Der Verein wurde 2014 als Ratchaphruek Muangnont United in Pak Kret gegründet. Gespielt wurde im Stadion der Potinimitwittayakom-Schule. Während der Saison wechselten sie nach Thanyaburi in die Provinz Pathum Thani. Hier spielte der Verein im Queen Sirikit 60th Anniversary Stadium. 2015 wechselte der Verein wieder den Standort. Man zog nach Phutthamonthon in die Provinz Nakhon Pathom. Hier spielte man im Stadion des Rattanakosin Salaya-Campus der Rajamangala University of Technology. 2016 wurde der Verein in Rajapruk University Football Club umbenannt. Mit neuem Vereinsnamen zog man um nach Nong Khaem, einen der Bezirke der Hauptstadt Bangkok. In Bangkok spielte man im Thonburi University Stadion. Im Jahr 2017 schloss man sich mit Nakhon Si Heritage FC zusammen und man benannte den Verein in Nakhon Si Thammarat Unity Football Club um. Der Verein zog abermals um. Dieses Mal zog man nach Ron Phibun in die Provinz Nakhon Si Thammarat. Als Heimstadion diente das Nakhon Si Thammarat PAO. Stadion. 2018 ging man mit dem Muangkhon United Football Club zusammen und man nannte sich fortan WU Nakhon Si United Football Club. Mit dem Zusammenschluss zog man nach Tha Sala, wo man im Stadion der Walailak University spielte. Nach Ende des Vertrages mit der Walailak University wurde der Verein 2019 in Nakhon Si United FC umbenannt.
Seit der Gründung des Vereins 2014 spielt der Verein in der dritten Liga. Die Saison 2014 und 2015 in der Regional League Division 2. Hier spielt man in der Central/West-Region. 2016 wechselt die Region und man spielte fortan in der West-Region. Mit Einführung der Ligareform 2017 spielt der Verein in der Thai League 3. Hier tritt man in der Lower-Region an.
Der Verein trägt seine Heimspiele im Nakhon Si Thammarat Provincial Administrative Organization Stadium in Nakhon Si Thammarat aus. Das Stadion hat ein Fassungsvermögen von 10.000 Zuschauern und ist Eigentum der Nakhon Si Thammarat Provincial Administrative.