Die Liga Futebol Amadora Segunda Divisão 2016 war die erste Spielzeit der zweithöchsten osttimorischenFußballliga. Meister wurde Cacusan CF. Des Weiteren ist der FC Zebra mit Caucusan CF Primeira Divisão 2017 aufgestiegen. Die Saison begann am 8. März und endete am 28. Juni 2016. Die Mannschaften wurden in zwei Gruppen aufgeteilt. Die beiden besten Teams aus der Gruppe A in den Play-off-Spielen um den Aufstieg, während der beste der Gruppe B direkt aufsteigt. Der Gewinner der Play-off-Spiele spielte gegen das beste Team der Gruppe B um die Liga-Meisterschaft.
Da bei YMCA FC und Zebra CF neben den Punkten auch die Tore identisch waren, musste ein Entscheidungsspiel her (direkter Vergleich 1:1).
Qualifikation zum Entscheidungsspiel um den Aufstieg und das Meisterschafts-Play-Off und Qualifikation zum Aufstiegs-Play-off um die Primeira Divisão 2017: YMCA FC, Zebra CF
Im Meisterschaftsfinalspiel spielte der Gewinner des Gruppe-A-Play-off-Spiels gegen den besten der Gruppe B. Der Gewinner dieses Spieles ist Segunda Divisão-Meister. Beide standen vorher als Aufsteiger schon fest.