Die Weltcupsaison 2003/04 der Nordischen Kombination begann am 29. November 2003 im finnischen Kuusamo und endete am 6. März 2004 im ebenfalls finnischen Lahti. Die Saison sollte in 21 Einzelwettbewerben und einem Teamwettbewerb entschieden werden, jedoch mussten zwei Wettkämpfe abgesagt werden.
Zu Beginn der Saison konnte der Deutsche Ronny Ackermann fünf der ersten sechs Rennen gewinnen. Danach kam der Finne Hannu Manninen jedoch immer besser in Form und konnte letztlich den Gesamt- und Sprintweltcup für sich entscheiden. Dabei feierte er wie Ackermann sieben Saisonsiege. Den dritten Platz konnte sich Samppa Lajunen sichern, der Ackermann im Sprintweltcup sogar noch hinter sich ließ.
Seinen ersten Weltcup konnte der Norweger Magnus Moan in Reit im Winkl gewinnen und holte damit den ersten Weltcuperfolg für Norwegen seit knapp drei Jahren. Für Todd Lodwick war es dagegen der letzte Sieg seiner Karriere. Eine Überraschung gelang dem Japaner Daito Takahashi in Lahti. So konnte er im Sprintrennen seinen ersten Weltcupsieg feiern und gewann zudem auch das Einzelrennen am darauffolgenden Tag. Den einzigen Teamwettbewerb gewann erneut die Staffel aus Finnland.