Benutzer:Dirk123456/Baustellenbaustelle 001/Baustelle-D/Baustelle-D.42

Thema: infektionsverstärkende Antikörper bzw. nicht-neutralisierende Antikörper (Suchausdruck 2021[dp] antibody-dependent enhancement sars-cov-2 vaccines).

Abschnitt „BatCoV RaTG13, Anpassung von Text“ | 23. Aug. 2021

Diskussion:SARS-CoV-2/Archiv/2021/3#BatCoV RaTG13, Anpassung von Text

Abschnitt „Direkter Einzelnachweis für PubMed-ID 32284615“ | 29. - 30. Aug. 2021

Diskussion:SARS-CoV-2/Archiv/2021/3#Direkter Einzelnachweis für PubMed-ID 32284615

Archiv, Beiträge anderer, Umbau hinsichtlich von Varianten[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Abschnitt „Vorschlag Strukturierung Abschnitt Virusvarianten“ | 31. Aug. - 2. Sep. 2021

Diskussion:SARS-CoV-2/Archiv/2021/3#Vorschlag Strukturierung Abschnitt Virusvarianten
Vorstellung einer Struktur (Gliederung) für die ganzen Varianten im Artikel.

Abschnitt „Abschnitt löschen? Variant under Investigation (VUI)“ | 2. - 10. Sep. 2021

Diskussion:SARS-CoV-2/Archiv/2021/3#Abschnitt löschen? Variant under Investigation (VUI)
Ergänzung zu „Vorschlag Strukturierung Abschnitt Virusvarianten“.

Diskussion von SARS-CoV (nicht archiviert), eigene Abschnitte[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Diskussion:SARS-CoV#SARS-CoV, Anmerkungen, Taxonomie | 4. - 6. Mär. 2021

Diskussion:SARS-CoV#SARS-CoV, Quelle zum Bild ohne PHIL 6400 | 1. Apr. 2021

Diskussion:SARS-CoV#Zwei Referenzen zusammenfassen, Hu-etal2017 | 3. Apr. 2021

Diskussion:SARS-CoV#SARS-CoV, SARS-CoV-1, Einordnung und Benennung | 9. - 10. Apr. 2021

Diskussion:SARS-CoV#Belege, Themenabfolge, Abschn. Übertragung | 15. - 16. Apr. 2021

Diskussion:SARS-CoV#Quellen-Anpassung, arambaut nach PubMed-ID | 16. Jun. 2021

Diskussion[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Systematik, Kladogramme und Einkürzungen[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Hallo, in diesem Beitrag geht es mir um eine grafische Darstellung (Kladogramm) zur Einordnung von Viren im Abschnitt „Merkmale“, die zwar übersichtlich ist, aber einige Hürden enthält und nicht besonders einfach gewartet werden kann.

Worum es geht[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Im Abschnitt „Systematik“ wird eine graphische Abbildung sichtbar, die sich nicht – wie sonst üblich – durch Lesende anklicken und zurückverfolgen lässt, um sich dann die Herkunft der Grafik und weitere Informationen in den Wikimedia Commons zu erschließen. Bei der Abbildung handelt es sich um ein Kladogramm, dessen Beschriftungen teilweise interaktiv verknüpft wurden (Verlinkung zu Wikipedia-Artikeln).

Wenn man sich den Wikitext ansieht, kann man erkennen, dass die Abbildung auf einer komplexen syntaktischen Konstruktion beruht, die zwischen den Überschriften „Merkmale“ und „Systematik“ eingefügt wurde. Ohne spezielle Kenntnisse ist da kein Weiterkommen, wenn die resultierende Abbildung abgeändert werden soll.

Die komplexe syntaktische Konstruktion[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Grundlage der Abbildung ist die Datei: „Systematik_Coronaviridae_SARS-CoV-2.png“, die als „Bildkarte“ (H:Bilder) im Quelltext (Wikitext) angegeben wurde (mithilfe von imagemap-Tags, Syntax: <imagemap> ... </imagemap>). Die Datei kann in der deutschen Wikipedia angezeigt werden (Datei:Systematik_Coronaviridae_SARS-CoV-2.png) und ist in den Wikimedia Commons nicht vorhanden. Unter dem Bildkarten- bzw. Imagemap-Bereich gibt es einen Kommentar-Bereich, wobei der Kommentar dort als Backup bezeichnet wurde und eine maskierte Vorlagenanwendung (H:Vorlagen) enthält. Die Vorlage, Vorlage:Kladogramm, würde mithilfe von Untervorlagen (Vorlage:Klade) eine komplex formatierte Tabelle generieren, die einem Kladogramm entspräche, wenn der entsprechende Quellcode aktiv wäre. Der Quellcode (Wikitext) ist aber nicht aktiv, da er „auskommentiert“ wurde, sodass die Vorlagen nicht eingebunden werden („auskommentierende Syntax“ bzw. maskierende Syntax: ).

Das „Backup“ ist vermutlich der Quellcode, aus dem man das Bild (im PGN-Format) neu generieren könnte, und das „Imagemap“ bzw. die „Bildkarte“ sorgt dafür, dass man z. B. durch Mausklicks den Hyperlinks folgen kann, die entsprechende Wikipedia-Artikel anzeigen.

Inhaltliche Probleme[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

In erster Linie geht es mir um eingekürzte Wörter, die zu Missverständnissen führen.

Das betrifft beispielsweise „Corona“, jenen Ausdruck, der die Wurzel im Kladogramm darstellt. „Corona“ bezieht sich dort auf die Familie Coronaviridae, was man aber erst dann sieht, wenn man auf die Bezeichnung klickt. Nun ist „Corona“ keine taxonomische Bezeichnung und auch keine offizielle Abkürzung. Im Gegenteil, das Wort „Corona“ gibt es schon als umgangssprachlichen Ausdruck zur Bezeichnung von alldem, was mit einer konkreten Seuche zu tun hat. „Corona“ ist kein Fachwort, aber ein praxisbezogener Ausdruck, der sozusagen als einheitlicher „Griff“ für einen Begriff dient, dessen Bedeutungsinhalt zwischen Virus und Krankheit nicht unterscheidet: Das Virus heißt eigentlich SARS-CoV-2, die Krankheit, die dadurch verursacht wird, heißt eigentlich COVID-19 und beides zusammen heißt umgangssprachlich „Corona“.

Das umgangssprachliche Wort „Corona“ bezieht sich nicht auf alle Viren der Familie Coronaviridae, auch wenn diese umgangssprachlich „Coronaviren“ genannt werden. Das Virus SARS-CoV, das heute auch SARS-CoV-1 genannt wird, verursachte in der Vergangenheit bspw. die Krankheit SARS und nicht die Krankheit COVID-19 alias „Corona“.

Ich habe die kürzeren Wörter im Kladogramm, die offensichtlich aus optischen und nicht aus sachlichen Gründen kürzer sind als die richtigen Wörter, als Einkürzungen und nicht als Abkürzungen bezeichnet.

Noch schwieriger als „Corona“ sind die Einkürzungen „~~Alphacorona~~“, „~~Betacorona~~“, „~~Gammacorona~~“ und „~~Deltacorona~~“, die als Ersatz für die Gattungen Alphacoronavirus, Betacoronavirus, Gammacoronavirus und Deltacoronavirus im Kladogramm eingetragen wurden (in der Abbildung selbst nicht durchgestrichen). Der taxonomische Rang „Gattung“ befände sich in einer hierarchischen Einteilung ganz woanders, als das dies eine Variante von SARS-CoV-2 tun würde; bei beiden Gruppierungs-Kategorien werden aber griechische Buchstaben zur Unterscheidung der „einzelnen Komponenten“ verwendet. Wenn ich mich nicht mit all den Einteilungskategorien intensiv beschäftigt hätte und unter dieser Voraussetzung einen nach rechts gekippten „Corona-Baum“ gesehen hätte, würde ich anfangs vielleicht Folgendes denken:

Das neue Wort „~~Deltacorona~~“ steht vielleicht für eine spezielle Erkrankungsform, die nicht durch das „alte neue Virus“ SARS-CoV-2 direkt verursacht wird, sondern durch das „neue neue Virus“ „SARS-CoV-2 Variante Delta“.

Ich habe mich nicht getraut, im vorausgehenden Satz das durchgestrichene Wort nicht durchzustreichen und auch nicht, das „vielleicht“ wegzulassen, obwohl ich den Satz durch „würde ... vielleicht ... denken“ eingeleitet habe. Warum? Weil ich denke, dass die meisten Lesenden genau diese Voraussetzung mitbringen; sie studieren nicht vorher ein halbwegs zutreffendes Fach, z. B. Medizin oder Biologie, und sie spezialisieren sie sich in aller Regel nicht auf Virentaxonomie, nur um sich in der Wikipedia zu informieren. Da wird es anfangs sicher dankbar aufgenommen, wenn die Sachen übersichtlicher dargestellt werden, als sie es sind. So etwas führt aber schnell zu Frust, wenn zwei Vereinfachungen an verschieden Stellen nicht kompatibel sind und Lesende merken, dass sie am Ende das Puzzle nicht zusammengesetzt bekommen.

Es gibt im Kladogramm auch echte Abkürzungen, z. B. „SARSr-CoV“. Das ist keine eindeutige, offizielle Abkürzung für ein Taxon, sondern eher eine unverbindliche Vereinbarung, die häufig verwendet wird.

Das heißt, dass in wissenschaftlichen Publikationen zumeist ein erklärender Satz dazu steht, was ein einzelnes „SARSr-CoV“ genau dort sein soll oder/ und durch welche Merkmale die Gruppe der „SARSr-CoVs“ dort definiert wird. Da Forschende sich untereinander verstehen wollen, verwenden sie nach Möglichkeit die in einer vorausgehenden Veröffentlichung definierten Begriffe in gleicher oder ähnlicher Weise, wenn sie eine neue Arbeit publizieren. Nichtsdestotrotz wird eine neue Arbeit ja nicht deshalb veröffentlicht, weil dort der Erkenntnisstand von gestern zu lesen sein soll, sondern der aktuelle. Dazu werden, wenn möglich, die alten Ausdrücke beibehalten und die Bedeutungsinhalte gegebenenfalls angepasst.

Ausgeschriebenen wären die „SARSr-CoVs“ in Englisch „SARS-related coronaviruses“, was im Deutschen etwa „SARS-bezogene Coronaviren“ oder „SARS-assoziierte Coronaviren“ bedeuten würde. Heute bezieht sich „SARSr-CoVs“ zumeist auf eine Gruppe von Viren, die mehr oder weniger mit einem der beiden Taxa korrelieren soll:

mit der Untergattung Sarbecovirus oder
mit der Spezies Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus.

Die letzte Aussage, das man zwei verschiedene taxonomische Ränge unterscheiden muss, erscheint anfangs nicht besonders plausibel. Da die genannte Untergattung bisher nur diese eine genannte Spezies hat, ist das Eine zumeist auch das Andere. Alle bisher eindeutig klassifizierten Viren, die der Spezies Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus angehören, gehören also auch zur Untergattung Sarbecovirus und andersherum.

Allerdings gibt es unvollständig klassifizierte Viren, die sozusagen „vorsortiert“ wurden und es könnten auch neue Viren gefunden werden, die zwar eng genug mit SARS-CoV verwandt sind, um zur gleichen Untergattung zu gehören („subgenus Sarbecovirus“), aber nicht zur gleichen Art („species Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus“). In diesem Fall bliebe ein neu isolierter Virusstamm solange nicht klassifiziert, bis man sich die zuständige Arbeitsgruppe des ICVT („Coronaviridae Study Group of the International Committee on Taxonomy of Viruses“) entschließen würde, eine neue Untergattung zu definieren („subgenus“). Solange können Virolog*innen selten warten, wenn sie wissenschaftlich arbeiten wollen. Deswegen wird es neben offiziellen Fachbegriffen auch immer vorläufige Arbeitsbegriffe geben wird, die dort definiert werden müssen, wo sie gerade gebraucht werden.

Die Wikipedia ist aber – zumindest nach außen hin – kein Wissenschaftskongress, auf dem neue Ideen mit flüchtigen Wörtern als Arbeitshypothesen diskutiert werden, sondern eine Enzyklopädie. Deshalb können wir eigentlich nur solche Abkürzungen verwenden, die als solche erkannt werden können und irgendwo in der Enzyklopädie erklärt und ggf. dahin verknüpft werden.

Probleme mit der technischen Umsetzung[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Im Jahr 2019 wurde das Thema „Leichter mit Vorlagen arbeiten“ als Zwei-Jahres-Schwerpunkt für die Arbeit des Teams Technische Wünsche der Wikimedia Deutschland gewählt (WP: ... /Leichter mit Vorlagen arbeiten). Das Thema wurde aus meiner Sicht vor allem deshalb gewählt, weil sich Vorlagen mitunter nicht besonders flüssig in den Text integrieren lassen. Gerade in solchen Vorlagen, die viel können, wie das bspw. bei der Vorlage:Infobox Virus der Fall ist, findet man die Stelle nicht besonders einfach, an der man in einer Einbindung der Vorlage in einem Artikel etwas bearbeiten möchte. Noch komplizierter wird die Bearbeitung von Kladogrammen, die Artikel-Einbindungen der Vorlage:Kladogramm sind. Beide Vorlagen sind nicht einfach:

Das Eine (die Vorlage:Infobox Virus) ist u. A. deshalb kompliziert, weil die Parameter-Namen nicht immer den sichtbaren Bezeichnungen entsprechen, z. B. basiert der letztlich sichtbare Schriftzug „Art:“ auf dem Parameter „Spezies“
und das Andere (die Vorlage:Kladogramm) ist ist u. A. deshalb kompliziert, weil es stark verschachtelt ist, denn eine Untervorlage (die Vorlage:Klade) wird etliche Male eingebunden.

