Erste internationale Erfahrungen sammelte Myrte van der Schoot im Jahr 2023, als sie bei den U20-Europameisterschaften in Jerusalem in 52,85 s die Bronzemedaille im 400-Meter-Lauf gewann. Zudem sicherte sie sich mit der niederländischen 4-mal-400-Meter-Staffel in 3:33,33 min die Silbermedaille. Im Jahr darauf kam sie bei den Hallenweltmeisterschaften in Glasgow im Vorlauf der Staffel zum Einsatz und trug damit zum Gewinn der Goldmedaille durch die niederländische Mannschaft bei. Im Mai wurde sie bei den World Athletics Relays auf den Bahamas in 3:27,45 min Erste im B-Lauf in der zweiten Qualifikationsrunde über 4-mal 400 Meter für die Olympischen Spiele in Paris und sicherte damit dem niederländischen Team einen Startplatz. Anschließend verhalf sie der Frauenstaffel bei den Europameisterschaften in Rom zum Finaleinzug und trug somit zum Gewinn der Goldmedaille bei. Im August kam sie bei den Olympischen Spielen in Paris ebenfalls im Vorlauf der Staffel zum Einsatz und gewann so die Silbermedaille. 2025 wurde sie bei der 1. Liga der Team-Europameisterschaft in Madrid in 3:12,92 min Sechste im A-Finale der Mixed-Staffel. Anschließend belegte sie bei den U23-Europameisterschaften in Bergen in 52,21 s den sechsten Platz über 400 Meter. Im September schied sie bei den Weltmeisterschaften in Tokio mit 52,19 s in der ersten Runde über 400 Meter aus und verhalf der Staffel zum Finaleinzug und trug damit zum Gewinn der Bronzemedaille bei.
2025 wurde van der Schoot niederländische Meisterin im 400-Meter-Lauf.