RDML
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| Real-Time PCR Data Markup Language | |
|---|---|
| Dateiendung: | .rdml .rdm
|
| MIME-Type: | application/zip
|
| Entwickelt von: | RDML consortium |
| Aktuelle Version | 1.3 (26. Oktober 2022) |
| rdml.org | |
RDML ist ein XML basiertes Dateiformat in der Molekularbiologie. Es dient dazu Real Time Quantitative PCR Experimente in einem offenen Format abzuspeichern, so dass diese herstellerunabhängig interpretierbar bleiben.[1] Der Standard wurde in die Minimum Information for Publication of Quantitative Real-Time PCR Experiments (MIQE) Richtlien aufgenommen und wird offiziell empfohlen.[2] Nur ein Bruchteil der häufig genutzten Software unterstützt diesen jedoch.[3] Es gibt Anbindungen an Mathematica[4] oder R.[5]
Weblinks
[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]- Projektübersicht bei SourceForge
- RDML auf GitHub
Einzelnachweise
[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]- ↑ Steve Lefever, Jan Hellemans, Filip Pattyn, Daniel R. Przybylski, Chris Taylor, René Geurts, Andreas Untergasser, Jo Vandesompele: RDML: structured language and reporting guidelines for real-time quantitative PCR data. In: Nucleic Acids Research. Band 37, Nr. 7, 2009, S. 2065–2069, doi:10.1093/nar/gkp056, PMID 19223324, PMC 2673419 (freier Volltext).
- ↑ Stephen A. Bustin, Vladimir Benes, Jeremy A. Garson, Jan Hellemans, Jim Huggett, Mikael Kubista, Reinhold Mueller, Tania Nolan, Michael W. Pfaffl, Gregory L. Shipley, Jo Vandesompele, Carl T. Wittwer: The MIQE guidelines: minimum information for publication of quantitative real-time PCR experiments. In: Clinical Chemistry. Band 55, Nr. 4, 2009, S. 611–622, doi:10.1373/clinchem.2008.112797, PMID 19246619.
- ↑ Stephan Pabinger, Stefan Rödiger, Albert Kriegner, Klemens Vierlinger, Andreas Weinhäusel: A survey of tools for the analysis of quantitative PCR (qPCR) data. In: Biomolecular Detection and Quantification. Band 1, Nr. 1, 2014, S. 23–33, doi:10.1016/j.bdq.2014.08.002.
- ↑ Ramiro Magno, Isabel Duarte, Raquel P. Andrade, Isabel Palmeirim: rdml: A Mathematica package for parsing and importing Real-Time qPCR data. In: BMC research notes. Band 10, Nr. 1, 2017, S. 208, doi:10.1186/s13104-017-2533-9, PMID 28606167.
- ↑ Stefan Rödiger, Michał Burdukiewicz, Andrej-Nikolai Spiess, Konstantin Blagodatskikh: Enabling reproducible real-time quantitative PCR research: the RDML package. In: Bioinformatics. Band 33, Nr. 24, 2017, ISSN 1367-4803, S. 4012–4014, doi:10.1093/bioinformatics/btx528.