Gerade bei einem Kladogramm ist es de facto nicht möglich, den Visual Editor zu nutzen (WP:VE, H:VE), der als WYSIWYG-fähiges Schreibprogramm nützliche Dienste leisten könnte, um zu sehen, was man gerade in welchem Zweig des Kladogrammms tut.

Ich kenne das Problem mit den Kladogrammen; denn ich hatte im November 2016 mal ein solches im Artikel DNA-Methylierung eingefügt, das im September 2019 wieder herausgenommen wurde. Die Vorlage der ersten Version des Kladogramms gibt es nicht mehr (Vorlage:Clade; am 20. Nov. 2016 eingefügt: diff=159871407&oldid=159820865) und die Vorlage der letzten Einbindung in einer Artikel-Version war zu dem Zeitpunkt veraltet, als diese Einbindung aus dem Artikel entfernt wurde (Vorlage:Klade; am 24. Sep. 2019 aus dem Artikel entfernt: diff=192560784&oldid=188691727).

Insofern ist es nicht die schlechteste Idee, ein Kladogramm nicht im Artikel zu editieren, sondern irgendwo anders, und es als „fertiges Produkt“ innerhalb einer Grafik nur noch einzubinden.

Das Elend mit der Versionskontrolle bei Vorlagen wird in einer Bestandsaufnahme der Probleme zum Schwerpunkt „Leichter mit Vorlagen arbeiten“ deutlich:

„Ruft man eine alte Version eines Artikels auf, so wird er nicht mit den damaligen Versionen der genutzten Vorlagen angezeigt, sondern mit den aktuellen. Dadurch ist es nicht möglich, sicher zu sein wie der Artikel damals aussah.“ (am 11. Dez. 2019 so notiert, permanenter Link zum Abschnitt: oldid=194822419#Weitere_Probleme)

Das gilt leider auch für alles Andere, was eingebunden werden kann: Auch die Datei:Systematik_Coronaviridae_SARS-CoV-2.png wird in der Anzeige einer alten Artikelbearbeitung (z. B. derjenigen Artikelversion, die nach dem ersten Einfügen der Datei am 7.9.'21 vorlag (diff=215402210&oldid=215401295) nicht genau so aussehen wie zur Zeit der Bearbeitung, falls künftig eine neue Datei mit anderem Bildinhalt die alte im Artikel ersetzen würde, aber denselben Dateinamen trüge. Und auch hier in der Diskussion gibt es wahrscheinlich keinen Weg, einen permanenten Link auf die jetzige Version der Bilddatei zu setzen, sodass nach einer künftigen Änderung des Bildinhaltes kaum jemand wirklich wissen können wird, was in diesem Beitrag hier und heute genau gemeint ist.

Autoren und Quellen[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Als Quelle für das abgebildete Kladogramm wurde der Taxonomy Browser des NCBI angegeben, wobei die Referenz im Artikel SARS-CoV-2 gegenwärtig (12.10.'21: oldid=216306329) als Nr. 51. dargestellt wird; ungefähr so:

Systematik zu SARS-CoV-2 (Ausschnitt)^[51]

51. NCBI: taxonomy browser. Lineage: Viruses; Riboviria; Orthornavirae; Pisuviricota; Pisoniviricetes; Nidovirales; Cornidovirineae; Coronaviridae: Orthocoronavirinae. In: Taxonomy. ncbi.nlm.nih.gov, abgerufen am 29. August 2021 (englisch).

Am entsprechenden Webort sind unter ID 2501931 die Orthocoronavirinae gelistet (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?mode=Undef&id=2501931). Es sei hier angemerkt, dass das NCBI unter dieser Seite – wie unter allen anderen Seiten von „Taxonomy Browser“ – einen Haftungsausschluss platziert:

„Disclaimer: The NCBI taxonomy database is not an authoritative source for nomenclature or classification - please consult the relevant scientific literature for the most reliable information.“ (letzte Prüfung: 12.10.'21)

Übersetzt würde das etwa so lauten:

Haftungsausschluss: Die NCBI-Taxonomiedatenbank ist keine maßgebliche Quelle für die Nomenklatur oder Klassifikation – bitte konsultieren Sie die einschlägige wissenschaftliche Literatur für die zuverlässigsten Informationen.

Letztes ist eine automatische Übersetzung mit Google Translate (Mitte Sep. 2021), die mit meiner weitestgehend übereinstimmt. Ich hatte zuvor ein paar Sachen etwas anders übersetzt, z. B. Folgendes:

„authoritative source“ mit „autorisierte Quelle“ (statt mit „maßgebliche Quelle“);
„relevant“ („... the relevant scientific literature ...“) mit „relevante“ (statt mit „einschlägige“);
„most reliable“ mit „glaubhaftesten“ (statt mit „zuverlässigsten“).

Wenn man sich die verwendeten Wörter und Ausdrücke ansieht, erkennt man, dass diejenigen beim NCBI und diejenigen, welche im Kladogramm sichtbar werden, nicht immer übereinstimmen, was – wie bereits erwähnt – an Einkürzungen liegt. Wenn man sich die verwendeten Strukturen zur Darstellung ansieht, dann ist beim NCBI ein hierarchisches Einteilungssystem als Liste vorhanden, ähnlich wie es bei Überschriften-Ebenen von Dokumenten angelegt wird, während beim Kladogramm Verzweigungen abgebildet werden. Wie dem auch sei, beim NCBI gibt es – zumindest auf der angegebenen Seite – keinen Stammbaum oder eine ähnliche Grafik.

Zusammenfassend lässt sich feststellen, dass einige Punkte dagegen sprechen, dass das NCBI die direkte Quelle und/ oder der Autor der Grafik im Wikipedia-Artikel sei:

Das NCBI

distanziert sich generell davon, eine maßgebliche Quelle für die Taxonomie zu sein,
verwendet vollständige Ausdrücke, die in der Grafik nicht vorkommen,
gibt keine Verzweigungen an,
verwendet keine Grafik, ist also auch nicht der Autor einer solchen.

Wenn ich in der Vergangenheit selbst eine Grafik brauchte, habe ich es bisher immer so gehandhabt, dass ich sie nach ihrer Erstellung als Autor in die Wikimedia Commons hochlud und „in Anlehnung an“ oder etwas Ähnliches angegeben habe, um die Beziehung zwischen dem „Illustrierenden“ (also mir) und der tatsächlichen Urheberin oder dem Urheber für die Information (zumeist Literaturverweis) anzugeben.

Die Urheberrechte und das alles sind eine verzwickte Geschichte. Ich musste schon einmal feststellen (engl. Wikipedia), dass es Probleme geben kann, wenn man sich sehr eng an einer Quelle orientiert („Close paraphrasing“).

Erste Überlegungen hinsichtlich einer Umsetzung[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Ich würde vorschlagen, die Abbildung als Erstes so lange zurückzustellen, bis eine verbesserte Variante fertiggestellt vorliegt. Wichtig wäre aus meiner Sicht:

dass die tatsächlichen Namen von Taxa usw. sichtbar werden, statt nur der Ein- und Abkürzungen und
dass die Herkunft (Quellen und Autoren) umfassender dargestellt werden.

Rein theoretisch würde es wahrscheinlich erst einmal reichen, die im Kladogramm vorhandenen vollständigen Ausdrücke zu nutzen, statt der eingekürzten, also z. B. |label1=[[Orthocoronavirinae]] statt |label1=[[Orthocoronavirinae|Orthocorona]]. Ich nehme aber an, dass sich dadurch das gesamte Imagemap-Link-Positionierungssystem verschiebt, sodass der Aufwand dafür doch relativ hoch wäre

Vielleicht wäre es gut, wenn all die Taxa – Familie, Unterfamilie, Gattung, Untergattung und Spezies – als Klassifizierungskategorien in der Abbildung ebenfalls erwähnt werden. Es gibt da nach meiner Beobachtung zwei Aspekte von Systematik, die zumeist unterschiedlich dargestellt werden:

Einordnung und Benennung (Nomenklatur und Klassifikation) – häufig als Liste, Tabelle u. Ä. veranschaulicht;
mögliche Abstammung (Phylogenetik) – häufig als Stammbaum, Kladogramm u. Ä. veranschaulicht.

Es gibt auch Mischvarianten der Darstellung, bei denen, z. B. in einem Kladogramm, in erster Linie die Abstammung und/ oder Distanzen dargestellt werden sollen, aber bestimmte Äste mit ihren Zweigen benannt und hervorgehoben werden. Das Eine – Nomenklatur und Klassifikation – ist „Wissenschaftsverwaltung“; das Andere – Phylogenetik – bildet häufig eher vorläufige Vorstellungen ab, wie sie sich durch die gerade zur Verfügungen stehenden wissenschaftlichen Methoden ergeben, mit den man diese Vorstellungen entwickeln kann. Das Eine soll Stabilität liefern, das Andere Fortschritt.

Das Dumme bei Viren ist, dass sie sich nicht an die „wissenschaftliche Vorgabe“ halten, gefälligst in monophyletischer Weise voneinander abzustammen. Wenn man alle Rekombinationsereignisse überhaupt kennen könnte, die stattgefunden haben, müsste man in einer Veranschaulichung verschieden dicke Querverbindungen zwischen den Zweigen einzeichnen, um das abzubilden. Eine Grafik würde so unübersichtlich werden, dass es keine „Veranschaulichung“ mehr wäre.

In der Virologie wird deshalb ein Kompromiss angewendet. Für die „Verwaltung“ von Wissenschaft werden Viren nur bis zur Art kategorisiert; unterhalb dieses kleinsten Taxons, „species“, gibt in der Virentaxonomie keine offizielle Einteilung. Das liegt wohl vor allem daran, dass die Auflösung hinsichtlich der Ähnlichkeit von Viren unterhalb der Art nicht ausreichen würde, um Stabilität bei Benennung und Einteilung zu liefern.

Daher hatte ich in der „Infobox Virus“ oben im Artikel, auch ein entsprechende Anmerkung bei der Rubrik „Unterart:“ eingefügt (21.4.'21: diff=211153593&oldid=211152668) und zuvor die Aussage diskutiert, dass es eigentlich keine Unterart gibt (21.4.'21: zur Überschrift: oldid=211152330#SARS-CoV-2, ICTV-CSG, Schwesterklade; zum konkreten Lesezeichen „Taxon als Kategorie: Unterart ist nicht genemigt“: ...004 ).

Was macht man da nun?

Ich denke, dass es wichtiger ist, die komplexen Verhältnisse verbal im Fließtext richtig (und dann leider auch etwas umständlich) wiederzugeben und lieber nicht zu viel Augenmerk darauf zu legen, etwas grafisch besonders einfach darstellen zu wollen, da es eben nicht einfach ist.

Wenn wir ehrlich sind, kann man mit den Vorlagen für Kladogramme keine maßstabgerechten Distanzen zeichnen, wie sie als genotypische Abstände mit entsprechenden Software-Werkzeugen in den relevanten Veröffentlichungen bei entsprechenden Abbildungen anzutreffen sind. Ich hatte auch schon überlegt, ob ich die Darstellungen zur Phylogenie von SARS-CoV-2 aus Abbildung Nr. 2 in der relevanten Arbeit der zuständigen Arbeitsgruppe des ICVT für die Benennung und Einteilung von diesem Virus nicht einfach abmale („Fig. 2: Phylogeny of coronaviruses.“ in CSG, Gorbalenya et al., 2. März 2020; https://doi.org/10.1038/s41564-020-0695-z). Das habe ich dann aber – nach näherer Betrachtung – unterlassen, weil es mir doch zu komplex erschien.

Vielleicht ist eine Tabelle oder Liste, die direkt von der zuständigen Instanz kommt, als Quellenbezug geeigneter als ein Kladogramm. Die Veröffentlichung der jeweils aktuellen Virentaxonomie durch das ICVT basiert auf grundlegenden Listen, die jeweils „Master Species List“ (MSL) genannt werden. Die „MSLs“ erfahren wiederum Anpassungen, zumeist mehrere, die in Form herunterladbarer Tabellen angegeben werden.

Im Folgenden beschreibe ich nur wenige Tabellen (vor allem eine); eine umfassendere Darlegung meiner Recherche-Ergebnisse zur gegenwärtigen Virentaxonomie – zum Versions-Konzept des ICTV, zur Familie Coronaviridae, zum Ausdruck SARS-CoV-2 usw. – findet sich hier:

xxx

Die letzte Version ohne SARS-CoV-2 ist eine Tabelle vom 27. Nov. 2019. Die erste Version einer Tabelle mit SARS-CoV-2 ist vom 1. Mai 2020 und unterscheidet sich im Inhalt bezüglich der Coronaviridae nur wenig von der darauffolgenden am 1. Aug. 2020. Die drei bisherigen Versionen seit August 2020 unterscheiden sich de facto nicht. D. h., dass alle drei Tabellen (1. Aug. 2020; 18. Mai 2021; 20. Juli 2021) jeweils 49 Zeilen für die Familie der Coronaviridae haben und dort in fast allen Spalten identisch sind. Lediglich in einer Spalte variieren die Werte; diese Spalte („Species Sort“) enthält aber nur Indizes und ist dadurch für den Inhalt irrelevant. Die erste vollständige Version mit SARS-CoV-2, in der alles bisherige zusammengetragen wurde, ist also jene vom 1. Aug. 2020 (Prüfung: 12.10.'21).

