OxDNA
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oxDNA ist ein Framework zur Modellierung von Molekulardynamik-Simulationen. Es wurde von einer Forschungsgruppe der Oxford University erstellt[1]. Anders als bei All-Atom-Modellen verfolgen die Entwickler eine coarse-grained Strategie bei oxDNA.
| OxDNA | |
|---|---|
| Basisdaten
| |
| Hauptentwickler | Oxford University |
| Entwickler | Oxford University |
| Betriebssystem | macOS, Linux, Windows |
| Programmiersprache | C++ |
| Kategorie | Molekulardynamik-Simulation |
| https://dna.physics.ox.ac.uk/index.php/Main_Page | |
Benutzung
[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]Eine Simulation kann nach Installation des oxDNA packages über den Befehl path/to/oxDNAexecutable input_file gestartet werden. Alle relevanten Informationen zur Simulation können im input_file spezifiziert werden. Jede Simulation benötigt jedoch stets ein Topologie File und ein Configuration File, dessen Pfade oxDNA aus dem input_file liest.[1] Weitere Informationen finden sich auf der Dokumentationsseite[2] des Herstellers.
Tools zur Analyse & Integration
[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]- oxDNA-analysis-tools[3] – verschiedene Analysemethoden für oxDNA Simulationen
- tacoxdna[4] – Datenkonvertierung zu oxDNA-Inputformat (.top & .oxdna)
- oxDNA-viewer[5] – Visualisierung
- oxDNA-handy-scripts[6] – sequenzspezifische Benutzung von tacoxdna
Anwendungsbereiche
[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]- cadnano[7] – Erstellung von DNA-origami Strukturen, welche nach Umwandlung durch tacoxdna simuliert werden können
- Molekulardynamik-Simulationen
- Monte Carlo Simulation
Einzelnachweise
[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]- ↑ a b OxDNA. Abgerufen am 28. Januar 2021 (englisch).
- ↑ Documentation - OxDNA. Abgerufen am 28. Januar 2021.
- ↑ Petr Šulc's lab: sulcgroup/oxdna_analysis_tools. 22. Januar 2021, abgerufen am 28. Januar 2021.
- ↑ Lorenzo Rovigatti: lorenzo-rovigatti/tacoxDNA. 15. Januar 2021, abgerufen am 28. Januar 2021.
- ↑ Petr Šulc's lab: sulcgroup/oxdna-viewer. 22. Januar 2021, abgerufen am 28. Januar 2021.
- ↑ Shubham Mishra: Mishrito/oxDNA-handy-scripts. 22. Dezember 2020, abgerufen am 28. Januar 2021.
- ↑ Cadnano. Abgerufen am 28. Januar 2021 (englisch).