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Davor (oldid=193883473)
[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]Bis 2002 wurden fünf Ordnungen mit Methanbildnern (Methanobacteriales, Methanococcales, Methanopyrales Methanomicrobiales und Methanosarcinales) anerkannt. 2008 kam die sechste Ordnung Methanocellales hinzu. Eine siebte Ordnung mit Methanbildnern, Methanomassiliicoccales, wurde 2013 beschrieben.[A 1][1] Diese Ordnung gehört, wie die zuvor genannten sechs Ordnungen,[2] zur Abteilung der Euryarchaeota.[1]
Im August 2014 wurden in der LPSN Methanbildner in den Klassen Methanobacteria, Methanococci, Methanopyri und „Methanomicrobia“[A 2] geführt, zu denen insgesamt sechs Ordnungen gehörten.[3]
- Methanobacteria; Boone 2002
- Methanobacteriales; Balch & Wolfe 1981
- Methanococci; Boone 2002 oder Methanothermea Cavalier-Smith 2002
- Methanococcales; Balch & Wolfe 1981
- Methanopyri; Garrity & Holt 2002
- Methanopyrales; Huber & Stetter 2002
- „Methanomicrobia“[A 2]
- Methanomicrobiales; Balch & Wolfe 1981
- Methanosarcinales; Boone et al. 2002
- Methanocellales; Sakai et al. 2008
Die siebente Ordnung (Methanomassiliicoccales; Iino et al. 2013)[4] wurde bei ihrer Beschreibung in die Klasse Thermoplasmata gestellt.[1] Damit waren die Methanomassiliicoccales die erste Ordnung mit Methanogenen, die in eine Klasse gestellt wurde, die zuvor keine Methanogenen beinhaltete.[1] Die LPSN folgte dieser Klassifikation nicht.[3]
Jetzt (oldid=194553767)
[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]Bis 2002 wurden fünf Ordnungen mit Methanbildnern (Methanobacteriales, Methanococcales, Methanopyrales Methanomicrobiales und Methanosarcinales) anerkannt. 2008 kam die sechste Ordnung Methanocellales hinzu. Eine siebte Ordnung mit Methanbildnern, Methanomassiliicoccales, wurde 2013 beschrieben.[A 3][5] Diese Ordnung gehört, wie die zuvor genannten sechs Ordnungen,[6] zur Abteilung der Euryarchaeota.[5]
Im Juni 2019 wurden in der LPSN Methanbildner in den Klassen Methanobacteria, Methanococci, Methanopyri, Methanonatronarchaeia und „Methanomicrobia“[A 4] geführt, zu denen insgesamt sieben Ordnungen gehörten.[7]
- Methanobacteria; Boone 2002
- Methanobacteriales; Balch & Wolfe 1981
- Methanococci; Boone 2002 oder Methanothermea Cavalier-Smith 2002
- Methanococcales; Balch & Wolfe 1981
- Methanopyri; Garrity & Holt 2002
- Methanopyrales; Huber & Stetter 2002
- Methanonatronarchaeia; Sorokin et al. 2018
- Methanonatronarchaeales
- „Methanomicrobia“[A 4]
- Methanomicrobiales; Balch & Wolfe 1981
- Methanosarcinales; Boone et al. 2002
- Methanocellales; Sakai et al. 2008
Die achte Ordnung (Methanomassiliicoccales; Iino et al. 2013)[8] wurde bei ihrer Beschreibung in die Klasse Thermoplasmata gestellt.[5] Damit waren die Methanomassiliicoccales die erste Ordnung mit Methanogenen, die in eine Klasse gestellt wurde, die zuvor keine Methanogenen beinhaltete.[5] Die LPSN folgte dieser Klassifikation nicht.[7]
Neue Variante
[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]Bis 2002 wurden fünf Ordnungen mit Methanbildnern (Methanobacteriales, Methanococcales, Methanopyrales Methanomicrobiales und Methanosarcinales) anerkannt. 2008 kam die sechste Ordnung Methanocellales hinzu. Eine siebte Ordnung mit Methanbildnern, Methanomassiliicoccales, wurde 2013 beschrieben.[A 1][1] Diese Ordnung gehört, wie die zuvor genannten sechs Ordnungen,[2] zur Abteilung der Euryarchaeota.[1]
Die siebente Ordnung (Methanomassiliicoccales; Iino et al. 2013)[A 5][5] Diese Ordnung gehört, wie die zuvor genannten sechs Ordnungen,[6] zur Abteilung der Euryarchaeota.[5] wurde bei ihrer Beschreibung in die Klasse Thermoplasmata gestellt.[1] Damit waren die Methanomassiliicoccales die erste Ordnung mit Methanogenen, die in eine Klasse gestellt wurde, die zuvor keine Methanogenen beinhaltete.[1]
Nach der Beschreibung der Methanomassiliicoccales wurden weitere Methanbildner sowohl in der bis dahin einzigen Abteilung Euryarchaeota (z. B. Ordnung Methanonatronarchaeales; et al. 2018) als auch in weiteren Abteilungen der Archaeen (siehe unten) beschrieben.