Es böte sich als Grundlage einer Referenz also z. B. die Excel-Datei „VMR 010820 MSL35.xlsx“ an, die die gesamte Virentaxonomie zum 1. Aug. 2020 zusammenfasst und die sich beim ICVT herunterladen lässt (https://talk.ictvonline.org/taxonomy/vmr/m/vmr-file-repository/10312). Dort gibt es 49 Zeilen, die in der Spalte „Family“ (Familie) die Eintragung „Coronaviridae“ haben. Die 49 Virus-Isolate sind auf 46 „Species“ aufgeteilt, also auf 46 taxonomische Spezies (oder Virus-Arten). Nur für eine der 46 Spezies sind mehrere Isolate angegeben worden; das ist die Spezies Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus.

In der Tabelle findet man drei Spalten für die Bezeichnung einzelner Viren: „Virus name(s)“, „Virus name abbreviation(s)“ und „Virus isolate designation“. Bei den anderen 45 aufgeführten Spezies der Familie Coronaviridae (also außer bei der Spezies Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus) ist sozusagen „die Welt noch in Ordnung“: Jeder Art wurde genau ein Virus zugeordnet, so dass Benennungen (zumindest in der Tabelle) nicht kollidieren können. Für die 45 taxonomischen Spezies wurde in der Spalte „Exemplar or additional isolate“ immer ein „E“ eingetragen, da es dort, außer dem einen exemplarischen Isolat, keine weiteren Isolate gibt.

Bei der einen taxonomischen Spezies, Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus, ist das anders, dort wurden bezüglich der laufenden Nummer für die Art (Spalte „Species Sort“: 4995) vier Viren ausgewählt, die in der Tabelle für das jeweilige Virus-Isolat die laufenden Nummern 1 bis 4 tragen (Spalte „Isolate Sort“). Hier fällt auf, dass einzelne Bestandteile von Benennungen durchaus mehrdeutig sind, wenn man sie nicht im Zusammenhang betrachtet. Die vier Isolate dieser Spezies habe ich deshalb als „SARS-CoV Tor2“, „SARS-CoV PC4-227“, „SARSr-CoV BtKY72“ und „SARS-CoV-2 Wuhan-Hu-1“ genannt. Die Schreibweisen, welche ich verwendet habe, sind in ähnlicher Form in englischen Publikationen (aber ohne Anführungszeichen) üblich; ich habe dafür die Bezeichnungen in zwei benachbarten Spalten, „Virus name abbreviation(s)“ und „Virus isolate designation“, zusammengefügt.

Nachfolgend stelle ich die vier Beispiele vor, die für die Spezies Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus in der Tabelle angegeben worden sind. Die ursprüngliche Reihenfolge {1; 2; 3; 4} ergibt sich durch eine alphabetische Sortierung; zur einfacheren Erklärung habe hier die Reihenfolge {1; 4; 2; 3} gewählt:

Die Zeile mit dem Virusisolat Nr. 1 (Spalten „Species Sort“: 4995; „Isolate Sort“: 1) würde sozusagen den „Typusstamm“ für die Art (Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus) darstellen, wenn es das in der Virentaxonomie gäbe. Nr. 1 ist das Isolat „SARS-CoV Tor2“ (Spalten „Virus name abbreviation(s)“: SARS-CoV; „Virus isolate designation“: Tor2), das von einem Virus stammt, welches SARS ausgelöste, ein Coronavirus ist, in Toronto (Kanada) isoliert und mit 2 nummeriert wurde. Zumindest lässt sich Letztes so zusammensetzen, wenn man sich die GenBank-Zugriffsnummer (Spalte „Virus GENBANK accession“: AY274119) unter https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/AY274119 ansieht (dort angegebene Publikation: PMID 15020242).
Die Zeile mit dem Virusisolat Nr. 4 (Spalten „Species Sort“: 4995; „Isolate Sort“: 4) präsentiert ein Virus, das dem SARS-verurachenden Virus sehr ähnlich ist, nur dass es woanders herkommt, als von einem erkrankten Menschen. Die Nr. 4 ist das Isolat „SARS-CoV PC4-227“ (Spalten „Virus name abbreviation(s)“: SARS-CoV; „Virus isolate designation“: PC4-227), das von einem Virus stammt, welches SARS verursachen könnte, ein Coronavirus ist und aus einer Schleichkatze als Wirt isoliert wurde, die in Englisch „Palm civet“ genannt wurde. Das Isolat stammt aus einer mit 4 gekennzeichneten Untersuchungsgruppe und wurde mit der Nummer 227 adressiert. Zumindest lässt sich das so zusammenstzen, wenn man sich die GenBank-Zugriffsnummer (Spalte „Virus GENBANK accession“: AY613950) unter https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/AY613950 ansieht und der Angabe zur Publikation folgt (PMID 15695582).
Die Zeile mit dem Virusisolat Nr. 2 (Spalten „Species Sort“: 4995; „Isolate Sort“: 2) präsentiert ein Virus, das lediglich mit dem SARS-verursachenden Virus verwandt ist. Die Nr. 2 ist das Isolat „SARSr-CoV BtKY72“ (Spalten „Virus name abbreviation(s)“: SARSr-CoV; „Virus isolate designation“: BtKY72), das von einem Virus stammt, welchen mit der Krankheit SARS nicht im direkten Zusammenhang steht, aber mit dem SARS-verursachenden Virus verwandt ist (engl. „SARS-related“) und dadurch natürlich auch ein Coronavirus ist. Das Isolat stammt von einem Fledertier (engl. „bat“) aus Kenia (engl. „Kenya“) und hat die Nummer 72 zugewiesen bekommen. Das wird mithilfe der GenBank-Zugriffsnummer (Spalte „Virus GENBANK accession“: KY352407) unter https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/KY352407 und der dort angegebenen Publikation sichtbar (PMID 31296683).
Die Zeile mit dem Virusisolat Nr. 3 (Spalten „Species Sort“: 4995; „Isolate Sort“: 3) präsentiert ein Virus, das beim Menschen eine Krankheit verursacht, die SARS ähnlich ist (nämlich COVID-19). Die Nr. 3 ist das Isolat „SARS-CoV-2 Wuhan-Hu-1“ (Spalten „Virus name abbreviation(s)“: SARS-CoV-2; „Virus isolate designation“: Wuhan-Hu-1), das von einem Virus stammt, das ebenfalls ein schweres akutes Atemwegssyndrom (engl. Severe Acute Respiratory Syndrome) hervorruft. Als Coronavirus ist es das 2. innerhalb derselben taxonomischen Spezies (Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus), in der auch dasjenige Virus eingeordnet wird, welches die zuerst als SARS bezeichnete Krankheit verursacht hatte. Das entsprechende Isolat von SARS-CoV-2 wurde in der Stadt Wuhan, die in der Provinz Hubei liegt (VR China), von einem erkrankten Patienten gewonnen und mit 1 nummeriert. Das wird mithilfe der GenBank-Zugriffsnummer (Spalte „Virus GENBANK accession“: MN908947) unter https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MN908947 und der dort angegebenen Publikation sichtbar (PMID 32015508).

Der abgekürzte Namen „SARS-CoV“ (Spalte „Virus name abbreviation(s)“) trifft also gleichzeitig auf zwei Zeilen zu, sowohl für Nr. 1 als auch für Nr. 4 (Spalte „Isolate Sort“). Als ausgeschriebener Virusnamen wurde aber in dem einen Fall, für Nr. 1, „severe acute respiratory syndrome coronavirus“ angegeben und in dem anderen Fall, für Nr. 4, „SARS coronavirus“ (Spalte „Virus name(s)“). In dem einen Fall wurde der Virusnamen des Isolates also ausgeschrieben und in dem anderen Fall wurde der Virusnamen des Isolates vorn abgekürzt und hinten ausgeschrieben. Solche scheinbaren Unstimmigkeiten sind durch die unterschiedliche Nutzung verschiedener Benennungen zu verschiedenen Zeiten entstanden, die mehr oder weniger freigestellt war. Die beiden Ausdrücke „severe acute respiratory syndrome coronavirus“ und „SARS coronavirus“ dienen also mitnichten einer gezielten Unterscheidung: In GenBank wurde in beiden Fällen „SARS coronavirus“ angegeben (siehe AY274119 für Nr. 1 und AY613950 für Nr. 4).

Unterhalb des Taxons „species“ hat sich das ICTV nur selten eingemischt, wenn es um Benennungen ging; ein solcher Fall war die Benennung und Klassifikation von SARS-CoV-2 durch die Arbeitsgruppe für Coronaviridae. In der Veröffentlichung dazu wird in Abbildung 1 die Willkürlichkeit bei den verwendeten Namen unterhalb der Art bei Viren und bei Menschen verglichen („Fig. 1: Taxonomy of selected coronaviruses.“ in CSG, Gorbalenya et al., 2. März 2020; https://doi.org/10.1038/s41564-020-0695-z).

In dieser Abbildung wird dargestellt („Fig. 1: Taxonomy of selected coronaviruses.“), dass es sowohl in der Virologie als auch in der Zoologie taxonomische Systeme gibt und dass diese sich zum Teil ähneln. In der Virentaxonomie gibt es die „Familie“ als Rang, z. B. Coronaviridae, und in der zoologischen Taxonomie auch, z. B. die Familie Hominidae. Bei beiden Beispielen reicht die „taxonomische Leiter“ nur bis zur Art nach unten, bei der Familie Coronaviridae z. B. bis zur Spezies Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus und bei der Familie Hominidae (auch Familie Menschenaffen genannt) bis zur Beispiel-Spezies Homo sapiens. Während für die eine „Leiter“ gar keine „tiefere Sprosse“ als die Spezies definiert wurde (die Virentaxonomie wendet generell kein solches Taxon an), könnte die andere „Leiter“ prinzipiell unterhalb der Spezies eine weitere „Sprosse“ aufweisen, nämlich das Taxon Unterart. Bei der Spezies Homo sapiens, dem Menschen, wird der taxonomische Rang „Unterart“ aber meist nicht angewendet; vermutlich ist das ein Grund für die Auswahl des Beispiels in der Abbildung („Fig. 1: Taxonomy of selected coronaviruses.“). Laut der Abbildung gäbe des unterhalb der „Species“ keinen Rang, sondern nur das „Individuum“, z. B. „SARS-CoV-2 Wuhan-Hu-1“ bei den Viren und „Marie Curie“ bei den Menschen.

Diese Einteilung in Individuen hilft aber nicht weiter, wenn man innerhalb einer Art Gemeinsamkeiten und Unterschiede auseinander halten muss. Dadurch hat sich so etwas wie ein „Quasi-Standard“ für eine „benennende Gruppierung“ innerhalb der Untergattung Sarbecovirus bzw. innerhalb der Art Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus herausgebildet:

„SARS-CoV“ und „SARS-CoV-1“ meinen „das Virus“, das beim Menschen SARS ausgelöst hat oder dies auslösen könnte,
„SARS-CoV-2“ meint „das Virus“, das beim Menschen COVID-19 ausgelöst hat oder dies auslösen könnte und
„SARSr-CoVs“ sind alle die Viren, die als eng verwandt mit „SARS-CoV“ gelten, aber (zumindest bisher) weder die Krankheit SARS noch ein anderes schweres Atemwegssyndrom beim Menschen ausgelöst haben.

Diese Untergruppierung in der Benennung richtet sich also in erster Linie nach Pathogenität für den Menschen. Die Frage besteht, wo bei einem solchem „System“ die Einzahl aufhört und wo die Mehrzahl anfängt. Sind „SARS-CoV Tor2“ und „SARS-CoV PC4-227“ zwei „SARS-CoVs“? Oder könnte man sogar SARS-CoV_Tor2, SARS-CoV_PC4-227 und SARS-CoV-2_Wuhan-Hu-1 zusammen als „SARS-CoVs“ bezeichnen, weil all diese Stämme oder Isolate irgendetwas mit „severe acute respiratory syndrome“ zu tun haben? Wären SARS-CoV_Tor2 (löste SARS aus) und SARS-CoV-2_Wuhan-Hu-1 (löste COVID-19 aus) auch „SARSr-CoVs“, weil sie als „SARS-Coronaviren“ sozusagen auch gleichzeitig „SARS-verwandte Coronaviren“ wären? Die andere Benennung, SARS-CoV-1, macht eine Unterscheidung manchmal einfacher; aber auch hier kann man sich fragen, ob bspw. SARS-CoV_PC4-227 (Isolat aus einer Schleichkatze, „Palm civet“) wirklich nachträglich als SARS-CoV-1_PC4-227 bezeichnet werden sollte.

Auf die Frage, was SARS-CoV-2 eigentlich sein soll, antworte die zuständige Arbeitsgruppe, dass dieses Virus sich in einer Klade befände – irgendwas mit „Prototyp“, „SARS-CoVs“ und einer „Schwesterklade“ (CSG, Gorbalenya et al., 2. März 2020; https://doi.org/10.1038/s41564-020-0695-z).

Ich hatte dazu bereits mehrere Übersetzungen im Abschnitt „SARS-CoV-2, ICTV-CSG, Schwesterklade“ präsentiert (unter dem Lesezeichen „Klade als Kategorie: SARS-CoV-2 und Schwesterklade“ — im Archiv: ...Archiv/2021/2#...005 | Bearbeitung in der Disk am 21.4.'21: ...oldid=211152330#Dirk123456.2021-0421.Anm-Klade.p1a-e5d.005).

Ein Problem bei diesen Übersetzungen bzw. beim Verständnis des entsprechenden Satzes war, dass der Ausdruck „SARS-CoV” bisher nur im Zusammenhang mit dem Menschen und mit einer Schleichkatze als dem jeweiligen Virus-Wirt genutzt wurde, der Ausdruck „SARS-CoVs“ aber als Bezeichnung von Viren dienen sollten, die beim Menschen und bei Fledertieren vorkommen. Bei einem Virus-Isolat aus einem Fledertier wurde eigentlich bisher (auch in der zitierten Arbeit) bevorzugt „SARSr-CoV“ als Kennung benutzt.

