersion = Avogadro 1.2
|AktuelleVersion = <!-- Wikidata -->
|Betriebssystem = <!-- Wikidata -->
|AktuelleVersionFreigabeDatum = 2. Dezember 2016<ref>{{cite web |url= https://avogadro.cc/news/avogadro-1-2-0-released/ |title= Avogadro 1.2 Released |date=2016-06-15 |access-date= 8. November 2020}}</ref>
⚫
|Programmiersprache = [[C++]]
|AktuelleVorabVersion = Avogadro 2 1.90.0<ref>{{cite web |url= https://avogadro.cc/news/avogadro-1-90-released/ |title= Avogadro 1.90.0 Released |last= Hanwell |first= Marcus D. |date=2016-12-02 |access-date= 16. Mai 2017}}</ref>
|AktuelleVorabVersionFreigabeDatum = 2. Dezember 2016
|Betriebssystem = [[Linux]], [[Microsoft Windows]], [[Mac OS X]]
⚫
|Programmiersprache = [[C++]] ([[Qt (Bibliothek)|Qt]])
|Kategorie = [[Molekulardesign]]
|Kategorie = [[Molekulardesign]]
|Lizenz = [[Public domain]], [[GNU General Public License|GPL]] v2
|Lizenz = [[GNU General Public License|GPL v2]] und weitere
|Deutsch =
|Deutsch = ja
|Website = [http://avogadro.cc Homepage]
|Website = [https://avogadro.cc avogadro.cc]
|Dateien =
|Dateien =
}}
}}
'''Avogadro''' ist ein Programm zum Editieren und Visualisieren von [[Molekül|Molekülen]]. Es ist [[Plattformunabhängigkeit|plattformunabhängig]] für die Anwendung in der Computerchemie, der [[molekulare Modellierung|molekularen Modellierung]], der [[Bioinformatik]], den [[Materialwissenschaft und Werkstofftechnik|Materialwissenschaften]] und verwandten Gebieten entwickelt worden.<ref>{{Literatur |Autor=Marcus D Hanwell, Donald E Curtis, David C Lonie, Tim Vandermeersch, Eva Zurek |Titel=Avogadro: an advanced semantic chemical editor, visualization, and analysis platform |Hrsg= |Sammelwerk=Journal of Cheminformatics |Band=4 |Nummer=1 |Datum=2012-12 |ISBN= |ISSN=1758-2946 |DOI=10.1186/1758-2946-4-17 |PMC=3542060 |PMID=22889332 |Seiten=17 |Online=https://jcheminf.biomedcentral.com/articles/10.1186/1758-2946-4-17}}</ref><ref>{{Literatur |Autor=Raúl Mera-Adasme, Fernando Mendizábal, Claudio Olea-Azar, Sebastián Miranda-Rojas, Patricio Fuentealba |Titel=A Computationally Efficient and Reliable Bond Order Measure |Sammelwerk=The Journal of Physical Chemistry A |Band=115 |Nummer=17 |Datum=2011-05-05 |ISSN=1089-5639 |DOI=10.1021/jp107498h |Seiten=4397–4405 |Online=https://pubs.acs.org/doi/10.1021/jp107498h}}</ref><ref>{{Literatur |Autor=Michael Salciccioli, Weiting Yu, Mark A. Barteau, Jingguang G. Chen, Dionisios G. Vlachos |Titel=Differentiation of O–H and C–H Bond Scission Mechanisms of Ethylene Glycol on Pt and Ni/Pt Using Theory and Isotopic Labeling Experiments |Sammelwerk=Journal of the American Chemical Society |Band=133 |Nummer=20 |Datum=2011-05-25 |ISSN=0002-7863 |DOI=10.1021/ja201801t |Seiten=7996–8004 |Online=https://pubs.acs.org/doi/10.1021/ja201801t}}</ref><ref>Open Babel documentation Author: Geoffrey R Hutchison; Noel M O'Boyle; [[Blue Obelisk|Blue Obelisk (organization)]] </ref> Durch eine [[Plug-in]]-Architektur lässt es sich erweitern.<ref>{{Internetquelle |url=https://avogadro.cc/ |titel=Avogadro - Free cross-platform molecular editor |abruf=2020-11-08 |sprache=en}}</ref>
'''Avogadro''' ist ein Programm zum Editieren und Visualisieren von [[Molekül|Molekülen]]. Es ist [[Plattformunabhängigkeit|plattformunabhängig]] für die Anwendung in der Computerchemie, der [[molekulare Modellierung|molekularen Modellierung]], der [[Bioinformatik]], den [[Materialwissenschaft und Werkstofftechnik|Materialwissenschaften]] und verwandten Gebieten entwickelt worden. Durch eine [[Plug-in]]-Architektur lässt es sich erweitern. Der [[Quelltext]] untersteht der [[GNU General Public License]] (GPL) Version 2 und weiteren freien Lizenzen.


