„Erich Bornberg-Bauer“ – Versionsunterschied

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Bornberg-Bauer wurde nach Studien der Biochemie und Mathematik 1995 am Institut für Theoretische Chemie der [[Universität Wien]] bei [[Peter Schuster]] zum Thema Vergleich der evolutionären Fitnesslandschaften von [[RNA]] und [[Proteinen]] [[Promotion (Doktor)|promoviert]].
Bornberg-Bauer wurde nach Studien der Biochemie und Mathematik 1995 am Institut für Theoretische Chemie der [[Universität Wien]] bei [[Peter Schuster (Chemiker)|Peter Schuster]] zum Thema Vergleich der evolutionären Fitnesslandschaften von [[RNA]] und [[Proteinen]] [[Promotion (Doktor)|promoviert]].
Nach einer kurzen Zeit als Universitätsassistent am Institut für Mathematik der Universität Wien arbeitete er bis 1998 als [[Post-Doktorand]] am [[Deutsches Krebsforschungszentrum|Deutschen Krebsforschungszentrum]] in [[Heidelberg]] an Algorithmen zur Sequenzanalyse bei [[Martin Vingron]] und bis 2000 als Projektleiter am
Nach einer kurzen Zeit als Universitätsassistent am Institut für Mathematik der Universität Wien arbeitete er bis 1998 als [[Post-Doktorand]] am [[Deutsches Krebsforschungszentrum|Deutschen Krebsforschungszentrum]] in [[Heidelberg]] an Algorithmen zur Sequenzanalyse bei [[Martin Vingron]] und bis 2000 als Projektleiter am
EML (heute [[HITS]]) bevor er an die [[University of Manchester]] als ''Senior Lecturer in Bioinformatics'' wechselte.
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Bornberg-Bauer beschäftigte sich mit Aspekte von RNA- und Proteinevolution, vor Allem mit Fragen der [[neutralen Evolution]] sowie der [[Evolvierbarkeit]] und Robustheit gegen Mutationen. Hier entwickelte er mit Hue Sun Chan (Toronto) das Konzept des "Superfunnels" auf [[neutralen Netzen]], welches postuliert wie molekulare Populationen
Bornberg-Bauer beschäftigte sich mit Aspekte von RNA- und Proteinevolution, vor Allem mit Fragen der [[neutralen Evolution]] sowie der [[Evolvierbarkeit]] und Robustheit gegen Mutationen. Hier entwickelte er mit Hue Sun Chan (Toronto) das Konzept des "Superfunnels" auf [[neutralen Netzen]], welches postuliert wie molekulare Populationen
mittels [[Drift]] den [[Sequenzraum]] explorieren um Übergangssequenzen ("Switches") zu neuen Netzwerken zu finden.
mittels [[Drift]] den [[Sequenzraum]] explorieren um Übergangssequenzen ("Switches") zu neuen Netzwerken zu finden.
Er leitete auch die Ausarbeitung des Konzeptes eine "look-ahead effektes" das postuliert, dass phenotypische Mutationen helfen, den [[Sequenzraum]] rascher zu durchwandern und somit die Wahrscheinlichkeit für sonst extrem unwahrscheinliche nützliche Doppelmutationen ([[Epistasis]]) drastisch erhöht Seit 2005 beschäftigt er sich auch mit Fragen der modularen Evolution von Proteinen und seit auch 2010 mit der Frage ob und wie aus nicht-kodierenden DNA Abschnitten völlig neue [["de novo"]] protein-kodierende Gene entstehen können. Viele dieser Ansätze konnten in mehreren Genomanalysen, vor Allem an sozialen Insekten erfolgreich Anwendung finden.
Er leitete auch die Ausarbeitung des Konzeptes eine ''look ahead''-Effektes das postuliert, dass phenotypische Mutationen helfen, den [[Sequenzraum]] rascher zu durchwandern und somit die Wahrscheinlichkeit für sonst extrem unwahrscheinliche nützliche Doppelmutationen ([[Epistasis]]) drastisch erhöht.
Seit 2005 beschäftigt er sich auch mit Fragen der modularen Evolution von Proteinen und seit auch 2010 mit der Frage ob und wie aus nicht-kodierenden DNA Abschnitten völlig neue ''[[de novo]]'' Protein-kodierende Gene entstehen können. Viele dieser Ansätze konnten in mehreren Genomanalysen, vor Allem an sozialen Insekten erfolgreich Anwendung finden.


