Die Liga war vor Saisonbeginn in zwei Staffeln (Nord und Süd) mit jeweils zwölf Mannschaften unterteilt. Nach der regulären Saison im Modus „Jeder gegen Jeden“ mit Hin- und Rückspiel spielten die besten sechs Mannschaften eine Aufstiegsrunde, wobei die Ergebnisse der Hauptrunde mitgenommen wurden. Nach der Aufstiegsrunde spielten die Tabellenersten und die Tabellenzweiten der beiden Staffeln über Kreuz mit den beiden schlechtesten Mannschaften der Basketball-Bundesliga 1998/99 in einer Qualifikationsrunde mit zwei Gruppen je drei Mannschaften zwei Mannschaften für die Basketball-Bundesliga 1999/2000 aus. Die jeweils sechs schlechtesten Teams der beiden Zweitliga-Staffeln nahmen an einer Abstiegsrunde teil. Pro Staffel stiegen regulär zwei Mannschaften in die zugeordneten Regionalligen ab. Die Ergebnisse der Hauptrunde wurden in die Abstiegsrunden mitgenommen.
Der sportliche Absteiger TSV Speyer hielt die Klasse dank des Aufstiegs der DJK s.Oliver Baskets Würzburg. Erstliga-Absteiger Ruhr Devils hatte bereits während der Basketball-Bundesliga 1997/98 seine Mannschaft vom Spielbetrieb zurückgezogen, die Mannschaft des Stammvereins TuS Herten spielten als „Hertener Löwen“ in der Oberliga weiter.
Die BG Koblenz zog ihre Mannschaft nach dem zweiten Spieltag vom Spielbetrieb zurück, so dass die Gruppe Süd mit elf Mannschaften spielte.
Der VfR Limburg erzielte in der regulären Saison in der Gruppe Süd keinen Sieg. Dies hatte es zuletzt in der Saison 1985/86 gegeben. Dort erzielte der TV Marbach, ebenfalls als Aufsteiger in die Gruppe Süd, keinen einzigen Erfolg in der regulären Saison bei jedoch zwei Meisterschaftsspielen weniger.
1 Der SSV Weißenfels verpasste in der Qualifikationsrunde sportlich den Aufstieg, konnte aber anschließend für den SV Oberelchingen, der sich aus der ersten Liga zurückzog, in die erste Basketball-Bundesliga nachrücken.