| In der folgenden Liste sind Klassen und Ordnungen (und gegebenenfalls Familien) innerhalb der Abteilung Euryarchaeota unterschiedlich farblich markiert, je nachdem, ob die entsprechenden Namen auf methanogene Vertreter hinweisen oder nicht.
Die Angaben sind am 21. Mai. 2020 (ohne die farbliche Markierungen) bei der Online-Datenbank LPSN („Liste der prokaryotischen Namen mit ihrem Stand in der Nomenklatur“) abgerufen worden. Namen mit Bezug zu methanogenen Vertretern innerhalb des jeweiligen Taxa wurden hier in hellem Grün unterlegt, Namen ohne einen solchen Bezug in hellem Blau. In Fällen, bei denen die untergeordneten Taxa beides zulassen, sind die Taxa mit einer entsprechenden Mischfarbe, in hellem Türkis unterlegt. In mindestens einem Fall enthält das Taxon sowohl methanogene als auch nicht-methanogene Archaeen (Klasse Thermoplasmata). Es ist zu beachten, dass weder dass Fehlen, noch das Vorhandensein des Wortteils "Methano" dafür garantieren, dass das jeweilige Taxon ausschließlich nicht-methanogene bzw. methanogene Mitglieder aufweist. |
|
Farben
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FFFFFF
0000FF
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FF0000
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DDDDDD
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BBBBBB
0000BB
00BB00
BB0000
FF DD
DDDDFF
DDFFDD
FFDDDD
DD EEEE
DDEEEE
EEDDEE
EEEEDD
FFFF DD
DDFFFF
FFDDFF
FFFFDD
FF EEEE
FFEEEE
EEFFEE
EEEEFF
--
00FFFF grün/ blau = türkis
FF00FF rot/ blau = lila
FFFF00 rot/ brün = gelb
--
FF7f7f hellrot
7fFF7f hellgrün
7f7fFF hellblau
-- --
bfFFFF grün/ blau = türkis
FFbfFF rot/ blau = lila
FFFFbf rot/ brün = gelb
--
FFdfdf hellrot
dfFFdf hellgrün
dfdfFF hellblau
--
color:lightred
color:lightorange
color:lightyellow
color:lightgreen
color:lightblue
Diskussion
[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]Ordnungen, Klassen und Reihenfolge
[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]Wenn bei Bakterien oder Archaeen eine neue Ordnung anerkannt wird, dann kann das ohne Eingliederung in ein höheres Taxon, mit Eingliederung in eine bereits vorhandene Klasse oder durch gleichzeitige Anerkennung in der darüber liegenden Klasse erfolgen. Bei den Methanogenen tritt das alles auf; hinzu kommt, dass einige neue Klassen anerkannt wurden, die nur genau eine Ordnung enthalten. Die jeweilige Ordnung wurde sozusagen zur Klasse „aufgeweitet“.
Da einige Ordnungen quasi das Gleiche sind, wie ihre Klassen, während andere Ordnungen keine oder eine unsichere Zuordnung aufwiesen/ aufweisen, wurden bei früheren Untersuchungen der Methanogenen vorrangig die Ordnungen angegeben. Es wurde üblich, die Ordnungen nach der zeitlichen Reihenfolge ihrer Beschreibung zu nummerieren, so dass die Methanomassiliicoccales beispielsweise als die siebente Ordnung bezeichnet wurden (z. B. Enzmann et al. 2018; PMID 29302756).
Im Wikipedia-Artikel "Methanbildner" wurde im Abschnitt "Taxonomie" eine Liste mit der Zuordnung von Klassen und Ordnungen eingefügt, wobei diese Zuordnung am 8. August 2014 der LPSN entnommen wurde (diff=132898239&oldid=115966241). Die Ordnung Methanomassiliicoccales gehört zur Klasse Thermoplasma und war nicht in dieser Liste vertreten. Die Thermoplasma enthalten sowohl methanogene, als auch nicht-methanogene Archaeen. Im Juli 2019 hatte ich in der LPSN gefunden, dass zwar die »Methanomassiliicoccales Iino et al. 2013« als bestätigte Ordnung angegeben, aber nach wie vor nicht in eine Klasse eingegliedert wurden. Daher beließ ich die Liste im Artikel so, wie sie war, behielt das ursprüngliche Abrufdatum vom 8. August 2014 bei und beschrieb die Verhältnisse zur siebente Ordnung, Methanomassiliicoccales, separat (diff=190325985&oldid=190324664).