Seine Arbeiten sind vorwiegend computativ aber seit einiger Zeit auch mit Experimenten zur [[gerichteten Evolution]] von „promisken“ (multifunktionalen) Enzymen und der Analyse von de novo Proteinen gekoppelt.
Seine Arbeiten sind vorwiegend computativ, aber seit einiger Zeit auch mit Experimenten zur [[gerichteten Evolution]] von promisken (multifunktionalen) Enzymen und der Analyse von ''De novo''-Proteinen gekoppelt.


Seine Arbeiten wurden unter anderem von der [[DFG]], [[Volkswagenstiftung]], [[EC]] und 2006, 2013 und 2018 mit
Seine Arbeiten wurden unter anderem von der [[DFG]], [[Volkswagenstiftung]], [[EC]] und 2006, 2013 und 2018 mit Forschungsgeldern der
Forschungsgeldern der [[HFSP]] gefördert.
[[HFSP]] gefördert.


== Veröffentlichungen ==


* N. Terrapon, C. Li, H. M. Robertson, L. Ji, X. Meng, W. Booth, Z. Chen, C. P. Childers, K. M. Glastad, K. Gokhale, J. Gowin, W. Gronenberg, R. A. Hermansen, H. Hu, B. G. Hunt, A. K. Huylmans, S. M. Khalil, R. D. Mitchell, M. C. Munoz-Torres, J. A. Mustard, H. Pan, J. T. Reese, M. E. Scharf, F. Sun, H. Vogel, J. Xiao, W. Yang, Z. Yang, Z. Yang, J. Zhou, J. Zhu, C. S. Brent, C. G. Elsik, M. A. Goodisman, D. A. Liberles, R. M. Roe, E. L. Vargo, A. Vilcinskas, J. Wang, E. Bornberg-Bauer, J. Korb, G. Zhang, J. Liebig: ''Molecular traces of alternative social organization in a termite genome.'' In: ''[[Nature Communications]].'' Band 5, Mai 2014, S. 3636, {{DOI|10.1038/ncomms4636}}, PMID 24845553.
Referenzen:

Termite -- https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24845553,
* M. C. Harrison, E. Jongepier, H. M. Robertson, N. Arning, T. Bitard-Feildel, H. Chao, C. P. Childers, H. Dinh, H. Doddapaneni, S. Dugan, J. Gowin, C. Greiner, Y. Han, H. Hu, D. S. Hughes, A. K. Huylmans, C. Kemena, L. P. Kremer, S. L. Lee, A. Lopez-Ezquerra, L. Mallet, J. M. Monroy-Kuhn, A. Moser, S. C. Murali, D. M. Muzny, S. Otani, M. D. Piulachs, M. Poelchau, J. Qu, F. Schaub, A. Wada-Katsumata, K. C. Worley, Q. Xie, G. Ylla, M. Poulsen, R. A. Gibbs, C. Schal, S. Richards, X. Belles, J. Korb, E. Bornberg-Bauer: ''Hemimetabolous genomes reveal molecular basis of termite eusociality.'' In: ''Nature ecology & evolution.'' Band 2, Nummer 3, März 2018, S. 557–566, {{DOI|10.1038/s41559-017-0459-1}}, PMID 29403074.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29403074
* T. Sikosek, H. S. Chan, E. Bornberg-Bauer: ''Escape from Adaptive Conflict follows from weak functional trade-offs and mutational robustness.'' In: ''[[Proceedings of the National Academy of Sciences]].'' Band 109, Nummer 37, September 2012, S. 14888–14893, {{DOI|10.1073/pnas.1115620109}}, PMID 22927372, {{PMC|3443171}}.
HP -- https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22927372 ,
* E. Bornberg-Bauer, H. S. Chan: ''Modeling evolutionary landscapes: mutational stability, topology, and superfunnels in sequence space.'' In: ''[[Proceedings of the National Academy of Sciences]].'' Band 96, Nummer 19, September 1999, S. 10689–10694, PMID 10485887, {{PMC|17944}}.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/10485887
* F. J. Chain, P. G. Feulner, M. Panchal, C. Eizaguirre, I. E. Samonte, M. Kalbe, T. L. Lenz, M. Stoll, E. Bornberg-Bauer, M. Milinski, T. B. Reusch: ''Extensive copy-number variation of young genes across stickleback populations.'' In: ''PLoS genetics.'' Band 10, Nummer 12, Dezember 2014, S. e1004830, {{DOI|10.1371/journal.pgen.1004830}}, PMID 25474574, {{PMC|4256280}}.
Stickle -- https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25474574
* J. F. Schmitz, E. Bornberg-Bauer: ''Fact or fiction: updates on how protein-coding genes might emerge from previously non-coding DNA.'' In: ''F1000Research.'' Band 6, 2017, S. 57, {{DOI|10.12688/f1000research.10079.1}}, PMID 28163910, {{PMC|5247788}} (Review).
DeNovo -- https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3590893/
* A. D. Moore, E. Bornberg-Bauer: ''The dynamics and evolutionary potential of domain loss and emergence.'' In: ''Molecular biology and evolution.'' Band 29, Nummer 2, Februar 2012, S. 787–796, {{DOI|10.1093/molbev/msr250}}, PMID 22016574, {{PMC|3258042}}.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28163910
* J. Weiner, F. Beaussart, E. Bornberg-Bauer: ''Domain deletions and substitutions in the modular protein evolution.'' In: ''The FEBS journal.'' Band 273, Nummer 9, Mai 2006, S. 2037–2047, {{DOI|10.1111/j.1742-4658.2006.05220.x}}, PMID 16640566.
Domloss -- https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22016574
* D. J. Whitehead, C. O. Wilke, D. Vernazobres, E. Bornberg-Bauer: ''The look-ahead effect of phenotypic mutations.'' In: ''Biology direct.'' Band 3, Mai 2008, S. 18, {{DOI|10.1186/1745-6150-3-18}}, PMID 18479505, {{PMC|2423361}}.
Domterm -- https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16640566
* L. Wissler, J. Gadau, D. F. Simola, M. Helmkampf, E. Bornberg-Bauer: ''Mechanisms and dynamics of orphan gene emergence in insect genomes.'' In: ''Genome biology and evolution.'' Band 5, Nummer 2, 2013, S. 439–455, {{DOI|10.1093/gbe/evt009}}, PMID 23348040, {{PMC|3590893}}.
LookAhead -- https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18479505

