Die 10 Mannschaften spielten jeweils dreimal gegeneinander. Der Erste stieg in die ersten Liga auf, der Zweite konnte über die Relegation aufsteigen. Der Letzte stieg ab.
An der Relegation nahm der Neuntplatzierte der ersten Liga sowie der Zweitplatzierte aus der zweiten Liga teil. Es wäre ein Hin- und Rückspiel ausgetragen worden, jedoch erhielt der Erstligist ND Mura 05 keine Lizenz für die Saison 2013/14. Daher folgte stattdessen der direkte Zwangsabstieg, wodurch die Relegationsspiele gegen den Zweitligisten NK Roltek Dob obsolet wurden und dieser direkt aufstieg.