== Features ==
== Funktionen ==
Standardmäßig wird die [[Chemical Markup Language]] als Dateiformat verwendet. Unter Verwendung von [[OpenBabel]] sind zahlreiche weitere Formate möglich. Avogadro ist sowohl eine grafische Oberfläche mit Hilfe der [[Qt (Bibliothek)|Qt-Bibliothek]] als auch eine [[Programmierschnittstelle]]. Erweiterungen inklusive des Renderings, interaktiven Werkzeugen, Befehlen können in Form von [[Python (Programmiersprache)|Python]]-Skripten oder C++ implementiert werden. Es integriert Unterstützung für [[PubChem]] und die [[Protein Data Bank]]. In späteren Versionen wurde Unterstützung für [[Kristallstruktur]]en hinzugefügt.<ref>{{Literatur |Autor=Marcus D Hanwell, Donald E Curtis, David C Lonie, Tim Vandermeersch, Eva Zurek |Titel=Avogadro: an advanced semantic chemical editor, visualization, and analysis platform |Hrsg= |Sammelwerk=Journal of Cheminformatics |Band=4 |Nummer=1 |Datum=2012-12 |ISBN= |ISSN=1758-2946 |DOI=10.1186/1758-2946-4-17 |PMC=3542060 |PMID=22889332 |Seiten=17 }}</ref>
[[File:Loratadine-3d-vdW.png|thumb|250px|[[Kalottenmodell]] von [[Loratadin]], dargestellt durch Avogadro]]
* Molekülbaueditior für [[Microsoft Windows|Windows]], [[Linux]], [[Unix]], and [[macOS]].
* Der gesamte [[Quelltext]] ist unter der [[GNU General Public License]] (GPL) Version 2 lizenziert.
* Folgende Sprachen werden unterstützt: [[Chinesische Sprachen|chinesisch]], [[Deutsche Sprache|deutsch]], [[Englische Sprache|englisch]], [[Französische Sprache|französisch]], [[Italienische Sprache|italienisch]], [[Russische Sprache|russisch]], [[Spanische Sprache|spanisch]] und [[Polnische Sprache|polnisch]].
* Unterstützt [[Thread (Informatik)|multithread]] [[Bildsynthese|Rendering]] und Rechnung.
* Plug-in-Architektur für Entwickler, inklusive des Renderings, interaktiven Werkzeugen, Befehlen und [[Python (Programmiersprache)|Python]]-Skripten.
* [[OpenBabel]] Import von Dateien, Generation von Input-Dateien für verschiedene Computerchemieprogramme, [[Kristallstrukturanalyse|Kristallstrukturen]] und Biomolekülen


Die Bibliothek von Avogadro ist in [[Kalzium (KDE)|Kalzium]] integriert. Das Projekt steht unter der Schirmherrschaft von [[Blue Obelisk]].<ref>{{Literatur |Autor=Noel M. O'Boyle, Rajarshi Guha, Egon L. Willighagen, Samuel E. Adams, Jonathan Alvarsson, Jean-Claude Bradley, Igor V. Filippov, Robert M. Hanson, Marcus D. Hanwell, Geoffrey R. Hutchison, Craig A. James, Nina Jeliazkova, Andrew SID Lang, Karol M. Langner, David C. Lonie, Daniel M. Lowe, Jérôme Pansanel, Dmitry Pavlov, Ola Spjuth, Christoph Steinbeck, Adam L. Tenderholt, Kevin J. Theisen, Peter Murray-Rust |Titel=Open Data, Open Source and Open Standards in chemistry: The Blue Obelisk five years on |Sammelwerk=Journal of Cheminformatics |Band=3 |Nummer=1 |Verlag= |Datum=2011 |Seiten=37 |ISSN=1758-2946 |DOI=10.1186/1758-2946-3-37 |PMID=21999342}}</ref>
== Siehe auch ==
* [[Chemcraft]]
* [[Jmol]]
* [[RasMol]]
* [[Ghemical]]