Ich stelle mir das Geschriebene, schematisch umgesetzt, ungefähr so vor:

			P.1
P.0			P.1
P.0			P.2
			P.2

Es gäbe danach einen gemeinsamen Vorfahren für beide Viren, sowohl für dasjenige Virus, welches SARS verursachen kann, als auch für dasjenige Virus, welches COVID-19 verursachen kann. Dieser gedachte, gemeinsame Vorfahr wird in meinem Schema Prototyp Null bzw. P.0 genannt. Irgendwann kam es zu einem Mutationsereignis, welches zu einer Trennung führte, sodass zwei Linien entstanden. Der erste Vorfahr in der einen Linie, hier Prototyp Eins bzw. P.1 genannt, wäre sozusagen ein „Urvater“ bzw. eine „Urmutter“ von z. B. SARS-CoV_Tor2 (einem SARS-Erreger), aber nicht von z. B. SARS-CoV-2_Wuhan-Hu-1 (einem COVID-19-Erreger). Der erste Vorfahr in der anderen Linie, hier Prototyp Zwei bzw. P.2 genannt, wäre sozusagen ein „Urvater“ bzw. eine „Urmutter“ von z. B. SARS-CoV-2_Wuhan-Hu-1 (einem COVID-19-Erreger), aber nicht von z. B. SARS-CoV_Tor2 (einem SARS-Erreger).

Die beiden „Urmütter“ (P.1 und P.2) würden danach also eine gemeinsame „Mutter“ (P.0) haben und wären somit sozusagen „Schwestern“. Es gäbe also zwei „Familienzweige“ – Schwesterkladen eben.

Nun ist zu bedenken, dass Viren ganz ohne geschlechtliche Fortpflanzung ein beeindruckendes Rekombinations-Verhalten an den Tag legen, welches den Versuch, monophyletische Schemata für eine Veranschaulichung zu nutzen, ohnehin als grobe Vereinfachung dastehen lässt. Obwohl die zuständige Arbeitsgruppe in ihrer Veröffentlichung herausgearbeitet hatte, dass die genotypischen Abstände von Viren weder hundert prozentig mit den befallenen Wirtstieren, noch mit den ausgelösten Krankheiten zur Deckung gebracht werden können und obwohl dargestellt wurde, das Benennungen selten einheitlich sind, hat die Arbeitsgruppe versucht, in der Zusammenfassung vieles in einem Satz zu vereinen (CSG, Gorbalenya et al., 2. März 2020; https://doi.org/10.1038/s41564-020-0695-z).

Es gibt jetzt zwei halbwegs taugliche Einteilungssysteme für SARS-CoV-2:

Die klassische Virentaxonomie, danach ist SARS-CoV-2 etwas, das in die Spezies Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus gehört, die ihrerseits eindeutig in den höheren Taxa eingeordnet werden kann (Klassifikation).
Das PANGOLIN-System und andere Systeme, mit denen man SARS-CoV-2-Varianten, ausgehend vom sogenannten SARS-CoV-2-Wildtyp, zuordnen kann.

Zwischen diesen beiden Systemen, also zwischen

einer Art von „äußerer Systematik“ (klassische Virentaxonomie) auf der einen Seite, die vom Realm Riboviria bis zur Spezies Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus reicht, und
einer Art von „innerer Systematik“ (PANGOLIN-System) auf der anderen Seite, die von den SARS-CoV-2-Wildtypen zu all den SARS-CoV-2-Varianten reicht,

gibt es eine Lücke. Diese Lücke ließe sich vielleicht durch eine Kopie der Abbildung 2 füllen („Fig. 2: Phylogeny of coronaviruses.“ in CSG, Gorbalenya et al., 2. März 2020; https://doi.org/10.1038/s41564-020-0695-z). Zumindest ist das entsprechende Werk frei verfügbar, wie dortselbst steht:

Rights and permissions — Open Access This article is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License, which permits use, sharing, adaptation, distribution and reproduction in any medium or format, as long as you give appropriate credit to the original author(s) and the source, provide a link to the Creative Commons license, and indicate if changes were made. The images or other third party material in this article are included in the article’s Creative Commons license, unless indicated otherwise in a credit line to the material. If material is not included in the article’s Creative Commons license and your intended use is not permitted by statutory regulation or exceeds the permitted use, you will need to obtain permission directly from the copyright holder. To view a copy of this license, visit http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/.
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Ich habe die Übersetzung mit Absicht nicht nachbearbeitet, da Rechtsfragen im Detail nicht zu meinen Kompetenzfeldern zählen. Ich glaube aber, dass es in die Wikipedia Commons hochladbar ist, da die Bilder oder anderes Material nicht von Drittanbietern stammen und somit in der Creative Commons-Lizenz des Artikels enthalten sein müssten.

Vorerst präsentiere ich hier einen „abgemalten“ Ausschnitt aus der Abbildung. Einer der Zweige der Original-Abbildung „Fig. 2c“ wird hier mithilfe einer „Wikitabelle“ (H:Tabellen) sehr ungefähr nachgestellt:

b[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]



						SARS-CoV BtKY72
						SARS-CoV BtKY72
						SARS-CoV-2
						SARS-CoV-2
						SARSr-CoV RaTG13
						SARSr-CoV RaTG13
						SARS-CoV PC4-227
						SARS-CoV PC4-227
						SARS-CoV
						SARS-CoV
						Bat Hp-BetaCoV
						Bat Hp-BetaCoV

Z[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Ein Vorteil einer solchen Darstellung – nur eben besser: z. B. als Kopie des Originals (Fig. 2c) – wäre, dass die Schwesterkladen zu erkennen wären. Man könnte weiterhin anhand einer solchen Abbbildung ganz gut veranschaulichen, dass die beiden virulenten Viren, die rot hervorgehoben worden sind, kaum zwei alleinige Unterarten innerhalb der potentiell pathogenen Art bilden können. Die beiden äußeren Kladen (links) stellen verschiedene eng verwandte Spezies innerhalb derselben Gattung Betacoronavirus dar, die – wäre es die originale Abbildung (Fig. 2c) – rechts nebenstehend zu sehen wären. Sowohl hier als auch in Fig. 2c sind in der oberen Klade fünf Isolate bzw. Stämme der Spezies ◆ Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus zu sehen, in der darunter befindlichen Klade wird ein Isolat der Spezies ◆ Bat Hp-betacoronavirus Zhejiang2013 abgebildet.

In der originalen Arbeit wurden zusätzlich genauere Angaben gemacht, um vor allem die Genomsequenzen bei GenBank für eine genaue Zuordnung verwendeten Isolate zu präsentiertieren; z. B. in dieser Form:

SARS-CoV, AY274119.3; SARS-CoV-2, MN908947.3; SARSr-CoV_BtKY72, KY352407.1; SARS-CoV_PC4-227, AY613950.1.

Die fünf Viren ◆ SARS-CoV (AY274119.3: Isolat Tor2), ◆ SARS-CoV_PC4-227 (AY613950.1), ◆ SARS-CoV-2 (MN908947.3: Isolat Wuhan-Hu-1), ◆ SARSr-CoV_RaTG13 und ◆ SARSr-CoV_BtKY72 gehören zur Spezies ◆ Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus. Der Stamm ◆ „Bat Hp-BetaCoV“ gehört zu einer anderen Spezies, die ◆ Bat Hp-betacoronavirus Zhejiang2013 heißt. In Fig. 2c ist ◆ Bat Hp-betacoronavirus Zhejiang2013 die am engsten verwandte Spezies zu ◆ Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus. Beide Spezies befinden sich in derselben Gattung, Betacoronavirus, aber in verschiedenen Untergattungen.

Die taxonomischen Listen des ICTV[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Versionskonzept des ITCV und „Master Species List“[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Das ICTV (übersetzt: das Internationale Komitee für die Taxonomie von Viren) wendet ein Verfahren zur Bekanntgabe von Virentaxonomie an, dass im Wesentlichen auf Versionen von Dokumenten und Listen beruht. Dazu wird gegenwärtig als zentraler Webort:

https://talk.ictvonline.org/

genutzt. Es gibt verschieden Begriffe, die Versionskontrolle bedingen sollen. So ist von Veröffentlichungen bzw. Releases („ICTV Taxonomy Release“), von Hauptlisten für Arten („Master Species List“) und von Aktualisierungen („Updates“) die Rede. Dabei bezieht sich eine Aktualisierung bspw. auf die Genehmigung bei einem Online-Treffen – z. B.: „... approved during EC 52, Online meeting, October 2020; ...“ – und auf die Ratifizierung mithilfe von Emails – z. B.: „Email ratification March 2021 (MSL #36)“.

Am Ende können ◆ Dokumente (z. B. MS Excel, *.docx; *.pdf), ◆ Arbeitsmappen (MS Excel, *.xlsx) und ◆ alle möglichen anderen Dateien heruntergeladen werden (z. B. ZIP- und HTML-Dateien).

Es ist nicht ganz einfach, die verschiedenen Versionsmarkierungen: ◆ Kalenderjahre, ◆ Kalenderdatums-Angaben und ◆ laufende Nummern in Deckung zueinander zu bringen, um zu wissen, was man vor sich hat.

Es gibt sogar ein „Hilfsmittel“, das einer Diashow ähnelt und das es ermöglichen soll, auf das „richtige Dia“ zu klicken, wenn dieses Dia gerade gezeigt wird (https://talk.ictvonline.org/files/master-species-lists/m/msl/slideshow).

Gegenwärtig (Oktober 2021) steht auf der Hauptseite Folgendes: ◆ „NEW: ICTV Taxonomy Release #36: 2020“ (übersetzt: ◆ „NEU: Freigabe zur ICTV-Taxonomie Nr. 36: 2020“) und weiter: ◆ „The new 2020 ICTV taxonomy is now available online at https://ictv.global/taxonomy. The new Master Species List #36 is available for download as an Excel Spreadsheet.“ (übersetzt: ◆ „Die neue ICTV-Taxonomie 2020 ist ab sofort online unter https://ictv.global/taxonomy verfügbar. Die neue Meisterliste der Spezies Nr. 36 steht als Excel-Tabelle zum Download bereit.“)

Das unterstrichene „Excel Spreadsheet“ führt zu folgender Adresse mit folgendem Text, wobei die Ansicht hier etwas angepasst wurde:

https://talk.ictvonline.org/files/master-species-lists/m/msl/12314
ICTV Master Species List 2020.v1 [ Download ] New MSL including all taxa updates since the 2019 release Updates approved during EC 52, Online meeting, October 2020; Email ratification March 2021 (MSL #36) May 18, 2021 3,571 Downloads ...

Die Abkürzung „EC 52“ steht für das 52. jährliche Treffen des Exekutivausschusses – „Executive Committee“. Das lässt sich bspw. einem „Newsletter“ entnehmen (heruntergeladene Datei: „ICTV Newsletter-17 12-2020.pdf“, unmittelbarer Download durch: https://talk.ictvonline.org/information/newsletters/m/newsletters/10978).

Im Allgemeinen wird wohl jedes Jahr im Herbst eine Tagung vom Exekutivausschuss des ICTV durchgeführt, was dann zu einem Release (zu einer Freigabe) hinsichtlich der Virentaxonomie führt, wobei die Ratifizierung per E-Mail jeweils im folgenden Frühjahr erfolgt. Das Release wird dem Kalenderjahr der Tagung zugeordnet und die ratifizierte Liste – die „Master Species List“ (MSL) – erhält eine laufende Nummer.

Im oben beschriebenen Fall wurde im Oktober 2020 beim 52. jährlichen Treffen des Exekutivausschusses die 2020-er Freigabe der Virentaxonomie beschlossen, die alle Änderungen bezüglich der 2019-er Freigabe berücksichtigen soll. Im März 2021 wurde die entsprechende Liste ratifiziert, die „Master Species List“ Nr. 36 (MSL #36).

Im Jahr 2018 wurden auf der Basis des „EC 50“ (des 50. jährlichen Treffen des Exekutivausschusses) zwei Listen der Kategorie „Master Species List“ (MSL) entwickelt. Die erste Liste – mit „MSL #33“, „2018a“ oder „2018 v1“ adressierbar – wurde im selben Jahr (Okt. 2018) verabschiedet. Die zweite Liste – mit „MSL #34“, „2018b“ oder „2018.v2“ adressierbar – wurde Anfang des nächsten Jahres (Feb. 2019) ratifiziert. In den Folgejahren gab es bisher jeweils genau ein grundsätzliches Release bzw. eine dem jeweiligen Release zugeordnete „Master Species List“. Zu jeder grundsätzlichen, Release-gebundenen „Master Species List“-Datei gibt es eine oder mehrere Dateien, die die konkreten Informationen enthalten und ggf. aktualisierten Versionen darstellen. Die grundsätzlichen „Master Species List“-Dateien und konkreten Versionen stehen an verschiedenen Orten:

„Master Species Lists“ – grundsätzliche, Release-gebundene Tabellen-Dateien: https://talk.ictvonline.org/files/master-species-lists/
„Virus Metadata Resource“ – konkrete, aktualisierte Tabellen-Dateien: https://talk.ictvonline.org/taxonomy/vmr/

Unter „Virus Metadata Resource“ konnte ich 17 Tabellen-Dateien finden, die ich eingehend untersucht habe.

Untersuchung der 17 letzten Versionen[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Mindestens von September bis Oktober 2021 konnten (oder können) unter https://talk.ictvonline.org/taxonomy/vmr genau 17 Versionen von taxonomischen Listen gefunden werden, die sich auf das Konzept „Master Species List“ (MSL) beziehen. Diese 17 Listen, die sämtlich als MS-Excel-Dateien formatiert waren (oder sind), hatte ich mir im September 2021 heruntergeladen.

