Die 1955 von der Orgelbaufirma Krell in neobarockem Stil errichtete große Orgel auf der Empore war seit 2005 nicht mehr bespielbar und wurde 2012 abgebaut. In Gottesdiensten und Konzerten erklang von 2006 bis 2012 eine kleine romantische Chororgel aus dem Jahr 1890 der Firma Matthäus Mauracher, die ursprünglich in Klöch in der Steiermark stand.[1]
Von 2016 bis 2019 baute Thomas B. Gaida ein neues Instrument unter Verwendung der beiden Vorgängerorgeln und weiterer gebrauchter Register (Open Wood 16' aus englischem Bestand und eine Quintadena 8' aus der Werkstatt Steinmeier der 20er Jahre des 20. Jahrhunderts). Die Orgelanlage verfügt über zwei identische viermanualige Spieltische. Alle Werke können den Manualen frei zugeordnet und in drei Oktavlagen (Suboktave und Superoktave) gespielt werden. Zur Hauptorgel mit Kegelladen treten Auxiliarwerke und eine Chororgel mit elektrischen Schleifladen hinzu. Eine Besonderheit stellt der Sostenuto-Effekt dar.
Die Gaida-Orgel verfügt über 35 Ladenregister und 18 Auxiliarreihen, die in mehreren Auszügen genutzt werden können (in den Manualen entweder in 8'/4'-Lage oder 16'/8'/4'-Lage und in den Pedalen je nach Ausbau von 32'-Lage bis zur 2'-Lage. Nur über Auxiliarsetzer sind in den Manualen Aliquotenauxiliare anspielbar wie Weitquinte und Terz von tiefster bis höchster Lage und Schaltungen wie Cornett VI). Nach amerikanischer Zählweise ergeben sich somit 162 Ranks inklusive Schaltungen. In der folgenden Tabelle sind Ladenregister mit Ordnungszahlen, Auxiliare mit vorangehendem A und Schaltungen mit S gekennzeichnet.
Johann Hermann Biermann, um 1720 Organist zu Riechenberg und um 1738 Organist zu Hildesheim, gab, angeregt durch die Organographia von Michael Praetorius,
1738 eine Sammlung von zwanzig Dispositionen bedeutender Orgeln der Stadt heraus. Diese Orgelkunde für Hildesheim widmet sich den sehr berühmten Orgeln, vor allem in den Kirchen der sogenannten Landklöster im Bistum Hildesheim und der näheren Umgebung. Biermann liefert einen eindrucksvollen Überblick über jene Werke, „die kunstfertig ausgeführt, wegen reicheren Ausbaus sehenswert und des Ansehens, der Betrachtung und der Kenntnisnahme ungemein würdig sind“. Bereits 1930 wurde von dem Hildesheimer Orgelbauer Ernst Palandt die Arbeit von Biermann mit einem Nachtrag neu herausgegeben, so dass dieses nahezu unbekannte Werk in weiten Kreisen bekannt wurde. Die nun vorliegende Neuausgabe von Uwe Pape umfasst neben dem Nachdruck des Originals eine Übersetzung der lateinischen Praefatio, eine ausführliche, aktualisierte Bestandsaufnahme der von Biermann vorgestellten Orgeln Hildesheims und dem Umland sowie einen Kommentar zu diesen. Ergänzt wird die Edition durch zahlreiche, größtenteils farbige Abbildungen der Orgeln.
Hans-Peter Hübner: Evangelische Hauptkirchen. In: Religion in Geschichte und Gegenwart (RGG). 4. Auflage. Band 3, Mohr-Siebeck, Tübingen 2000, Sp. 1473–1474.