Die Spielzeit 1998/99 der Extraliga war die sechste reguläre Austragung der höchsten Spielklasse des Eishockey in der Slowakei. Im Playoff-Finale setzte sich der HC Košice gegen den HC Slovan Bratislava mit 3:1 Siegen durch und gewann damit den dritten slowakischen Meistertitel der Vereinsgeschichte. Die Liga wurde von zwölf Mannschaften auf acht für die folgende Spielzeit reduziert. Deshalb ließ die Ligaleitung nach einer ersten Gruppenphase die beiden bestplatzierten Mannschaften der zweitklassigen 1. Liga, den HK Spartak Dubnica und den MsHK Žilina mit der unteren Hälfte der Extraliga zusammen die beiden Mannschaften ausspielen, die sowohl im nächsten Jahr an der Extraliga teilnehmen durften, sowie an den Playoffs der Saison 1998/99. Die sechs besten Mannschaften der Extraliga in der ersten Gruppenphase spielten untereinander die Playoffplatzierungen aus.
Meister der Saison 1998/99 wurde der HC Košice, der die Best-of-Five-Serie gegen den HC Slovan Bratislava mit 3:1 Siegen für sich entschied und den dritten slowakischen Meistertitel der Vereinsgeschichte gewann.[1]
Pavol Rybár
Igor Liba
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