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Erich Bornberg-Bauer (* 1963 in Wien) ist ein österreichischer Biochemiker, Theoretischer Biologe und Bioinformatiker.

Wissenschaftliche Laufbahn

Bornberg-Bauer wurde nach Studien der Biochemie und Mathematik 1995 am Institut für Theoretische Chemie der Universität Wien bei Peter Schuster zum Thema Vergleich der evolutionären Fitnesslandschaften von RNA und Proteinen promoviert. Nach einer kurzen Zeit als Universitätsassistent am Institut für Mathematik der Universität Wien arbeitete er bis 1998 als Post-Doktorand am Deutschen Krebsforschungszentrum in Heidelberg an Algorithmen zur Sequenzanalyse bei Martin Vingron und bis 2000 als Projektleiter am EML (heute HITS) bevor er an die University of Manchester als Senior Lecturer in Bioinformatics wechselte. Seit 2003 ist er Professor (C4) für Molekulare Evolution und Bioinformatik Institut für Evolution und Biodiversität der Universität Münster.

Bornberg-Bauer beschäftigte sich mit Aspekte von RNA- und Proteinevolution, vor Allem mit Fragen der neutralen Evolution sowie der Evolvierbarkeit und Robustheit gegen Mutationen. Hier entwickelte er mit Hue Sun Chan (Toronto) das Konzept des "Superfunnels" auf neutralen Netzen, welches postuliert wie molekulare Populationen mittels Drift den Sequenzraum explorieren um Übergangssequenzen ("Switches") zu neuen Netzwerken zu finden. Er leitete auch die Ausarbeitung des Konzeptes eine look ahead-Effektes das postuliert, dass phenotypische Mutationen helfen, den Sequenzraum rascher zu durchwandern und somit die Wahrscheinlichkeit für sonst extrem unwahrscheinliche nützliche Doppelmutationen (Epistasis) drastisch erhöht. Seit 2005 beschäftigt er sich auch mit Fragen der modularen Evolution von Proteinen und seit auch 2010 mit der Frage ob und wie aus nicht-kodierenden DNA Abschnitten völlig neue de novo Protein-kodierende Gene entstehen können. Viele dieser Ansätze konnten in mehreren Genomanalysen, vor Allem an sozialen Insekten erfolgreich Anwendung finden.

Seine Arbeiten sind vorwiegend computativ, aber seit einiger Zeit auch mit Experimenten zur gerichteten Evolution von promisken (multifunktionalen) Enzymen und der Analyse von De novo-Proteinen gekoppelt.

Seine Arbeiten wurden unter anderem von der DFG, Volkswagenstiftung, EC und 2006, 2013 und 2018 mit Forschungsgeldern der HFSP gefördert.

