Syntenie

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Die Syntenie, abgeleitet vom Griechischen σύν (syn – zusammen) und ταινία (tainíā – Band), ist ein Begriff aus der Genomik. Er bedeutet übereinstimmende Abfolgen von Genen oder Gensegmenten auf Chromosomen (-Abschnitten) einer biologischen Art gegenüber anderen Arten.[1]

Zweck und Anwendung[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Syntenie ist ein Maß für die Verwandtschaft zweier oder auch mehrerer Arten. Der Grad der Syntenie ergibt sich aus den übereinstimmenden Basensequenzen der untersuchten Genome. Die gemessene Syntenie ist ein wichtiges Hilfsmittel bei Untersuchungen zur Phylogenese beziehungsweise Evolution von biologischen Arten; sie hilft, eine Art systematisch einzuordnen. Der Nachweis benachbarter DNA-Sequenzen quer über mehrere Spezies belegen als Syntenien Darwins Evolutionstheorie.

Das Internet-Programm „SimpleSynteny“ erlaubt, genomische Nachbarn unter mehreren Arten festzustellen.[2] Speziell für die botanische Genetik gibt es einen offenen Pflanzen-Orthologie-Browser (POB).[3] Ähnliche Synthenie-Werkzeuge für zwei [4] oder für drei beliebige Arten [5] stehen ebenfalls frei zur Verfügung.[4]

Eine Zeitschrift des Ingenieursverbandes für Elektro- und Informationstechnik (IEEE) stellt ein interaktives Unterrichtsmittel vor, um Genom-Evolution zu simulieren.[5]

Sprachgeschichte[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Die englische Bezeichnung „synteny“ führte John H. Renwick von der London School of Hygiene and Tropical Medicine auf dem vierten Internationalen Kongress für Humangenetik 1971 in Paris ein.[6][7] Ursprünglich besagte der Begriff in der Genetik, dass syntene Genorte auf demselben Chromosom liegen.

Literatur[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

  • Synteny: The comparative Analysis of Genomes. In: Kurt Weising: DNA Fingerprinting in Plants: Principles, Methods, and Applications. Zweite Ausgabe. CRC Press, Hoboken 2005, ISBN 0-8493-1488-7, S. 287/288
  • Gene Order. In: N. M. van Straalen, Dick Roelofs: An Introduction to ecological Genomics. Oxford University Press, Oxford 2006, ISBN 0-19-856671-9, S. 68–70.

Einzelnachweise[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

  1. Nils Stein: Synteny (Syntenic Genes). In: Stanley Maloy, Kelly Hughes (eds): Brenner's Encyclopedia of Genetics (2nd ed). Elsevier, Amsterdam, München 2013, S. 623–626. ISBN 978-0-08-096156-9
  2. Daniel Veltri, Martha Malapi Wight, Jo Anne Crouch: SimpleSynteny: A web-based tool for visualization of microsynteny across multiple species. In: Nucleic Acids Res 44, 2016: (W1): W41-W45. doi:10.1093/nar/gkw330 Das Programm ist hier [1] frei erhältlich.
  3. Dan Tulpan, Serge Leger: The Plant Orthology Browser: An orthology and gene-order visualizer for plant comparative genomics. In: Plant Genome 10 (1), 2017: 1–12. [2] PDF. Der Browser ist hier [3] erhältlich.
  4. Asher Haug-Baltzell, Sean A Stephens, Sean Davey, Carlos E Scheidegger, Eric Lyons: SynMap2 and SynMap3D: web-based whole-genome synteny browsers. In: Bioinformatics 2017. doi:10.1093/bioinformatics/btx144
  5. Chris Bryan, Gregory Guterman, Kwan-Liu Ma: Synteny Explorer: An interactive visualization application for teaching genome evolution. In: IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics 23 (1), 2017: 711–720. doi:10.1109/TVCG.2016.2598789
  6. John H Renwick: Assignment and map-positioning of human loci using chromosomal variation. In: Ann Hum Genet 35 (1), 1971: 79–97. doi:10.1111/j.1469-1809.1956.tb01381.x
  7. John H Renwick: The mapping of human chromosomes. In: Annual Review of Genetics 5, 1971: 81–120. doi:10.1146/annurev.ge.05.120171.000501