Erste internationale Erfahrungen sammelte Mako Fukube im Jahr 2012, als sie bei den Juniorenweltmeisterschaften in Barcelona mit 13,92 s im Halbfinale über 100 Meter Hürden ausschied. 2014 siegte sie in 13,98 s bei den Juniorenasienmeisterschaften in Taipeh und belegte dort zudem in 46,42 s den vierten Platz mit der japanischen 4-mal-100-Meter-Staffel. 2022 startete sie dann bei den Weltmeisterschaften in Eugene und schied dort mit neuem Landesrekord von 12,82 s im Halbfinale aus. Im Herbst verbesserte sie den japanischen Rekord auf 12,73 s und 2024 auf 12,69 s. Damit qualifizierte sie sich für die Teilnahme an den Olympischen Sommerspielen in Paris und schied dort mit 12,89 s im Halbfinale aus.
In den Jahren 2022 und 2024 wurde Fukube japanische Meisterin im 100-Meter-Hürdenlauf.