Die Liga Futebol Amadora Segunda Divisão 2016 war die erste Spielzeit der zweithöchsten osttimorischenFußballliga. Meister wurde Cacusan CF. Des Weiteren ist der FC Zebra mit Caucusan CF Primeira Divisão 2017 aufgestiegen. Die Saison begann am 8. März und endete am 28. Juni 2016. Die Mannschaften wurden in zwei Gruppen aufgeteilt. Die beiden besten Teams aus der Gruppe A in den Play-off-Spielen um den Aufstieg, während der beste der Gruppe B direkt aufsteigt. Der Gewinner der Play-off-Spiele spielte gegen das beste Team der Gruppe B um die Liga-Meisterschaft.
Zuerst spielten die beiden besten Teams aus der Gruppe A gegeneinander. Der Gewinner qualifiziert sich für das Meisterschaftsfinale und gewinnt zudem das Play-off-Spiel um die Primeira Divisão 2017.
Im Meisterschaftsfinalspiel spielte der Gewinner des Gruppe-A-Play-off-Spiels gegen den besten der Gruppe B. Der Gewinner dieses Spieles ist Segunda Divisão-Meister. Beide standen vorher als Aufsteiger schon fest.