Als Versionsnummer jeder Liste wurde im Web auf der Übersichtsseite (https://talk.ictvonline.org/taxonomy/vmr), bzw. auch auf jeder einzelnen Downloadseite, das jeweilige Kalenderdatum angegeben. Die heruntergeladenen Dateien trugen im Namen ebenfalls ein Datum; die Benennung der Dateien erfolgte aber nicht ganz einheitlich. So wurde im Allgemeinen ein sechsstelliges Tag-Monat-Jahr-Format verwendet, aber in mindestens einem Fall nicht. Deshalb habe ich für jede Datei (bzw. für jeder Version) einen Sortierschlüssel aus vier Teilen vergeben, um sie besser zuordnen zu können. Ich habe aus den Excel-Tabellen den jeweiligen „Coronaviridae-Bereich“ heraus kopiert und genauer untersucht.

Durch den Vergleich aller 17 Versionen habe ich festgestellt, dass der entscheidende Unterschied für die Einordnung von SARS-CoV-2 derjenige ist, der zwischen zwei benachbarten Listen-Versionen besteht. Die letzte Version ohne Erwähnung von SARS-CoV-2 datiert vom Ende des Jahres 2019 (27. Nov. 2019) und ihre Nachfolger-Version, in welcher SARS-CoV-2 erstmalig erwähnt wird, datiert von Anfang des Jahres 2020 (1. Mai 2020)

Für die ältesten vier Versionen (Aug. 2017 bis Jan. 2018) wurden vom ICTV keine Nummern für die sogenannte „Master Spezies List“ (MSL) angegeben, für die späteren 13 Versionen (März 2018 bis Juli 2021) wurden die „Master Species List“-Nummern 32 bis 36 verwendet. Für drei Versionen wurde MSL #32 angegeben (März bis Juli 2018), für eine Version MSL #33 (Dez. 2018), für fünf Versionen MSL #34 (März bis Nov. 2019), für zwei Version MSL #35 (Mai bis Aug. 2020) und für zwei Versionen MSL #36 (Mai bis Juli 2021). Während die „Master Spezies List“-Nummern der acht Versionen vor 2019 nicht eineindeutig einem Kalenderjahr zugeordnet wurden, folgen die „Master Spezies List“-Nummern der bisherigen neun Versionen ab 2019 jeweils genau einem Kalenderjahr (MSL34↔2019; MSL35↔2020; MSL36↔2021).

Ich habe die Versionen nach den ersten genaueren Untersuchungen als drei Böcke betrachtet: ◆ Vor 2019, ◆ In 2019 und ◆ Nach 2019.

◆ Vor 2019 gab es unterschiedliche Tabellenstrukturen. Anfangs wurde für jede Gattung eine Typ-Spezies angegeben („Type species“) und weiterhin wurde der Tabellenbereich für die einzelnen Isolate zu den Spezies vom Bereich der Taxa abgetrennt und durch die Spalte „Exemplar“ angeführt. Im Jahr 2018 wurde die alte Rubrik „Exemplar“ auf „Exemplar or Additional“ geweitet, um prinzipiell weitere Isolate und Stämme innerhalb einer Spezies aufnehmen können. Eine Version (Mai 2018) enthielt sowohl die Spalte „Type species“ (für die Angabe einer Typart zur jeweiligen Gattung) als auch die Spalte „Exemplar or Additional“ (zur Angabe von „E“ oder „A“ für das exemplarische Isolat bzw. weitere Isolate). Ab Juli 2018 taucht die Spalte „Type species“ nicht mehr auf. Im Zeitraum vor 2019 können Fehler gefunden werden, so sind z. B. Einträge in Zellen der Spalte „subfamiliy“ (Text „Coronavirinae“) in mehreren Versionen um eine Zeile verschoben anzutreffen.

Die Spezies, um die es hier geht, hieß sowohl in der ersten Version (Aug. 2017) als auch in der letzten (Dez. 2018) des betrachteten Zeitraums Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus. Das Taxon selbst wurde im Spaltenkopf mal als „species“ und mal als „Species“ geschrieben. Die Einordnung erfolgte in das „genus“ bzw. „Genus“ Betacoronavirus. Für das „exemplarische Virus“ ist in beiden Fällen in der Zeile mit der Spezies ein „E“ eingetragen worden, entweder in der Spalte „Exemplar“ oder in der Spalte „Exemplar (E) or additional isolate (A)“. In beiden Versionen wurden dieselben Sequenz-Zugriffsnummern angegeben („AY274119“ und „NC_004718“ in den Spalten „Virus GENBANK accession“ bzw. „Virus REFSEQ accession“) und es wurde dieseIbe Isolatbezeichnung verwendet („TOR2“ in der Spalte „Virus designation“ bzw. in der Spalte „Virus isolate designation“). Auch die beiden Abkürzungen „SARSCoV“ [Aug. 2017, Spalte „Virus name abbreviation(s)“] und „SARS-CoV“ [Dez. 2018, Spalte „Virus name abbreviation (s)“] ähneln sich. Der vollständige Namen für das Virus könnte also „severe acute respiratory syndrome coronavirus“ lauten, wenn man sich die beiden Abkürzungen und die anderen Angaben zum Isolat ansieht, es wurde aber in beiden Versionen „severe acute respiratory syndrome-related coronavirus“ als vollständiger Namen verwendet [Aug. 2017: Spalte „Virus name(s)“; Dez. 2018: Spalte „Virus name (s)“].

◆ In 2019 wurde in der ersten Version (März 2019) gegenüber der letzte Version des vorhergehenden Jahres (Dez. 2018) eine Art „Primarschlüssel“ eingefügt, der aus zwei Spalten bestand: „Species sort“ und „Isolate sort“. Alle fünf Versionen in 2019 beziehen sich auf die „Master Species List #34“ (MSL34). Die Tabellenstrukturen der ersten und der letzten (5.) Version im Jahr 2019 bzw. bezüglich MSL34 sind nahezu identisch; die letzte Version (Nov. 2019) hat lediglich eine Spalte mehr („Host/Source“), die die erste Version (März 2019) nicht hat. Inhaltlich wurden keine augenscheinlichen Unterschiede zwischen den fünf Versionen hinsichtlich der 39 Zeilen zur „Family Coronaviridae“ gefunden.

Das „Genus Betacoronavirus“ hat in allen fünf Versionen 12 Zeilen, die 12 Spezies (Spalte „Species“) enthalten und in 5 Untergattungen bzw. Subgenera (Spalte „Subgenus“) vorkommen. Für die erste und letzte (5.) Version im Jahr 2019 habe ich zudem geprüft, dass die Anzahlen der vorkommenden Taxa innerhalb der Coronaviridae gleich ist: „Family“: 1 (Coronaviridae); „Subfamily“: 2 (Letovirinae; Orthocoronavirinae); „Genus“: 5 (Alphaletovirus .. Gammacoronavirus); „Subgenus“:24 (Milecovirus .. Igacovirus); „Species“: 39 (Microhyla letovirus 1 .. Avian coronavirus). Die Spalte „Exemplar or additional isolate“ wurde in allen 39 Zeilen mit „E“: und nicht mit „A“ ausgefüllt.

Für die jeweils einzelne Zeile mit der hier relevanten Spezies wurden in allen fünf Versionen in 2019 dieselben Werte gefunden: „Species“: „Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus“; „Exemplar or additional isolate“: „E“; „Virus name(s)“: „severe acute respiratory syndrome-related coronavirus“; „Virus name abbreviation(s)“: „SARS-CoV“; „Virus isolate designation“: „TOR2“; „Virus GENBANK accession“: „AY274119“; „Virus REFSEQ accession“: „NC_004718“;

◆ Nach 2019 wurde als Zeitraum für das erste Auftreten von SARS-CoV-2 in den taxonomischen Listen gefunden. Die vier Versionen, zwei mit der Kennung MSL35 (Mai und Aug. 2020) und zwei mit der Kennung MSL36 (Mai und Juli 2021), unterscheiden sich de facto nicht innerhalb der jeweils 49 Zeilen zu „Family Coronaviridae“. Der große Unterschied hinsichtlich der Zeilen zu „Family Coronaviridae“ in den vier Versionen ab 2020 gegenüber den Versionen davor besteht darin, dass mehrere Zeilen für eine einzelne Spezies verwendet wurden, nämlich für Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus.

Die 49 Zeilen zu „Family Coronaviridae“ waren in jeder Version mit 17 Zeilen zu „Genus Betacoronavirus“ vertreten. Die 17 Zeilen zur Gattung Betacoronavirus (Spalte „Genus“) enthielten in allen vier Versionen jeweils insgesamt fünf Subgenera (bzw. fünf Untergattungen, Spalte „Subgenus“), 14 taxonomischen Spezies (Spalte „Species“) und 17 Virus-Isolate. Von diesen 17 Virus-Isolaten waren in jeder Version 14 mit „E“ und drei mit „A“ in der Spalte „Exemplar or additional isolate“ gekennzeichnet, also in derjenigen Rubrik, welche eine von zwei Möglichkeiten der Beziehung des Isolats hinsichtlich der zugehörigen Spezies präsentieren soll.

Taxa, Ränge und Anzahlen innerhalb von 49 Coronaviridae-Zeilen: „Family“: 1 (Coronaviridae); „Subfamily“: 2 (Letovirinae; Orthocoronavirinae); „Genus“: 5 (Alphaletovirus; ...; Gammacoronavirus); „Subgenus“: 26 (Milecovirus; ...; Igacovirus); „Species“: 46 (Microhyla letovirus 1; ...; Duck coronavirus 2714).

Einzelne Viren (Virus-Isolate), Einordnung bezüglich der zugeordneten Spezies innerhalb von 49 Coronaviridae-Zeilen: „Exemplar or additional isolate“ – {E: 46; A: 3}.

Vergleich, davor und danach[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Seit 2020 werden also 46 taxonomische Spezies innerhalb der Familie Coronaviridae gelistet, wobei bisher für genau eine Spezies mehrere Virusisolate angegeben werden, während für die anderen 45 Spezies jeweils nur ein Virus-Isolat angegeben wird. Im Gegensatz dazu wurde vor 2020 für jede taxonomische Spezies innerhalb der Familie Coronaviridae genau ein Virus-Isolat angegeben.

Man kann die Angaben, die vor der Registrierung von SARS-CoV-2 gemacht wurden („Davor“-Versionen), mit jenen Angaben vergleichen, die nach der Einordnung dieses Virus in entsprechenden Listen auftauchen („Danach“-Versionen). Dabei stellt man fest, dass für einen solchen Vergleich

für die Zeit „davor“ – also vor dem Ausbruch der Seuche und der Benennung des Verursachers – nur eine, nämlich die letzte Version ohne SARS-CoV-2, relevant ist (Nov. 2019),
während für die Zeit „danach“ – also nach Ausbruch der Seuche und der Benennung des Verursachers – alle vier bisherigen Versionen von Listen mit SARS-CoV-2 in Frage kommen (Mai; Aug. 2020; Mai; Juli 2021).

Die vier bisherigen „Danach“-Versionen unterscheiden sich – zumindest thematisch betrachtet – inhaltlich kaum voneinander. Es gibt nur wenige Unterschiede in jenem Bereich von 49 Zeilen, der innerhalb der „Danach“-Versionen die Familie Coronaviridae abbildet. Die erste „Danach“-Version (Mai 2020) enthielt noch nicht alle Referenzsequenzen von Genomen (Spalte „Virus REFSEQ accession“) und für eine Spezies (Spalte „Species“: „Pipistrellus kuhlii coronavirus 3398“) fehlten die Angaben für das entsprechende Isolat. Die folgenden drei „Danach“-Version (Aug. 2020; Mai 2021; Juli 2021) unterscheiden sich im 49-Zeilen-Bereich der Familie Coronaviridae lediglich in den Index-Nummern der beiden Sortierspalten („Species Sort“, „Isolate Sort“), aber nicht in allen anderen Angaben. Somit wäre gegenwärtig die zweite „Danach“-Version (Aug. 2020) die erste, die sich für einen direkten Vergleich mit der letzten „Davor-Version“ (Nov. 2019) anböte.

x – a b – y

Z[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Vierteiliger Sortierschlüssel für die 17 taxonomischen Listen:

Eigentlicher Sortierschlüssel, Muster (RegEx): „m/S\d{5,5}“ – „S“ für Sortierschlüssel (Sortkey) und Angabe einer fünfstelligen Nummer; die aus der vier- bis fünfstellige Nummer in der URL: „... talk.ictvonline.org/taxonomy/vmr/m/vmr-file-repository/{Nummer}“ abgeleitet und dazu ggf. mit einer führenden „0“ aufgefüllt wurde.
Datum, Muster: „_YYYY-MM-DD“ – Kalenderdatum der jeweiligen Version als „Jahr-Monat-Tag“.
Listennummer, Muster (RegEx): „m/_(MSL3[2-6]|noMSL)/“ – Angabe von „Master Species List“ (MSL), Nummern 32 bis 36, oder von „noMSL“, wenn am Webort keine Nummer angegeben wurde.
Monat, Muster: „-Mon“ – Angabe des Monats als abgekürztes englisches Wort.

a[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Tabelle mit „Virus Metadata Repository“-Angaben, Download-Orten und Dateinamen:

