Der heutige Verein wurde 2012 nach Suspendierung des alten Klubs als Varaždin ŠN bzw. NK Varaždin Škola Nogometa neu gegründet und nahm knapp drei Jahre später den Namen des mittlerweile aufgelösten Vorgängers an. Im Amateurbereich gestartet, erreichte man 2017 erstmals die 2. HNL und schaffte von dort auch zwei Jahre später den Erstligaaufstieg.