Die Hauptorgel der Nikolaikirche auf der Westempore wurde 1908 von Wilhelm Rühlmann gebaut. Sie hatte ursprünglich 44 Register mit drei Manualen. Der Prospekt ist von Johann Christian Angermann von 1727, das Gehäuse der Pedaltürme wurde zwischen 1737 und 1741 für die Nachfolgerorgel von Joachim Wagner ergänzt. 1929 wurde ein Rückpositiv mit fünf Stimmen durch die Firma W. Sauer hinzugefügt.
Nach einigen Veränderungen wurde 2017 bis 2019 die Orgel wieder in den Zustand von 1908 rekonstruiert.
Das Positiv im Altarbereich wurde um 1657 von Christoph Werner gebaut. Es wurde 2017 bis 2018 durch Karl Schuke Berliner Orgelbauwerkstatt wieder in der ursprünglichen Disposition rekonstruiert. Es hat drei Register (Gedackt 8', Flöte 4', Principal 2') und ist die älteste erhaltene Orgel in Brandenburg. Die Stimmung ist mitteltönig.[2]
Die Orgel in der Liebfrauenkirche wurde 1737 von Joachim Wagner gebaut und ist sein größtes erhaltenes einmanualiges Werk. Sie wurde 1891 durch Gustav Albert Friedrich aus Wittenberg um ein Salicional 8' erweitert und erhielt eine Pedalkoppel. 1938 und 1974 restaurierte Alexander Schuke Orgelbau das Instrument. 2017 restaurierte Karl Schuke Berliner Orgelbauwerkstatt das Instrument grundlegend und führte die Disposition auf den Originalzustand zurück.
Die katholische St.-Hedwigs-Kirche beherbergt ein Instrument von Ernst Röver aus der Erbauungszeit von etwa 1893. Es hat 7 Register mit einem Manual und Pedal.
Von 1533 ist der Bau einer Orgel für die Klosterkirche bekannt. Diese wurde 1618 von Markgraf Christian Wilhelm in die Schlosskirche nach Halle gebracht, wo sie 1637 verbrannte.
Gottfried Wilhelm Baer baute von 1850 bis 1851 ein neues Instrument. Dieses hatte 18 Register auf zwei Manualen und Pedal. 1996 restaurierte und rekonstruierte die Firma Mitteldeutscher Orgelbau A. Voigt die Orgel und ergänzte das Pedalregister Posaune 16′.