Veröffentlichungen

  • N. Terrapon, C. Li, H. M. Robertson, L. Ji, X. Meng, W. Booth, Z. Chen, C. P. Childers, K. M. Glastad, K. Gokhale, J. Gowin, W. Gronenberg, R. A. Hermansen, H. Hu, B. G. Hunt, A. K. Huylmans, S. M. Khalil, R. D. Mitchell, M. C. Munoz-Torres, J. A. Mustard, H. Pan, J. T. Reese, M. E. Scharf, F. Sun, H. Vogel, J. Xiao, W. Yang, Z. Yang, Z. Yang, J. Zhou, J. Zhu, C. S. Brent, C. G. Elsik, M. A. Goodisman, D. A. Liberles, R. M. Roe, E. L. Vargo, A. Vilcinskas, J. Wang, E. Bornberg-Bauer, J. Korb, G. Zhang, J. Liebig: Molecular traces of alternative social organization in a termite genome. In: Nature Communications. Band 5, Mai 2014, S. 3636, doi:10.1038/ncomms4636, PMID 24845553.
  • M. C. Harrison, E. Jongepier, H. M. Robertson, N. Arning, T. Bitard-Feildel, H. Chao, C. P. Childers, H. Dinh, H. Doddapaneni, S. Dugan, J. Gowin, C. Greiner, Y. Han, H. Hu, D. S. Hughes, A. K. Huylmans, C. Kemena, L. P. Kremer, S. L. Lee, A. Lopez-Ezquerra, L. Mallet, J. M. Monroy-Kuhn, A. Moser, S. C. Murali, D. M. Muzny, S. Otani, M. D. Piulachs, M. Poelchau, J. Qu, F. Schaub, A. Wada-Katsumata, K. C. Worley, Q. Xie, G. Ylla, M. Poulsen, R. A. Gibbs, C. Schal, S. Richards, X. Belles, J. Korb, E. Bornberg-Bauer: Hemimetabolous genomes reveal molecular basis of termite eusociality. In: Nature ecology & evolution. Band 2, Nummer 3, März 2018, S. 557–566, doi:10.1038/s41559-017-0459-1, PMID 29403074.
  • T. Sikosek, H. S. Chan, E. Bornberg-Bauer: Escape from Adaptive Conflict follows from weak functional trade-offs and mutational robustness. In: Proceedings of the National Academy of Sciences. Band 109, Nummer 37, September 2012, S. 14888–14893, doi:10.1073/pnas.1115620109, PMID 22927372, PMC 3443171 (freier Volltext).
  • E. Bornberg-Bauer, H. S. Chan: Modeling evolutionary landscapes: mutational stability, topology, and superfunnels in sequence space. In: Proceedings of the National Academy of Sciences. Band 96, Nummer 19, September 1999, S. 10689–10694, PMID 10485887, PMC 17944 (freier Volltext).
  • F. J. Chain, P. G. Feulner, M. Panchal, C. Eizaguirre, I. E. Samonte, M. Kalbe, T. L. Lenz, M. Stoll, E. Bornberg-Bauer, M. Milinski, T. B. Reusch: Extensive copy-number variation of young genes across stickleback populations. In: PLoS genetics. Band 10, Nummer 12, Dezember 2014, S. e1004830, doi:10.1371/journal.pgen.1004830, PMID 25474574, PMC 4256280 (freier Volltext).
  • J. F. Schmitz, E. Bornberg-Bauer: Fact or fiction: updates on how protein-coding genes might emerge from previously non-coding DNA. In: F1000Research. Band 6, 2017, S. 57, doi:10.12688/f1000research.10079.1, PMID 28163910, PMC 5247788 (freier Volltext) (Review).
  • A. D. Moore, E. Bornberg-Bauer: The dynamics and evolutionary potential of domain loss and emergence. In: Molecular biology and evolution. Band 29, Nummer 2, Februar 2012, S. 787–796, doi:10.1093/molbev/msr250, PMID 22016574, PMC 3258042 (freier Volltext).
  • J. Weiner, F. Beaussart, E. Bornberg-Bauer: Domain deletions and substitutions in the modular protein evolution. In: The FEBS journal. Band 273, Nummer 9, Mai 2006, S. 2037–2047, doi:10.1111/j.1742-4658.2006.05220.x, PMID 16640566.
  • D. J. Whitehead, C. O. Wilke, D. Vernazobres, E. Bornberg-Bauer: The look-ahead effect of phenotypic mutations. In: Biology direct. Band 3, Mai 2008, S. 18, doi:10.1186/1745-6150-3-18, PMID 18479505, PMC 2423361 (freier Volltext).
  • L. Wissler, J. Gadau, D. F. Simola, M. Helmkampf, E. Bornberg-Bauer: Mechanisms and dynamics of orphan gene emergence in insect genomes. In: Genome biology and evolution. Band 5, Nummer 2, 2013, S. 439–455, doi:10.1093/gbe/evt009, PMID 23348040, PMC 3590893 (freier Volltext).
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