Als dann am 1. Dezember 2019 dem Artikel eine weitere Ordnung, Methanonatronarchaeales, hinzu gefügt wurde (diff=194553767&oldid=193883473), war die komplizierte Nummerierung offensichtlich im Weg. Die Ordnung »Methanonatronarchaeale Sorokin et al. 2018« kommt, zeitlich gesehen, nach den »Methanomassiliicoccales Iino et al. 2013«, wäre also mindestens die achte Ordnung.
In der bisherigen Liste mit den Klassen und Ordnungen im Artikel (oldid=194553767, am 1. Dezember 2019), die ausschließlich Taxa der Abteilung Euryarchaeota enthält, die durch methanogene Archaeen dominiert werden, sind die Methanonatronarchaeale aber als die siebente Ordnung (aber an der vierten Stelle) eingeordnet wurden, weil die Methanomassiliicoccales dort (aus den zuvor genannten Gründen) nicht aufgenommen worden waren.
Hinzu kommt, dass auch die verschiedenen Datumsangaben irritieren (Juni 2019 im Text und 8. August 2014 in der Fußnote).
Unter dem Strich wird es nach der Anerkennung der Methanomassiliicoccales im Jahr 2013 unüblich, eine zeitliche Nummerierung anzuwenden, unter anderem deshalb, weil man zusätzlich angeben müsste, ob sich diese Nummerierung nur auf die Abteilung Euryachaeota oder doch auf alle Archaea beziehen soll und ob die vorläufige Benennung, die wissenschaftliche Beschreibung, die Anerkennung durch die IUMS oder die Aufnahme in einen „autorisierten Katalog“ (z. B. Online-Datenbank LPSN) als Maßstab gelten soll.
Daher habe ich folgenden Plan:
Erstens:
- Zeitliche Nummerierung nur bis zur siebenten Ordnung (Methanomassiliicoccales), Anpassung des Textes
- Austausch der bisherigen Klassen- und Ordnungen-Liste durch eine neue Liste, die deutlich komplizierter ist, als vorübergehender Ersatz für die alte Liste
Zweitens:
- Entfernung der komplizierten Liste, die verschiedene Nachteile hat:
- Liste lässt sich schwer Warten/ Aktualisieren, da komplizierte Formatierung
- Liste gibt nur ungefähr die realen Verhältnisse wieder, da Taxonomie und Methanogenese sich nur bedingt überlappen
- Liste könnte erneut zu Verwirrungen führen, da sie suggeriert, dass alle Methanogenen "Methano..." heißen müssten
- Liste enthält nur Euryachaeota und ist trotzdem recht lang
- ...
MfG --~~
Material
[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]Liste, erste "neue" Version
- Methanobacteria; Boone 2002
- Methanobacteriales; Balch & Wolfe 1981
- Methanococci; Boone 2002 oder Methanothermea Cavalier-Smith 2002
- Methanococcales; Balch & Wolfe 1981
- Methanopyri; Garrity & Holt 2002
- Methanopyrales; Huber & Stetter 2002
- „Methanomicrobia“[A 2]
- Methanomicrobiales; Balch & Wolfe 1981
- Methanosarcinales; Boone et al. 2002
- Methanocellales; Sakai et al. 2008
- Thermoplasmata; Reysenbach 2002
- Methanomassiliicoccales; Iino et al. 2013
- Methanonatronarchaeia; Sorokin et al. 2018
- Methanonatronarchaeales; Sorokin et al. 2018
- ↑ a b Die Ordnung Methanomassiliicoccales wurde von Iino et al. (2013, doi:10.1264/jsme2.ME12189) aufgestellt und innerhalb der Klasse Thermoplasmata verortet. Die Ordnung wurde mit der Typusgattung Methanomassiliicoccus bestätigt (IUMS 2013, doi:10.1099/ijs.0.058222-0). Die Beschreibung der Gattung mit ihrer Typusart Methanomassiliicoccus luminyensis erfolgte 2012 durch Dridi et al. (doi:10.1099/ijs.0.033712-0) und beide wurden bestätigt (IUMS 2012, doi:10.1099/ijs.0.048033-0).
- ↑ a b c Die „Methanomicrobia“ sind eine Klasse, deren Namen (noch) nicht offiziell von der IUMS bestätigt wurde, daher wird der Name gelegentlich in Anführungszeichen gesetzt, z. B. von der LPSN, Class "Methanomicrobia", Abruf 2019-07 ([1]).
