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Die Saison 1999/2000 ist die 25. Spielzeit der 2. Basketball-Bundesliga. Die reguläre Saison begann am 25. September 1999 und endete am 7. März 2000. Die „Postseason“ mit Auf- und Abstiegsrunde dauerte vom 12. März 2000 bis zum 29. April 2000.
Die Liga war vor Saisonbeginn in zwei Staffeln (Nord und Süd) mit jeweils zwölf Mannschaften unterteilt. Nach der regulären Saison im Modus „Jeder gegen Jeden“ mit Hin- und Rückspiel spielten die besten sechs Mannschaften eine Aufstiegsrunde, wobei die Ergebnisse der Hauptrunde mitgenommen wurden. Nach der Aufstiegsrunde spielten die Tabellenersten und die Tabellenzweiten der beiden Staffeln überkreuz mit den beiden schlechtesten Mannschaften der Basketball-Bundesliga 1999/2000 in einer Qualifikationsrunde mit zwei Gruppen je drei Mannschaften zwei Mannschaften für die Basketball-Bundesliga 2000/01 aus. Die jeweils sechs schlechtesten Teams der beiden Zweitliga-Staffeln nahmen an einer Abstiegsrunde teil. Pro Staffel stiegen regulär zwei Mannschaften in die zugeordneten Regionalligen ab. Die Ergebnisse der Hauptrunde wurden in die Abstiegsrunden mitgenommen.
In die Gruppe Süd gab es aus der BBL zwei sportliche Absteiger mit dem USC Freiburg und Basket Bayreuth. Während die Bayreuther die Mannschaft zurückzogen und als BBC Bayreuth in der Regionalliga neu anfingen, zog auch der SV Oberelchingen seine Mannschaft aus der BBL zurück, spielte aber in der 2. Liga Gruppe Süd weiter.
Der Rhöndorfer TV verkaufte seine Erstliga-Lizenz an die Skyliners Frankfurt, erwarb aber dafür die Zweitliga-Lizenz der BG Ludwigsburg aus der Südgruppe, die als BSG Basket Ludwigsburg in der Regionalliga weitermachten, und spielte mit dieser Lizenz aber in der Nordgruppe.
Aus der zweiten Liga zogen neben der BG Ludwigsburg auch der TSV Speyer seine Mannschaft aus der Gruppe Süd zurück und machte als SG Speyer/Bad Dürkheim in der Regionalliga weiter.
Durch den Rückzug der Oberelchinger in die Gruppe Süd spielte am Ende die Gruppe Süd mit dreizehn Mannschaften. In der Gruppe Nord zogen sich mitten in der Saison die Hannover Flyers zurück, so dass die reguläre Saison mit elf Mannschaften zu Ende gespielt wurde.
1 Die Hannover Flyers wurden mitten in der Saison vom Spielbetrieb zurückgezogen und standen damit als erster Absteiger fest. Ihre Ergebnisse wurden aus der Wertung genommen.
2 Der TuS Lichterfelde qualifizierte sich wie 1994 sportlich für die erste Basketball-Bundesliga, verzichtete aber als Kooperationspartner von Meister ALBA Berlin auf den Aufstieg.
3 Die Hannover Flyers wurden mitten in der Saison vom Spielbetrieb zurückgezogen und standen damit als erster Absteiger fest. Ihre Ergebnisse wurden aus der Wertung genommen.
Die Ergebnisse der Hauptrunde wurden in die Abstiegsrunde mitgenommen.
= Abstiegsplätze
#
Team
Siege
Niederlagen
Punkte
Körbe
1
USC Heidelberg
16
18
32–36
2626:2528
2
SpVgg Rattelsdorf
15
19
30–38
2615:2712
3
ASC Mainz
14
20
28–40
2548:2656
4
SV Oberelchingen
14
20
28–40
2350:2571
5
Bayern München3
12
22
24–44
2640:2801
6
TSV Ansbach3
10
24
20–48
2541:2718
3 Durch die nachfolgende Aufstockung musste nur ein Verein absteigen. Bayern München verzichtete auf den Ligaverbleib, so dass der Tabellenletzte TSV Ansbach in der Liga verbleiben konnte.