Sortierschlüssel	Beschriftung, Virus Metadata Repository...	Weborte für die einzelnen Downloads, https...	Dateinamen
S13175_2021-07-20.MSL36-Jul	Virus Metadata Repository: version July 20, 2021; MSL36	https://talk.ictvonline.org/taxonomy/vmr/m/vmr-file-repository/13175	VMR 200721 MSL36.xlsx
S12323_2021-05-18.MSL36-May	Virus Metadata Repository: version May 18, 2021; MSL36	https://talk.ictvonline.org/taxonomy/vmr/m/vmr-file-repository/12323	VMR 180521 MSL36.xlsx
S10312_2020-08-01.MSL35-Aug	Virus Metadata Repository: version August 1, 2020; MSL35	https://talk.ictvonline.org/taxonomy/vmr/m/vmr-file-repository/10312	VMR 010820 MSL35.xlsx
S09603_2020-05-01.MSL35-May	Virus Metadata Repository: version May 1, 2020; MSL35	https://talk.ictvonline.org/taxonomy/vmr/m/vmr-file-repository/9603	VMR 010520 MSL35.xlsx
S09341_2019-11-27.MSL34-Nov	Virus Metadata Repository: version November 27, 2019; MSL34	https://talk.ictvonline.org/taxonomy/vmr/m/vmr-file-repository/9341	VMR 271119 34.xlsx
S09234_2019-09-09.MSL34-Sep	Virus Metadata Repository: version September 9, 2019; MSL34	https://talk.ictvonline.org/taxonomy/vmr/m/vmr-file-repository/9234	VMR 160919 MSL34.xlsx
S08287_2019-06-01.MSL34-Jun	Virus Metadata Repository: version June 1, 2019; MSL34	https://talk.ictvonline.org/taxonomy/vmr/m/vmr-file-repository/8287	VMR 190601 MSL34.xlsx
S08284_2019-05-19.MSL34-May	Virus Metadata Repository: version May 19, 2019; MSL34	https://talk.ictvonline.org/taxonomy/vmr/m/vmr-file-repository/8284	VMR 190519 MSL34.xlsx
S08277_2019-03-22.MSL34-Mar	Virus Metadata Repository: version March 22, 2019; MSL34	https://talk.ictvonline.org/taxonomy/vmr/m/vmr-file-repository/8277	VMR 220319 MSL34.xlsx
S08011_2018-12-20.MSL33-Dec	Virus Metadata Repository: version December 20, 2018; MSL33	https://talk.ictvonline.org/taxonomy/vmr/m/vmr-file-repository/8011	VMR 201218 MSL33.xlsx
S07466_2018-07-20.MSL32-Jul	Virus Metadata Repository: version July 20, 2018; MSL32	https://talk.ictvonline.org/taxonomy/vmr/m/vmr-file-repository/7466	VMR 200718 MSL32.xlsx
S07235_2018-05-11.MSL32-May	Virus Metadata Repository: version May 11, 2018; MSL32	https://talk.ictvonline.org/taxonomy/vmr/m/vmr-file-repository/7235	VMR 110518.MSL32.xlsx
S07187_2018-03-21.MSL32-Mar	Virus Metadata Repository: version March 21, 2018; MSL32	https://talk.ictvonline.org/taxonomy/vmr/m/vmr-file-repository/7187	VMR-210318.MSL32.xlsx
S07096_2018-01-29.noMSL-Jan	Virus Metadata Repository: version January 29, 2018	https://talk.ictvonline.org/taxonomy/vmr/m/vmr-file-repository/7096	VMR 290118.xlsx
S07087_2018-01-03.noMSL-Jan	Virus Metadata Repository: version January 3, 2018	https://talk.ictvonline.org/taxonomy/vmr/m/vmr-file-repository/7087	VMR 030118.xlsx
S07019_2017-11-08.noMSL-Nov	Virus Metadata Repository: version November 8, 2017	https://talk.ictvonline.org/taxonomy/vmr/m/vmr-file-repository/7019	VMR 081117.xlsx
S07012_2017-08-01.noMSL-Aug	Virus Metadata Repository: version August 1, 2017	https://talk.ictvonline.org/taxonomy/vmr/m/vmr-file-repository/7012	VMR.v010817.xlsx

b[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Tabelle mit den unterschiedlichen Kalenderdatums-Formaten in den Namen heruntergeladener Dateien:

Sortierschlüssel	Lfd. Nr.	Dateinamen	Datums-Format für die Versionsangabe im Dateinamen
S13175_2021-07-20.MSL36-Jul	17	VMR 200721 MSL36.xlsx	DDMMYY
S12323_2021-05-18.MSL36-May	16	VMR 180521 MSL36.xlsx	DDMMYY
S10312_2020-08-01.MSL35-Aug	15	VMR 010820 MSL35.xlsx	DDMMYY
S09603_2020-05-01.MSL35-May	14	VMR 010520 MSL35.xlsx	DDMMYY
S09341_2019-11-27.MSL34-Nov	13	VMR 271119 34.xlsx	DDMMYY
S09234_2019-09-09.MSL34-Sep	12	VMR 160919 MSL34.xlsx	DDMMYY; spätere Angabe eines Datums im Dateinamen als für das Versionsdatum in der Beschreibung (7 Tage Unterschied)
S08287_2019-06-01.MSL34-Jun	11	VMR 190601 MSL34.xlsx	YYMMDD; einzige Version mit eindeutiger Datumsangabe in genau diesem Format
S08284_2019-05-19.MSL34-May	10	VMR 190519 MSL34.xlsx	DDMMYY oder YYMMDD; das Format lässt sich nicht genau ableiten, da "19" auf das Jahr und den Tag zutrifft
S08277_2019-03-22.MSL34-Mar	9	VMR 220319 MSL34.xlsx	DDMMYY
S08011_2018-12-20.MSL33-Dec	8	VMR 201218 MSL33.xlsx	DDMMYY
S07466_2018-07-20.MSL32-Jul	7	VMR 200718 MSL32.xlsx	DDMMYY
S07235_2018-05-11.MSL32-May	6	VMR 110518.MSL32.xlsx	DDMMYY
S07187_2018-03-21.MSL32-Mar	5	VMR-210318.MSL32.xlsx	DDMMYY
S07096_2018-01-29.noMSL-Jan	4	VMR 290118.xlsx	DDMMYY
S07087_2018-01-03.noMSL-Jan	3	VMR 030118.xlsx	DDMMYY
S07019_2017-11-08.noMSL-Nov	2	VMR 081117.xlsx	DDMMYY
S07012_2017-08-01.noMSL-Aug	1	VMR.v010817.xlsx	DDMMYY

c[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Tabelle mit den Beschreibungen der einzelnen Inhalte im Überblick:

Sortierschlüssel	Lfd. Nr.	Dateinamen	Inhalt
S13175_2021-07-20.MSL36-Jul	17	VMR 200721 MSL36.xlsx	Für MSL36, 2. Version („VMR 200721 MSL36.xlsx“). „Coronaviridae“: 49 Zeilen; „Betacoronavirus“: 17 Zeilen. „Statistik“ für die Betacoronavirus-Zeilen: „Subgenus“: 5; „Species“: 14; „Exemplar or additional isolate“: 17; „E“: 14; „A“: 3. „Statistik“ für die Coronaviridae-Zeilen: „Family„ (Coronaviridae ): 1; „Subfamily„ (Letovirinae; Orthocoronavirinae): 2; „Genus„ (Alphaletovirus .. Gammacoronavirus): 5; „Subgenus„ (Milecovirus .. Igacovirus): 26; „Species„ (Microhyla letovirus 1 .. Duck coronavirus 2714): 46; „Exemplar or additional isolate„ – E: 46; A: 3.
S12323_2021-05-18.MSL36-May	16	VMR 180521 MSL36.xlsx	Für MSL36, 1. Version („VMR 180521 MSL36.xlsx“). „Coronaviridae“: 49 Zeilen; „Betacoronavirus“: 17 Zeilen. „Statistik“ für die Betacoronavirus-Zeilen: „Subgenus“: 5; „Species“: 14; „Exemplar or additional isolate“: 17; „E“: 14; „A“: 3. „Statistik“ für die Coronaviridae-Zeilen: „Family„ (Coronaviridae ): 1; „Subfamily„ (Letovirinae; Orthocoronavirinae): 2; „Genus„ (Alphaletovirus .. Gammacoronavirus): 5; „Subgenus„ (Milecovirus .. Igacovirus): 26; „Species„ (Microhyla letovirus 1 .. Duck coronavirus 2714): 46; „Exemplar or additional isolate„ – E: 46; A: 3.
S10312_2020-08-01.MSL35-Aug	15	VMR 010820 MSL35.xlsx	Für MSL35, 2. (letzte) Version („VMR 010820 MSL35.xlsx“). „Coronaviridae“: 49 Zeilen; „Betacoronavirus“: 17 Zeilen. „Statistik“ für die Betacoronavirus-Zeilen: „Subgenus“: 5; „Species“: 14; „Exemplar or additional isolate“: 17; „E“: 14; „A“: 3. „Statistik“ für die Coronaviridae-Zeilen: „Family„ (Coronaviridae ): 1; „Subfamily„ (Letovirinae; Orthocoronavirinae): 2; „Genus„ (Alphaletovirus .. Gammacoronavirus): 5; „Subgenus„ (Milecovirus .. Igacovirus): 26; „Species„ (Microhyla letovirus 1 .. Duck coronavirus 2714): 46; „Exemplar or additional isolate„ – E: 46; A: 3.
S09603_2020-05-01.MSL35-May	14	VMR 010520 MSL35.xlsx	Für MSL35, 1. Version („VMR 010520 MSL35.xlsx“). „Coronaviridae“: 49 Zeilen; „Betacoronavirus“: 17 Zeilen. „Statistik“ für die Betacoronavirus-Zeilen: „Subgenus“: 5; „Species“: 14; „Exemplar or additional isolate“: 17; „E“: 14; „A“: 3. „Statistik“ für die Coronaviridae-Zeilen: „Family„ (Coronaviridae ): 1; „Subfamily„ (Letovirinae; Orthocoronavirinae): 2; „Genus„ (Alphaletovirus .. Gammacoronavirus): 5; „Subgenus„ (Milecovirus .. Igacovirus): 26; „Species„ (Microhyla letovirus 1 .. Duck coronavirus 2714): 46; „Exemplar or additional isolate„ – E: 46; A: 3.
S09341_2019-11-27.MSL34-Nov	13	VMR 271119 34.xlsx	Für MSL34, 5. (letzte) Version („VMR 271119 34.xlsx“): „Coronaviridae“: 39 Zeilen; „Betacoronavirus“: 12 Zeilen. „Statistik“ für die Betacoronavirus-Zeilen: „Subgenus“: 5; „Species“: 12; „Exemplar or additional isolate“: 12; „E“: 12; „A“: 0. „Statistik“ für die Coronaviridae-Zeilen: „Family„ (Coronaviridae ): 1; „Subfamily„ (Letovirinae; Orthocoronavirinae): 2; „Genus„ (Alphaletovirus .. Gammacoronavirus): 5; „Subgenus„ (Milecovirus .. Igacovirus): 24; „Species„ (Microhyla letovirus 1 .. Avian coronavirus): 39; „Exemplar or additional isolate„ – E: 39; A: 0.
S09234_2019-09-09.MSL34-Sep	12	VMR 160919 MSL34.xlsx	Für MSL34, 4. Version („VMR 160919 MSL34.xlsx“): „Coronaviridae“: 39 Zeilen; „Betacoronavirus“: 12 Zeilen. „Statistik“ für die Betacoronavirus-Zeilen: „Subgenus“: 5; „Species“: 12; „Exemplar or additional isolate“: 12; „E“: 12; „A“: 0.
S08287_2019-06-01.MSL34-Jun	11	VMR 190601 MSL34.xlsx	Für MSL34, 3. Version („VMR 190601 MSL34.xlsx“): „Coronaviridae“: 39 Zeilen; „Betacoronavirus“: 12 Zeilen. „Statistik“ für die Betacoronavirus-Zeilen: „Subgenus“: 5; „Species“: 12; „Exemplar or additional isolate“: 12; „E“: 12; „A“: 0.
S08284_2019-05-19.MSL34-May	10	VMR 190519 MSL34.xlsx	Für MSL34, 2. Version („VMR 190519 MSL34.xlsx“): „Coronaviridae“: 39 Zeilen; „Betacoronavirus“: 12 Zeilen. „Statistik“ für die Betacoronavirus-Zeilen: „Subgenus“: 5; „Species“: 12; „Exemplar or additional isolate“: 12 – “E“: 12; „A“: 0.
S08277_2019-03-22.MSL34-Mar	9	VMR 220319 MSL34.xlsx	Für MSL34, 1. Version („VMR 220319 MSL34.xlsx“): „Coronaviridae“: 39 Zeilen; „Betacoronavirus“: 12 Zeilen. „Statistik“ für die Betacoronavirus-Zeilen: „Subgenus“: 5; „Species“: 12; „Exemplar or additional isolate“: 12 – “E“: 12; „A“: 0. „Statistik“ für die Coronaviridae-Zeilen: „Family„: 1; „Subfamily„: 2; „Genus„: 5; „Subgenus„: 24; „Species„: 39; „Exemplar or additional isolate„ – E: 39; A: 0.
S08011_2018-12-20.MSL33-Dec	8	VMR 201218 MSL33.xlsx	Änderung von Anzahlen: Coronaviridae-Zeilen: 39; Betacoronavirus-Zeilen: 12. Für Betacoronavirus werden 12 „species“ angegeben, die Rubrik „Type species“ wird nicht aufgeführt. Die Rubrik „Exemplar (E) or additional isolate (A)“ enthält für die Coronaviridae-Zeilen ausschließlich „E“.
S07466_2018-07-20.MSL32-Jul	7	VMR 200718 MSL32.xlsx	Änderung der Typ-kennzeichnenden Rubriken. Der Fehler wurde korrigiert (Zeilen für Coronavirinae-Einträge in „subfamiliy“). Coronaviridae-Zeilen: 39; Betacoronavirus-Zeilen: 9. Für Betacoronavirus werden 9 „species“ angegeben, die Rubrik „Type species“ wird nicht mehr aufgeführt. Die alte Rubrik „Exemplar“ wurde bereits in der Vorversion auf „Exemplar or Additional“ geweitet, aber für die 39 Coronaviridae-Zeilen wurde nur „E“ angewendet (kein „A“).
S07235_2018-05-11.MSL32-May	6	VMR 110518.MSL32.xlsx	Änderung der Typ-kennzeichnenden Rubriken. Kein offensichtlicher inhaltlicher Unterschied zur Vorgänger-Version; gleicher Fehler wie dort (verutschte Zeilen für Coronavirinae-Einträge in „subfamiliy“). Typ-kennzeichnende Spalten: „Exemplar or additional isolate“ (keine Spalte „Type species“). Typ-kennzeichnende Spalten: „Type species“ (letztmalig) und „Exemplar or Additional“ (erstmalig, statt nur „Exemplar „). Für das „genus Betacoronavirus„: „Type species Murine coronavirus„. Es ist genau eine Zeile für die hier relevante Spezies vorhanden, „VMR 110518.MSL32.xlsx“: {... „species„: „Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus„; „Type species„: „0“; —/leere Spalte/— “Exemplar or Additional„: „E“; „Virus name(s)„: „severe acute respiratory syndrome-related coronavirus“; „Virus name abbreviation(s)„: „SARSCoV“; „Virus GENBANK accession„: „AY274119“; „Virus REFSEQ accession„: „NC_004718“; „Virus sequence complete„: „Complete genome“; „Virus designation„: „TOR2“; „SG Apprv„: „0“; „sort„: „1“}.
S07187_2018-03-21.MSL32-Mar	5	VMR-210318.MSL32.xlsx	Dem Wesen nach kein offensichtlicher Unterschied zur Vorgänger-Version. Allerdings wurde ein Fehler gefunden: In der Spalte „subfamiliy“ sind die Coronavirinae-Einträge um eine Zeile verrutscht.
S07096_2018-01-29.noMSL-Jan	4	VMR 290118.xlsx	Kein offensichtlicher Unterschied zur Vorgänger-Version.
S07087_2018-01-03.noMSL-Jan	3	VMR 030118.xlsx	Kein offensichtlicher Unterschied zur Vorgänger-Version.
S07019_2017-11-08.noMSL-Nov	2	VMR 081117.xlsx	Kein offensichtlicher Unterschied zur Vorgänger-Version.
S07012_2017-08-01.noMSL-Aug	1	VMR.v010817.xlsx	Coronaviridae-Zeilen: 39; Betacoronavirus-Zeilen: 9. Für Betacoronavirus werden 9 „species“ angegeben. Die „Type species“ soll „Murine coronavirus„ sein. Die Rubrik „Exemplar“, „E“ gibt es bereits. „A“, wie „additional isolate“, wurde noch nicht angewendet.