== Weblinks ==
== Weblinks ==
* [http://avogadro.cc/ Homepage]
* {{SourceForge|avogadro}}
* {{GitHub|Avogadro}}


== Einzelnachweise ==
== Einzelnachweise ==

Version vom 2. März 2023, 15:26 Uhr

Avogadro

Basisdaten

Aktuelle Version 1.1.1[1][2]
(6. Dezember 2013)
Betriebssystem Linux, Microsoft Windows, macOS, Unix-ähnliches System
Programmier­sprache C++
Kategorie Molekulardesign
Lizenz GPL v2 und weitere
deutschsprachig ja
avogadro.cc

Avogadro ist ein Programm zum Editieren und Visualisieren von Molekülen. Es ist plattformunabhängig für die Anwendung in der Computerchemie, der molekularen Modellierung, der Bioinformatik, den Materialwissenschaften und verwandten Gebieten entwickelt worden. Durch eine Plug-in-Architektur lässt es sich erweitern. Der Quelltext untersteht der GNU General Public License (GPL) Version 2 und weiteren freien Lizenzen.

Funktionen

Standardmäßig wird die Chemical Markup Language als Dateiformat verwendet. Unter Verwendung von OpenBabel sind zahlreiche weitere Formate möglich. Avogadro ist sowohl eine grafische Oberfläche mit Hilfe der Qt-Bibliothek als auch eine Programmierschnittstelle. Erweiterungen inklusive des Renderings, interaktiven Werkzeugen, Befehlen können in Form von Python-Skripten oder C++ implementiert werden. Es integriert Unterstützung für PubChem und die Protein Data Bank. In späteren Versionen wurde Unterstützung für Kristallstrukturen hinzugefügt.[3]

Die Bibliothek von Avogadro ist in Kalzium integriert. Das Projekt steht unter der Schirmherrschaft von Blue Obelisk.[4]

Weblinks

Einzelnachweise

  1. ↑ sourceforge.net.
  2. ↑ Release 1.1.1. 26. Mai 2016 (abgerufen am 11. März 2018).
  3. ↑ Marcus D Hanwell, Donald E Curtis, David C Lonie, Tim Vandermeersch, Eva Zurek: Avogadro: an advanced semantic chemical editor, visualization, and analysis platform. In: Journal of Cheminformatics. Band 4, Nr. 1, Dezember 2012, ISSN 1758-2946, S. 17, doi:10.1186/1758-2946-4-17, PMID 22889332, PMC 3542060 (freier Volltext).
  4. ↑ Noel M. O'Boyle, Rajarshi Guha, Egon L. Willighagen, Samuel E. Adams, Jonathan Alvarsson, Jean-Claude Bradley, Igor V. Filippov, Robert M. Hanson, Marcus D. Hanwell, Geoffrey R. Hutchison, Craig A. James, Nina Jeliazkova, Andrew SID Lang, Karol M. Langner, David C. Lonie, Daniel M. Lowe, Jérôme Pansanel, Dmitry Pavlov, Ola Spjuth, Christoph Steinbeck, Adam L. Tenderholt, Kevin J. Theisen, Peter Murray-Rust: Open Data, Open Source and Open Standards in chemistry: The Blue Obelisk five years on. In: Journal of Cheminformatics. Band 3, Nr. 1, 2011, ISSN 1758-2946, S. 37, doi:10.1186/1758-2946-3-37, PMID 21999342.
Abgerufen von „https://de.wikipedia.org/w/index.php?title=Avogadro_(Moleküleditor)&oldid=231414162“