- ↑ Die Ordnung Methanomassiliicoccales wurde von Iino et al. (2013, doi:10.1264/jsme2.ME12189) aufgestellt und innerhalb der Klasse Thermoplasmata verortet. Die Ordnung wurde mit der Typusgattung Methanomassiliicoccus bestätigt (IUMS 2013, doi:10.1099/ijs.0.058222-0). Die Beschreibung der Gattung mit ihrer Typusart Methanomassiliicoccus luminyensis erfolgte 2012 durch Dridi et al. (doi:10.1099/ijs.0.033712-0) und beide wurden bestätigt (IUMS 2012, doi:10.1099/ijs.0.048033-0).
- ↑ a b Die „Methanomicrobia“ sind eine Klasse, deren Namen (noch) nicht offiziell von der IUMS bestätigt wurde, daher wird der Name gelegentlich in Anführungszeichen gesetzt, z. B. von der LPSN, Class "Methanomicrobia", Abruf 2019-07 ([2]).
- ↑ Die Ordnung Methanomassiliicoccales wurde von Iino et al. (2013, doi:10.1264/jsme2.ME12189) aufgestellt und innerhalb der Klasse Thermoplasmata verortet. Die Ordnung wurde mit der Typusgattung Methanomassiliicoccus bestätigt (IUMS 2013, doi:10.1099/ijs.0.058222-0). Die Beschreibung der Gattung mit ihrer Typusart Methanomassiliicoccus luminyensis erfolgte 2012 durch Dridi et al. (doi:10.1099/ijs.0.033712-0) und beide wurden bestätigt (IUMS 2012, doi:10.1099/ijs.0.048033-0).
- ↑ a b c d e f g h Takao Iino, Hideyuki Tamaki, Satoshi Tamazawa, Yoshiyuki Ueno, Moriya Ohkuma: Candidatus Methanogranum caenicola: a Novel Methanogen from the Anaerobic Digested Sludge, and Proposal of Methanomassiliicoccaceae fam. nov. and Methanomassiliicoccales ord. nov., for a Methanogenic Lineage of the Class Thermoplasmata. In: Microbes and Environments. Band 28, Nr. 2, 2013, ISSN 1342-6311, S. 244–250, doi:10.1264/jsme2.ME12189, PMID 23524372, PMC 4070666 (freier Volltext).
- ↑ a b Michael T. Madigan, John M. Martinko: Brock – Mikrobiologie, 11. überarbeitete Auflage, Pearson Studium, München 2006, ISBN 3-8273-7187-2 – Übersetzung von Brock – Biology of microorganisms 11. ed. ins Deutsche
- ↑ a b Jean Euzéby, Aidan C. Parte: Phylum Euryarchaeota. In: List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN). Abgerufen am 8. August 2014.
- ↑ IUMS, Validation List no. 154 (A. Oren, G. M. Garrity): List of new names and new combinations previously effectively, but not validly, published. In: International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. Band 63, Pt 11, 1. November 2013, ISSN 1466-5026, S. 3931–3934, doi:10.1099/ijs.0.058222-0.
- ↑ a b c d e f Takao Iino, Hideyuki Tamaki, Satoshi Tamazawa, Yoshiyuki Ueno, Moriya Ohkuma: Candidatus Methanogranum caenicola: a Novel Methanogen from the Anaerobic Digested Sludge, and Proposal of Methanomassiliicoccaceae fam. nov. and Methanomassiliicoccales ord. nov., for a Methanogenic Lineage of the Class Thermoplasmata. In: Microbes and Environments. Band 28, Nr. 2, 2013, ISSN 1342-6311, S. 244–250, doi:10.1264/jsme2.ME12189, PMID 23524372, PMC 4070666 (freier Volltext). Referenzfehler: Ungültiges
<ref>-Tag. Der Name „Iino“ wurde mehrere Male mit einem unterschiedlichen Inhalt definiert. - ↑ a b Michael T. Madigan, John M. Martinko: Brock – Mikrobiologie, 11. überarbeitete Auflage, Pearson Studium, München 2006, ISBN 3-8273-7187-2 – Übersetzung von Brock – Biology of microorganisms 11. ed. ins Deutsche
- ↑ a b Jean Euzéby, Aidan C. Parte: Phylum Euryarchaeota. In: List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN). Abgerufen am 8. August 2014.
- ↑ IUMS, Validation List no. 154 (A. Oren, G. M. Garrity): List of new names and new combinations previously effectively, but not validly, published. In: International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. Band 63, Pt 11, 1. November 2013, ISSN 1466-5026, S. 3931–3934, doi:10.1099/ijs.0.058222-0.