Tabellen u. a. Material[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Tabellenausschnitt aus „VMR 010820 MSL35.xlsx“
A	B	O	P	Q	R	S	T	U	V	W
4989	1	Betacoronavirus	Merbecovirus	Middle East respiratory syndrome-related coronavirus	E	Middle East respiratory syndrome-related coronavirus	MERS-CoV	HCoV-EMC	JX869059	NC_019843
4995	1	Betacoronavirus	Sarbecovirus	Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus	E	severe acute respiratory syndrome coronavirus	SARS-CoV	Tor2	AY274119	NC_004718
4995	2	Betacoronavirus	Sarbecovirus	Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus	A	severe acute respiratory syndrome-related coronavirus	SARSr-CoV	BtKY72	KY352407
4995	3	Betacoronavirus	Sarbecovirus	Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus	A	severe acute respiratory syndrome coronavirus 2	SARS-CoV-2	Wuhan-Hu-1	MN908947	NC_045512
4995	4	Betacoronavirus	Sarbecovirus	Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus	A	SARS coronavirus	SARS-CoV	PC4-227	AY613950

d[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Aus "VMR 010820 MSL35.xlsx"

Verkürzte Spalten-Beschriftungen:

E or A isol. = Exemplar or additional isolate
Name(s) = Virus name(s)
Name abbr. = Virus name abbreviation(s)
Isolate design. = Virus isolate designation
GENBANK acc. = Virus GENBANK accession
REFSEQ acc. = Virus REFSEQ accession

Species Sort	Isolate Sort	Genus	Subgenus	Species	E or A isol.	Name(s)	Name abbr.	Isolate design.	GENBANK acc.	REFSEQ acc.
4982	1	Betacoronavirus	Embecovirus	Betacoronavirus 1	E	human coronavirus OC43	HCoV_OC43	ATCC VR-759	AY585228	NC_006213
4983	1	Betacoronavirus	Embecovirus	China Rattus coronavirus HKU24	E	betacoronavirus HKU24	ChRCoV_HKU24	HKU24-R05005I	KM349742	NC_026011
4984	1	Betacoronavirus	Embecovirus	Human coronavirus HKU1	E	human coronavirus HKU1	HCoV_HKU1	HKU1	AY597011	NC_006577
4985	1	Betacoronavirus	Embecovirus	Murine coronavirus	E	murine hepatitis virus	MHV	A59	AY700211	NC_048217
4986	1	Betacoronavirus	Embecovirus	Myodes coronavirus 2JL14	E	Myodes rufocanus vole coronavirus 2/JL2014	MrufCoV_2JL14		KY370046	NC_046954
4987	1	Betacoronavirus	Hibecovirus	Bat Hp-betacoronavirus Zhejiang2013	E	bat Hp-betacoronavirus/Zhejiang2013	Bat_Hp-BetaCoV	Zhejiang2013	KF636752	NC_025217
4988	1	Betacoronavirus	Merbecovirus	Hedgehog coronavirus 1	E	hedgehog coronavirus 1	EriCoV	2012-174/GER/2012	KC545383	NC_039207
4989	1	Betacoronavirus	Merbecovirus	Middle East respiratory syndrome-related coronavirus	E	Middle East respiratory syndrome-related coronavirus	MERS-CoV	HCoV-EMC	JX869059	NC_019843
4990	1	Betacoronavirus	Merbecovirus	Pipistrellus bat coronavirus HKU5	E	pipistrellus bat coronavirus HKU5	Pi-BatCoV_HKU5	LMH03f	EF065509	NC_009020
4991	1	Betacoronavirus	Merbecovirus	Tylonycteris bat coronavirus HKU4	E	tylonycteris bat coronavirus HKU4	Ty-BatCoV-HKU4	B04f	EF065505	NC_009019
4992	1	Betacoronavirus	Nobecovirus	Eidolon bat coronavirus C704	E	Eidolon helvum bat coronavirus CMR704-P12	Ei-BatCoV_C704		MG693168	NC_048212
4993	1	Betacoronavirus	Nobecovirus	Rousettus bat coronavirus GCCDC1	E	rousettus bat coronavirus	Ro-BatCoV_GCCDC1	GCCDC1 356	KU762338	NC_030886
4994	1	Betacoronavirus	Nobecovirus	Rousettus bat coronavirus HKU9	E	rousettus bat coronavirus HKU9	Ro-BatCoV_HKU9	BF_005I	EF065513	NC_009021
4995	1	Betacoronavirus	Sarbecovirus	Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus	E	severe acute respiratory syndrome coronavirus	SARS-CoV	Tor2	AY274119	NC_004718
4995	2	Betacoronavirus	Sarbecovirus	Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus	A	severe acute respiratory syndrome-related coronavirus	SARSr-CoV	BtKY72	KY352407
4995	3	Betacoronavirus	Sarbecovirus	Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus	A	severe acute respiratory syndrome coronavirus 2	SARS-CoV-2	Wuhan-Hu-1	MN908947	NC_045512
4995	4	Betacoronavirus	Sarbecovirus	Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus	A	SARS coronavirus	SARS-CoV	PC4-227	AY613950

Zusätzliches Material[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

z[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Entwurf einer Tabelle[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Familie					Virus E/ A: „Exemplar or additional isolate“ – Exemparisches Isolat für die Spezies oder zusätzliches Isolat; Abgekürzter Name für das Virus; Bezeichnung des Virus-Isolats.
	Unterfamilie
		Gattung
			Untergattung
				Spezies
					E/ A	Abgekürzter Name	Isolat
Coronaviridae

	Letovirinae

		Alphaletovirus
			Milecovirus
				Microhyla letovirus 1
					E	MLeV

	Orthocoronavirinae

		Alphacoronavirus
			Decacovirus
				Bat coronavirus HKU10
					E	BtCoV HKU10	183A
				…

			Duvinacovirus
				Human coronavirus 229E
					E	HCoV_229E	229E

			Setracovirus
				Human coronavirus NL63
					E	HCoV_NL63	Amsterdam I

				NL63-related bat coronavirus strain BtKYNL63-9b
					E	BtKYNL63	BtKYNL63-9b
				…

			Tegacovirus
				Alphacoronavirus 1
					E	TGEV	PUR46-MAD
			…

		Betacoronavirus
			Embecovirus
				Betacoronavirus 1
					E	HCoV_OC43	ATCC VR-759

				Human coronavirus HKU1
					E	HCoV_HKU1	HKU1

			Hibecovirus
				Bat Hp-betacoronavirus Zhejiang2013
					E	Bat_Hp-BetaCoV	Zhejiang2013

			Merbecovirus
				Hedgehog coronavirus 1
					E	EriCoV	2012-174/GER/2012

				Middle East respiratory syndrome-related coronavirus
					E	MERS-CoV	HCoV-EMC

				Pipistrellus bat coronavirus HKU5
					E	Pi-BatCoV_HKU5	LMH03f

				Tylonycteris bat coronavirus HKU4
					E	Ty-BatCoV-HKU4	B04f

			Nobecovirus
				Eidolon bat coronavirus C704
					E	Ei-BatCoV_C704
				…

			Sarbecovirus
				Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus
					E	SARS-CoV	Tor2

					A	SARS-CoV	PC4-227

					A	SARSr-CoV	BtKY72

					A	SARS-CoV-2	Wuhan-Hu-1

		Deltacoronavirus
			Andecovirus
				Wigeon coronavirus HKU20
					E	WiCoV_HKU20	9243
			…

		Gammacoronavirus
			Brangacovirus
				Goose coronavirus CB17
					E	BcanCoV_CB17
			…

Kopie - nicht weiterbearbeitet[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Tabelle mit den Kalenderdatums-Formaten und Eigenschaften

