Nukleotidsequenz

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Ausschnitt aus dem Chromatogramm einer automatischen DNA-Sequenzierung.

Die Nukleotidsequenz ist die Abfolge der Nukleotide einer Nukleinsäure. Sie wird für DNA- oder RNA-Einzelstränge jeweils angegeben durch die Abfolge ihrer Nukleobasen, die Basensequenz.

Bei der Notation werden für die Nukleinbasen der Nukleotide die Anfangsbuchstaben ihrer Bezeichnungen verwendet: für Adenin A, Guanin G, Thymin T, Uracil U und Cytosin C. Bei der Desoxyribonukleinsäure (DNS) kommen die vier Basen Adenin, Guanin, Thymin und Cytosin vor, bei der RNA Adenin, Guanin, Uracil und Cytosin.

Übereinkunftsgemäß wird die Basensequenz vom 5'-Ende zum 3'-Ende des Stranges notiert, in der gleichen Richtung, in der die Polymerase die Nukleinsäure aus Nukleotiden synthetisiert.

Bestimmung[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Die Nukleotidsequenz einer DNA wird durch DNA-Sequenzierung ermittelt. Basensequenzen von DNA werden unter anderem in großen öffentlichen Sequenzdatenbanken wie z. B. GenBank gespeichert.[1]

Statistische Analyse[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Dargestellt als Symbolfolge lassen sich Basensequenzen von DNA oder RNA gut untersuchen. Statistische Untersuchungen können beispielsweise die Häufigkeit sogenannter n-Tupel vergleichen, also das Vorkommen von Teilwörtern der Länge n. So taucht im menschlichen Genom insgesamt die Folge "CG" deutlich seltener auf als andere 2er-Wörter. Die lokalen Häufigkeitsverteilungen verschiedener Nukleotidwörter können auch erste Hinweise auf eventuelle Funktionen bestimmter DNA-Abschnitte geben (CpG-Inseln, Stopcodons, Sequenzenden von Introns).

Siehe auch[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Weblinks[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

 Commons: Nukleotidsequenz – Sammlung von Bildern, Videos und Audiodateien

Einzelnachweise[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

  1. D. A. Benson, K. Clark, I. Karsch-Mizrachi, D. J. Lipman, J. Ostell, E. W. Sayers: GenBank. In: Nucleic acids research. Band 43, Database issueJanuar 2015, S. D30–D35, doi:10.1093/nar/gku1216, PMID 25414350, PMC 4383990 (freier Volltext).