Bioclipse

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Bioclipse
Basisdaten

Maintainer The Bioclipse Project
Erscheinungsjahr 2005
Aktuelle Version 2.6.2
(4. November 2016)
Betriebssystem Unixoide, mac OS X, Microsoft Windows
Programmiersprache Java
Kategorie Bioinformatik
Lizenz Eclipse Public License
bioclipse.net/

Bioclipse ist eine freie und Open-Source-Software für Bio- und Chemoinformatik. Sie basiert auf der Eclipse Rich Client Platform und wurde am 11. November 2005 veröffentlicht.

Als Eclipse-Plugin werden Einstellungen, Hilfe, Updates und Weiteres von Eclipse übernommen. Seit der ersten Version ist das Chemistry Development Kit enthalten, ein Jmol-Plugin zur 3D-Visualisierung von Molekülen und ein BioJava-Plugin für Sequenzanalyse. Später kamen eine Anbindung an die statistische Programmiersprache R[1] mit StatET und eine Erweiterung um OpenTox[2] hinzu. Weitere Funktionen umfassen Pharmakologie und Pharmaforschung sowie das Semantic Web für Biowissenschaften. Die Bioclipse Scripting Language (BSL) ist eine Scripting-Umgebung, die auf JavaScript und Groovy basiert. Sie wurde 2009 mit Version 2 eingeführt und ermöglicht die Weitergabe von Bioclipse-Analysen.

Bioclipse wird in Kooperation der Proteochemometric Group, Universität Uppsala und des Cheminformatics and Metabolism Teams um Christoph Steinbeck am European Bioinformatics Institute entwickelt und beinhaltet Bestandteile anderer wissenschaftlicher Einrichtungen wie der der Universität Leiden, des Karolinska-Instituts und der Universität Maastricht. Die Entwicklung wird durch die International Bioclipse Association unterstützt.

Literatur[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

  • Ola Spjuth u. a.: Bioclipse: an open source workbench for chemo- and bioinformatics. In: BMC Bioinformatics. Band 8. BioMed Central, 2007, S. 59, doi:10.1186/1471-2105-8-59 (Paper für Version 1).
  • Ola Spjuth u. a.: Bioclipse 2: A scriptable integration platform for the life sciences. In: BMC Bioinformatics. Band 10. BioMed Central, 2009, S. 397, doi:10.1186/1471-2105-10-397 (Paper für Version 2).

Weblinks[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Einzelnachweise[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

  1. Ola Spjuth u. a.: Bioclipse-R: integrating management and visualization of life science data with statistical analysis. In: Bioinformatics. Band 29, Nr. 2. Oxford University Press, Oxford 2013, S. 286–289, PMC 3546796 (freier Volltext).
  2. Egon L. Willighagen u. a.: Computational toxicology using the OpenTox application programming interface and Bioclipse. In: BMC Research Notes. Band 4. BioMed Central, 2011, S. 487, PMC 3264531 (freier Volltext).