Sortierschlüssel	Dateinamen	Kalenderformat	Inhalt
S13175_2021-07-20.MSL36-Jul	VMR 200721 MSL36.xlsx	DDMMYY	Für MSL36, 2. Version ("VMR 200721 MSL36.xlsx"). „Coronaviridae“: 49 Zeilen; „Betacoronavirus“: 17 Zeilen. Statistik für die Betacoronavirus-Zeilen: „Subgenus“: 5; „Species“: 14; „Exemplar or additional isolate“: 17; „E“: 14; „A“: 3. Statistik für die Coronaviridae-Zeilen: „Family“ (Coronaviridae ): 1; „Subfamily“ (Letovirinae; Orthocoronavirinae): 2; „Genus“ (Alphaletovirus .. Gammacoronavirus): 5; „Subgenus“ (Milecovirus .. Igacovirus): 26; „Species“ (Microhyla letovirus 1 .. Duck coronavirus 2714): 46; „Exemplar or additional isolate“ – E: 49; A: 3.
S12323_2021-05-18.MSL36-May	VMR 180521 MSL36.xlsx	DDMMYY	Für MSL36, 1. Version ("VMR 180521 MSL36.xlsx"). „Coronaviridae“: 49 Zeilen; „Betacoronavirus“: 17 Zeilen. Statistik für die Betacoronavirus-Zeilen: „Subgenus“: 5; „Species“: 14; „Exemplar or additional isolate“: 17; „E“: 14; „A“: 3. Statistik für die Coronaviridae-Zeilen: „Family“ (Coronaviridae ): 1; „Subfamily“ (Letovirinae; Orthocoronavirinae): 2; „Genus“ (Alphaletovirus .. Gammacoronavirus): 5; „Subgenus“ (Milecovirus .. Igacovirus): 26; „Species“ (Microhyla letovirus 1 .. Duck coronavirus 2714): 46; „Exemplar or additional isolate“ – E: 49; A: 3.
S10312_2020-08-01.MSL35-Aug	VMR 010820 MSL35.xlsx	DDMMYY	Für MSL35, 2. (letzte) Version ("VMR 010820 MSL35.xlsx"). „Coronaviridae“: 49 Zeilen; „Betacoronavirus“: 17 Zeilen. Statistik für die Betacoronavirus-Zeilen: „Subgenus“: 5; „Species“: 14; „Exemplar or additional isolate“: 17; „E“: 14; „A“: 3. Statistik für die Coronaviridae-Zeilen: „Family“ (Coronaviridae ): 1; „Subfamily“ (Letovirinae; Orthocoronavirinae): 2; „Genus“ (Alphaletovirus .. Gammacoronavirus): 5; „Subgenus“ (Milecovirus .. Igacovirus): 26; „Species“ (Microhyla letovirus 1 .. Duck coronavirus 2714): 46; „Exemplar or additional isolate“ – E: 49; A: 3.
S09603_2020-05-01.MSL35-May	VMR 010520 MSL35.xlsx	DDMMYY	Für MSL35, 1. Version ("VMR 010520 MSL35.xlsx"). „Coronaviridae“: 49 Zeilen; „Betacoronavirus“: 17 Zeilen. Statistik für die Betacoronavirus-Zeilen: „Subgenus“: 5; „Species“: 14; „Exemplar or additional isolate“: 17; „E“: 14; „A“: 3. Statistik für die Coronaviridae-Zeilen: „Family“ (Coronaviridae ): 1; „Subfamily“ (Letovirinae; Orthocoronavirinae): 2; „Genus“ (Alphaletovirus .. Gammacoronavirus): 5; „Subgenus“ (Milecovirus .. Igacovirus): 26; „Species“ (Microhyla letovirus 1 .. Duck coronavirus 2714): 46; „Exemplar or additional isolate“ – E: 49; A: 3.
S09341_2019-11-27.MSL34-Nov	VMR 271119 34.xlsx	DDMMYY	Für MSL34, 5. (letzte) Version ("VMR 271119 34.xlsx"): „Coronaviridae“: 39 Zeilen; „Betacoronavirus“: 12 Zeilen. Statistik für die Betacoronavirus-Zeilen: „Subgenus“: 5; „Species“: 12; „Exemplar or additional isolate“: 12; „E“: 12; „A“: 0. Statistik für die Coronaviridae-Zeilen: „Family“ (Coronaviridae ): 1; „Subfamily“ (Letovirinae; Orthocoronavirinae): 2; „Genus“ (Alphaletovirus .. Gammacoronavirus): 5; „Subgenus“ (Milecovirus .. Igacovirus): 24; „Species“ (Microhyla letovirus 1 .. Avian coronavirus): 39; „Exemplar or additional isolate“ – E: 39; A: 0.
S09234_2019-09-09.MSL34-Sep	VMR 160919 MSL34.xlsx	DDMMYY; späteres Datum (7 Tage) als das Versionsdatum im Dateinamen	Für MSL34, 4. Version ("VMR 160919 MSL34.xlsx"): „Coronaviridae“: 39 Zeilen; „Betacoronavirus“: 12 Zeilen. Statistik für die Betacoronavirus-Zeilen: „Subgenus“: 5; „Species“: 12; „Exemplar or additional isolate“: 12; „E“: 12; „A“: 0.
S08287_2019-06-01.MSL34-Jun	VMR 190601 MSL34.xlsx	YYMMDD; einzige Version mit eindeutiger Datumsangabe in genau diesem Format	Für MSL34, 3. Version ("VMR 190601 MSL34.xlsx"): „Coronaviridae“: 39 Zeilen; „Betacoronavirus“: 12 Zeilen. Statistik für die Betacoronavirus-Zeilen: „Subgenus“: 5; „Species“: 12; „Exemplar or additional isolate“: 12; „E“: 12; „A“: 0.
S08284_2019-05-19.MSL34-May	VMR 190519 MSL34.xlsx	DDMMYY oder YYMMDD; das Format lässt sich nicht genau ableiten, da "19" auf das Jahr und den Tag zutrifft	Für MSL34, 2. Version ("VMR 190519 MSL34.xlsx"): „Coronaviridae“: 39 Zeilen; „Betacoronavirus“: 12 Zeilen. Statistik für die Betacoronavirus-Zeilen: „Subgenus“: 5; „Species“: 12; „Exemplar or additional isolate“: 12 – „E“: 12; „A“: 0.
S08277_2019-03-22.MSL34-Mar	VMR 220319 MSL34.xlsx	DDMMYY	Für MSL34, 1. Version ("VMR 220319 MSL34.xlsx"): „Coronaviridae“: 39 Zeilen; „Betacoronavirus“: 12 Zeilen. Statistik für die Betacoronavirus-Zeilen: „Subgenus“: 5; „Species“: 12; „Exemplar or additional isolate“: 12 – „E“: 12; „A“: 0. Statistik für die Coronaviridae-Zeilen: „Family“: 1; „Subfamily“: 2; „Genus“: 5; „Subgenus“: 24; „Species“: 39; „Exemplar or additional isolate“ – E: 39; A: 0.
S08011_2018-12-20.MSL33-Dec	VMR 201218 MSL33.xlsx	DDMMYY	Änderung von Anzahlen: Coronaviridae-Zeilen: 39; Betacoronavirus-Zeilen: 12. Für Betacoronavirus werden 12 "species" angegeben, die Rubrik "Type species" wird nicht aufgeführt. Die Rubrik "Exemplar (E) or additional isolate (A)" enthält für die Coronaviridae-Zeilen ausschließlich "E".
S07466_2018-07-20.MSL32-Jul	VMR 200718 MSL32.xlsx	DDMMYY	Neue Rubriken; der Fehler wurde korrigiert (Zeilen für Coronavirinae-Einträge in "subfamiliy"). Coronaviridae-Zeilen: 39; Betacoronavirus-Zeilen: 9. Für Betacoronavirus werden 9 "species" angegeben, die Rubrik "Type species" wird nicht mehr aufgeführt. Die alte Rubrik "Exemplar" wurde erweitert: "Exemplar or Additional"; die 39 Coronaviridae-Zeilen enthalten nur "E", kein "A".
S07235_2018-05-11.MSL32-May	VMR 110518.MSL32.xlsx	DDMMYY	Kein offensichtlicher Unterschied zur Vorgänger-Version. Gleicher Fehler (Zeilen für Coronavirinae-Einträge in "subfamiliy").
S07187_2018-03-21.MSL32-Mar	VMR-210318.MSL32.xlsx	DDMMYY	Dem Wesen nach kein offensichtlicher Unterschied zur Vorgänger-Version. Allerdings wurde ein Fehler gefunden: In der Spalte "subfamiliy" sind die Coronavirinae-Einträge um eine Zeile verrutscht.
S07096_2018-01-29.noMSL-Jan	VMR 290118.xlsx	DDMMYY	Kein offensichtlicher Unterschied zur Vorgänger-Version.
S07087_2018-01-03.noMSL-Jan	VMR 030118.xlsx	DDMMYY	Kein offensichtlicher Unterschied zur Vorgänger-Version.
S07019_2017-11-08.noMSL-Nov	VMR 081117.xlsx	DDMMYY	Kein offensichtlicher Unterschied zur Vorgänger-Version.
S07012_2017-08-01.noMSL-Aug	VMR.v010817.xlsx	DDMMYY	Coronaviridae-Zeilen: 39; Betacoronavirus-Zeilen: 9. Für Betacoronavirus werden 9 "species" angegeben, die "Type species" soll "Murine coronavirus" sein. Die Rubrik "Exemplar", "E" gibt es bereits. "A", wie "additional isolate, wurde noch nicht angewendet.

Z[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Anmerkung über geänderte Zitierweise[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

《 Anmerkung: Übrigens hat sich die empfohlenen Zitierweise (laut: https://www.nature.com/articles/s41564-020-0695-z#citeas) etwas geändert.

Am 21. April 2021 hatte ich dortselbst eine zusätzliche Angabe zu den Autoren vorgefunden, ungefähr so:

Coronaviridae Study Group of the International Committee on Taxonomy of Viruses., Gorbalenya, A.E., Baker, S.C. et al. The species Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus: classifying 2019-nCoV and naming it SARS-CoV-2. Nat Microbiol 5, 536–544 (2020). https://doi.org/10.1038/s41564-020-0695-z

und später, am 16. Sep. 2021, wurde nur die Arbeitsgruppe selbst als Autor angezeigt, ungefähr so:

Coronaviridae Study Group of the International Committee on Taxonomy of Viruses. The species Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus: classifying 2019-nCoV and naming it SARS-CoV-2. Nat Microbiol 5, 536–544 (2020). https://doi.org/10.1038/s41564-020-0695-z 》

Newsletter zu MSL #36[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

... bspw. einem „Newsletter“ entnehmen (heruntergeladene Datei: „ICTV Newsletter-17 12-2020.pdf“, unmittelbarer Download durch: https://talk.ictvonline.org/information/newsletters/m/newsletters/10978).

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ICTV-Newsletter #17 (2020)

Dieser Newsletter soll alle Interessierten des International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) über aktuelle Entwicklungen auf dem Laufenden halten.

Es ist öffentlich auf der ICTV-Website verfügbar und wird allen zugesandt, die sich der ICTV-Diskussionsseite angeschlossen haben.

Um sich auf dieser Seite zu registrieren, navigieren Sie zu https://ictv.global/ und klicken Sie auf die Registerkarte „Login/Join“.

Melden Sie sich nach der Registrierung mit dem von Ihnen angegebenen Namen und Passwort an.

Wenn Sie bereits registriert sind, stellen Sie bitte sicher, dass Ihre Kontaktdaten aktuell sind.

Dies können Sie tun, indem Sie über das Login-Symbol oben rechts auf „Profil“ klicken.

Kommentare und Anregungen zum Newsletter sind willkommen.

Diese Ausgabe, die den Zeitraum ab September 2019 abdeckt, und frühere Ausgaben sind hier verfügbar.

Aktivitäten des Exekutivausschusses (EK)

EC52

Das 52. jährliche EC-Meeting (EC52) fand vom 5.-7. Oktober 2020 virtuell auf Zoom statt und wurde von Präsident Andrew Davison und Business Secretary Arcady Mushegian ausgerichtet.

Dies war die dritte reguläre Sitzung des EC, welches auf der ICTV-Plenarsitzung im Juli 2017 in Singapur gewählt wurde.

Das dreitägige Treffen umfasste sechs 2¹/₂-stündige Sitzungen und wurde von allen 19 EC-Mitgliedern sowie von Donald Smith, Managing Editor des ICTV Report, und Richard Orton, Technical Editor des ICTV Report, besucht werden beide durch ein Wellcome Trust-Bioressourcen-Stipendium unterstützt.

Der Präsident begrüßte insbesondere Dr. Evelien Adriaenssens zu ihrem ersten Treffen als Interim Sub-Committee (SC) Chair for Bacterial and Archaeal Viruses.

Den Dreijahresbericht des ICTV an seine Elternorganisation, die International Union of Microbiological Societies (IUMS), finden Sie hier.

Neben der Durchsicht und Genehmigung des Protokolls des EC51-Treffens in Berlin (2019) und der Prüfung einer beträchtlichen Anzahl von standardisierten taxonomischen Vorschlägen standen Berichte zu folgenden ICTV-Ressourcen auf der Tagesordnung:

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Disk-Beitr Virenfunde aus Laos[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Diskussion:SARS-CoV-2#Virenfunde aus Laos: — Beitrag von Gerbil — Unter doi:10.21203/rs.3.rs-871965/v1 wurde auf einem Prepritserver eine Studie gepostet, der zufolge die Variante BANAL-52 aus Rhinolophus malayanus eine hohe Übereinstimmung mit dem SARS-Virus habe, vergl. dazu auch Closest known relatives of virus behind COVID-19 found in Laos. (Nature) und Close cousins of SARS-CoV-2 found in a cave. (Science) Allerdings ist eine direkte Vorläuferschaft offenbar nicht belegbar. Deshalb habe ich den Verweis im Artikeltext entfernt. --Gerbil (Diskussion) 14:01, 29. Sep. 2021 (CEST)
doi:10.21203/rs.3.rs-871965/v1 / → „We report here the presence of sarbecoviruses close to SARS-CoV-2 whose RBDs differ from that of SARS-CoV-2 by only one or two residues, that strongly bind to the hACE2 protein, and mediate a hACE2-dependent entry in human cells.“ — „Wir berichten hier über das Vorhandensein von «Sarbecoviren in der Nähe von» SARS-CoV-2, deren RBDs sich von denen von SARS-CoV-2 nur durch ein oder zwei Reste unterscheiden, die stark an das hACE2-Protein binden und einen hACE2-abhängigen Eintritt in menschliche Zellen vermitteln.“
Closest known relatives of virus behind COVID-19 found in Laos. (Nature) / → nature - news - NEWS - 24 September 2021 - Correction 27 September 2021 /

Close cousins of SARS-CoV-2 found in a cave. (Science) / → HOME - NEWS - SCIENCEINSIDER / Close cousins of SARS-CoV-2 found in a cave in Laos yield new clues about pandemic’s origins → New viruses show for first time that a key feature of the pandemic virus exists in the wild - 29 SEP. 2021 - 5:30 P.M. - BY JON COHEN

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letzter vor 14.9.'21: 2021-08-18T07:15:09‎ Gerbil Diskussion Beiträge‎ 201.951 Bytes +5‎ besser ohne derart konkreten Bezug
erster nach 14.9.'21: 2021-09-29T11:55:10‎ Gerbil Diskussion Beiträge‎ 251.308 Bytes −456‎ →‎Fledertiere und Schuppentiere: Revert: lt. zitiertem PR-Bericht sagt der Fund nichts aus über how a progenitor of the virus could have travelled to Wuhan (from Laos) / https://de.wikipedia.org/w/index.php?title=SARS-CoV-2&diff=215984488&oldid=215972989

Benutzer:Dirk123456/Baustellenbaustelle 001/Baustelle-D/Baustelle-D.42

Links[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Archiv 2020[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Archiv 2021 / 1 von SARS-CoV-2[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Archiv, eigene Beiträge, hier wenig relevant[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Archiv, eigene Abschnitte[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Archiv 2021 / 2 von SARS-CoV-2[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Archiv, eigene Beiträge, hier wenig relevant[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Archiv, eigene Abschnitte, hier wenig relevant[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Archiv, Beiträge anderer, Umbau hinsichtlich von Varianten[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Diskussion von SARS-CoV (nicht archiviert), eigene Abschnitte[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Diskussion[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Systematik, Kladogramme und Einkürzungen[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Worum es geht[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Die komplexe syntaktische Konstruktion[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Inhaltliche Probleme[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Probleme mit der technischen Umsetzung[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Autoren und Quellen[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Erste Überlegungen hinsichtlich einer Umsetzung[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

b[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Z[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Die taxonomischen Listen des ICTV[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Versionskonzept des ITCV und „Master Species List“[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Untersuchung der 17 letzten Versionen[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Vergleich, davor und danach[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Z[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

a[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

b[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

c[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Tabellen u. a. Material[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

d[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Zusätzliches Material[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

z[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Entwurf einer Tabelle[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Kopie - nicht weiterbearbeitet[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Z[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Anmerkung über geänderte Zitierweise[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Newsletter zu MSL #36[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Disk-Beitr Virenfunde aus Laos[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

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